，瓦格納直到1942年1月才能採用德國刑法。經過改組以後，這些地區的司法機構實際上已在柏林德國司法部長的直接控制之下，雖然就下斯蒂里亞而言，據稱到1944年民政長官（即斯蒂里亞行政長官）仍然不僅是“最高首長和立法者”，而且“在行政上還主管法院工作”。使當地司法制度德意志化的措施，包括設立德國式的特別法庭，可以由德國司法部長會同德國內政部長，或者由當地的民政長官著手實行。民政長官還得負責使所有的律師具有正確的“政治態度”。在盧森堡，至少在佔領的初期，當地民法有一大部分還保留下來（只不過從法文譯成了官方的德文譯本），因此有必要繼續使用當地律師，結果不得不採取一些特別措施，以保證盧森堡律師界中只有可靠的成員才可以開業。根據1940年12月6日的法令，取得律師的資格今後應由民政長官批准。翌年2月，按照德國職業公斷處的方式，成立了律師“特別榮譽法庭”。這個法庭有權懲罰“構成違反在盧森堡組織德國行政機構所帶來的各項義務的行為”。
除保護國以外，在其他佔領區內，凡設立德國法院和頒佈有關當地法院司法權問題的命令等，均由最高階的德國代表負責。在保護國，象在合併區那樣，法院是在柏林司法部長的直接管理之下，德國保護長官只處理布拉格德國高階法院院長呈報給他的德國法院的上訴案件。根據1939年4月14日關於保護國內德國司法權的那項法令，德國法院和人民法院都有權在德國本上以及波希米亞和摩拉維亞行使司法權。此外，德國的司法機構，是由布拉格的德國高階法院、布林諾和布拉格的兩個德國巡迴法院以及在各個德國飛地內所設立的十二個德國初級法院組成的。
在其他地區，德國法院的組織形式各不相同，但是有一個共同的特徵：那就是它們都行使德國法律，有時候是單獨行使，有時候與當地法律合併行使。在挪威，德國人顯然認為只要設立一個普通的德國法院就夠了，儘管根據特博文1940年8月27日那項法令的條款，這個法院可以“在挪威被佔領區的任何地方”行使它的職權。另一方面，在荷蘭，根據賽斯…英夸特1940年7月17日的法令，設立了一個德國巡迴法院和一個高階法院，儘管這些法院也有權在德國專員管轄下的任何地方審理案件。據稱，這些德國法院的設立，決不損害德國專員成立即決法庭或特別法庭以應付突然發生的反抗行動的權力。同時，這也決不影響德國武裝部隊法庭司法權的現行規定。在比利時和法國北部及法國被佔領區，這些軍事法庭在保護佔領國的利益方面，承擔起了挪威和荷蘭的德國法院所承擔的同樣職責，它們行使德國法律的範圍也和那些法院一樣。它們的司法權有時還由下級軍事司令官的特別司法權予以補充。在民政長官管轄區，似乎就沒有任何類似的情況。例如，在法國被佔領區，根據1940年9月10日的法令，地區司令官和戰地司令官有權“釋出即決命令”懲罰那些不屬於軍事刑法處分範圍的人，倘使“查有實據”的話。他們在行使這種權力時，可以判決罰款三萬德國馬克，或者長達六星期的拘留。
關於指導總督轄區和東方佔領區司法工作的基本原則，上文已經談過了。在這些地區，三個因素結合在一起使德國法院比在西歐被佔領國家內更形重要。這三個因素是：第一，存在有人數大得多的德國官員和其他享有治外法權的人（日耳曼人等）；第二，當地的司法制度，尤其是蘇聯被佔領區內的司法制度，（在德國人看來）很不健全；第三，傾向於把東方佔領區不看作臨時佔領的地區，而看作永久進行掠奪和殖民的地區。
在總督轄區，根據弗朗克1940年2月19日頒佈的關於“總督轄區德國司法權”的法令，建立了一套完善的德國司法制度，在克拉科夫、熱舒夫、盧布林、赫爾姆、拉多姆、佩特里考（彼得庫夫）、華沙和日伊臘爾杜夫等地設立了德國法院，並在每一區的區總督駐地設立了一個德國高階法院。象在其他佔領區那樣，這些德國法院都施行德國法律，而且除非另有規定，它們都按照德國規定的訴訟程式法規辦事。對這些德國法院的判決不服上訴的案件，則由德國高階法院裁定，後者的裁定是最終的。上文已經提到的那些原則，使德國法院有權自行處理涉及德國公民、德國血統的人和其他被控反對佔領國的人的刑事案件，以及涉及德國公民、德國血統的人和德國一般利益的民事訴訟，都很詳細地寫進了這項法令。這項法令還指定德國法院負責對所有根據德國法律開設的德國企業進行商業登記。同時，又明確指出，這項法令的規定不得影響以前關於總督