轄區特別法庭的立法，或“根據法律已經規定的任何軍事法庭的司法權”。這些德國法院的設立，也不得影響德國武裝部隊法庭的許可權，因為這種許可權經武裝部隊最高統帥部長官同意後，已由弗朗克在1940年1月26日的一項法令中作出了仔細的規定。
根據弗朗克1940年2月19日釋出的另一道命令，波蘭司法機關完全從屬於德國法院。波蘭最高法院和勞工法院全被撤銷，其他波蘭法院的司法許可權於“地方法院、區法院和上訴法院”。“凡遇公共利益有所需要時”，波蘭法院的判決可以由德國高階法院“重新審查”，後者可以批准原來的判決，也可以“對該案另行判決”，或決定由德國法院複審。涉及波蘭國民的刑事案件，波蘭法院（在當地區總督的直接監督下開庭）無權審理，除非“德國檢察機關”事先已經將訴訟事宜委託波蘭當局的話。此外，居住在“指定居留地”的其他各族人民（例如烏克蘭人）可以要求不受波蘭法院審判，可以要求由自己的法院處理。除總督有命令另行規定外，波蘭法院應施行波蘭法律。
弗朗克於1942年10月在克拉科夫講話時直言不諱地承認，這些措施的目的首先就是要使司法工作服從於德國的利益。他說，設定一套德國的司法制度，就使德國人可以把總督轄區內對他們重要的問題交由德國法官審理，並可以把他們的事務委託給德國律師和公證人辦理。總督轄區的德國人都要遵守德國的婚姻法和有關個人的法律。商業企業可以根據德國法律開辦。可是同時（弗朗克說），他的目的“從一開始就是要按照久經考驗的德國法理學原則為德國人和國外出生的人建立一套司法制度，特別是要確保……當地的司法工作可以根據波蘭人和烏克蘭人透過悠久的傳統和慣例發展起來的原則穩健地存在下去”。
鑑於以前蘇聯統治的地區缺乏令人滿意的地方司法機關，德國司法制度不得不承擔起較大的責任。雖然如此，羅森貝格為東方佔領區安排的司法制度卻遠沒有弗朗克在總督轄區推行的制度那麼狂妄。可是它的基本原則卻幾乎是相同的。透過1941年12月19日釋出的一項命令，羅森貝格在每一德國專員的駐地（即在魯夫內和里加）設立了一個德國高階法院，在每一常務專員的駐地（即：在烏克蘭的盧茨克、基輔、日托米爾、第聶伯羅彼得羅夫斯克、尼古拉耶夫和美利托波爾，以及在奧斯蘭的考那斯、里加、雷瓦爾和明斯克）設立了一個德國法院。在民事方面，德國法院有權審理其他佔領區德國法院承辦的那類案件。然而，在刑事方面，它們可以審理“所有的案件，只要這些案件不是明確地劃歸另一法院管轄的”。正象官方的法律評註中當時指出的那樣，這意味著德國法院在刑事方面的許可權並無限制——也就是說，它們既可以審理在其他地區通常是由當地法院承辦的所有非德國人的案件，甚至也可以審理只涉及當地罪犯的次要罪行。儘管如此，沒有多久，在情況許可的地方，實際上還是有必要把那些不涉及德國人或德國利益的刑事案件交由當地司法機關審判。拿波羅的海三個區來說，這是透過1942年2月和3月間頒佈的一系列法令付諸實行的。結果，這些地區的當地司法機關變得同總督轄區的司法機關很相似：這就是說，每一地區有其上訴法院、低階法院和治安法官。但是後來，隨著地方“自治政府”的恢復，地方當局取得了一些刑事裁判權——例如，有權懲罰不合作主義者和抗拒服兵役的人等。這種情況在總督轄區是沒有的。另一方面，在白俄斯地區，地方當局參加司法工作仍然只限於地區法院和治安法院，它們只能辦理一些不大的案件。這些地區法院顯然是由“從前沙皇時代的法官”主持的，它們在刑事案件上運用德國刑法，並根據當地情況作必要的修改，但是在民事案件方面，顯然還可以使用“布林什維克時代以前的舊法律”。
在德國專員管轄下的烏克蘭，嚴格他說，當地並沒有什麼法院，儘管根據德國專員科赫於1942年5月8日釋出的一道命令，非日耳曼人所犯的情節較輕的罪行可以由烏克蘭籍陪審推事根據德國法律審理。這些陪審推事被說成是區專員的“代表”，由常務專員根據區專員的推薦任命。他們有權判處罪犯長達兩年的徒刑和高達一萬銀盧布的罰金。他們在刑法方面相當於1942年3月科赫委派的仲裁人。這些仲裁人有權審判涉及前波蘭和蘇聯公民的案情較輕、不屬於德國法院審理的民事案件。但是，所有關於結婚、離婚、監護、財產和專利權的案件一概歸德國法院審理，因此烏克蘭仲裁人的許可權實際上仍然是很有限的。
佔領區德國司法工作的一個突出的特