1943年2月初德軍在斯大林格勒的失敗，對東歐地區來說，無論如何標誌著戰爭的轉折點。早在1942年11月，已有大約七萬名捷克青年被動員去德國勞動，接著在1943年2月2日，十六歲到六十五歲的所有男子和十七歲到四十五歲的所有婦女，以及十六歲以下的某幾類學齡兒童都被徵召到德國去從事戰時工作。在軸心國統治下的歐洲各地，甚至總動員的叫喊似乎也並未嚴重地影響到保護國的日耳曼人，而捷克人卻又記起他們過去所擔心的從波希米亞和摩拉維亞完全被趕走的那種情況。隨著糧食供應的減少（無論如何，對捷克人來說是減少了），布拉格和捷克其他城市的生活變得空前未有地淒涼。1942年2月16日，在實行了德國通行的那些反對猶太人的措施以後，海德里希宣佈把保護國的全體猶太人關進了猶太人區。特雷津（特雷津市）那個古堡市鎮變成了一個猶太營，捷克猶太人全被送往那裡去，讓他們在痛苦的但還不是使人毛骨驚然的環境中等待進一步送往奧斯威辛的那些毒氣室去。同時，越來越多的人，有捷克人也有猶太人，為了逃避放逐和死亡，過著非法的、沒有配給證的隱匿生活。
1943年8月，據宣佈弗裡克將接替牛賴特出任德國保護長官，他原來擔任的德國內政部長職位已經由希姆萊免去了。弗裡克於10月14日開始視事。當時這個官職已被公認只不過是一個掛名差使，卡爾·赫爾曼·弗朗克的權力終於得到了正式承認。8月20日，他被任命為一個德國部長，併兼任主管那個取代前德國保護長官公署的波希米亞…摩拉維亞事務部的國務部長。
1943年間，貝奈斯在他從倫敦廣播的講話中採取了攻勢。每一次他宣稱（稍微早了一些）布拉格當局即將垮臺以後，布拉格當局總作出強烈的反應。就可能作出的判斷來說，貝奈斯在國內的名望這時候不但已經恢復，而且他已成為全國傑出的象徵性首腦了。（揚·馬薩里克在戰前始終不大出名，這時多虧了他的才氣煥發的廣播講話，開始佔有第二位，而莫斯科的捷克共產黨人則無足輕重——只有南斯拉夫的鐵托在年輕的捷克人中是備受愛戴的英雄。）另一方面，貝奈斯的重要性在這一年中也有所增長。因為斯大林格勒戰役的結果意味著德國將被打垮，還意味著英語國家的利益和俄國人的利益已不再一致了，同時俄國人和波蘭流亡政府之間的短暫的休戰也告結束了。貝奈斯的政府是最可能有辦法使蘇聯和西方世界之間避免或推遲一場破裂的政府——多虧捷克人保有他們同西方的關係結合在一起的親俄傳統。貝奈斯早期同波蘭人為戰後更緊密的合作所進行的磋商一直是困難的；隨著西科爾斯基於1943年7月4日逝世，磋商成為不可能的了。有一時期，捷波和解的設想因為熱中於更大的目標而受到了忽視。事實上，這一年中，貝奈斯一直為自己對莫斯科的一次訪問進行準備。英國人在10月份舉行三國莫斯科會議之前一直反對這次訪問。最後，貝奈斯於12月11日抵達了俄國首都。那裡的捷克共產黨領導人如哥特瓦爾德等，並不十分友好。他們指責這位總統，因為他在1938年不曾公然反抗西方世界，也不依靠蘇聯的支援，反而被誘騙而落入了慕尼黑的投降圈套。
可是，對於將來，似乎可以設想出一種既是國內的又是國際的權宜之計，尤其是因為貝奈斯認識到，在解放了的捷克斯洛伐克，對國家經濟生活的一大部分實行國有化將是值得想望的。12月12日，一項為期二十年的捷蘇同盟條約簽訂了。該條約規定，在日前的對德戰爭中以及在將來對同一敵人的任何一次戰爭中，都要相互援助。簽字國雙方都保證擴大它們的經濟關係，並且不干涉彼此的內政。
1944年的頭幾個月裡，蘇軍緩慢地向著喀爾巴阡山推進。因此3月13日，倫敦的捷克斯洛伐克政府號召其人民——特別是斯洛伐克和盧西尼亞的人民，因為那裡的條件較為有利——“從個人的英勇行為過渡到有組織的群眾行動。成立戰鬥隊。建立民族委員會。組織武裝團體和游擊隊。……政府將竭盡全力使你們可以有足夠的武器進行防禦和進攻。”3月17日，貝奈斯宣佈這個新共和國將是一個民族國家（少數民族並不享有特權）。4月8日，俄軍會同斯沃博達將軍的捷克斯洛伐克軍隊到達盧西尼亞的邊境，即前捷克斯洛伐克共和國的邊境。一個月後，在5月8日，簽訂了一項關於解放區的捷…俄協定：作戰區的最高權力應歸蘇軍總司令執掌，由捷克斯洛伐克政府的一名代表予以協助，他將在肅清敵軍的領土上建立並指導行政工作；當任何地區一旦不成為直接的作戰區時，捷克斯洛伐克