政府就將完全接管其行政工作。
就在解放大軍到達盧西尼亞邊境以後，捷克斯洛伐克流亡政府立即催促國內人民建立由經過考驗的愛國者組成的民族委員會，以鼓舞抗戰力量，並接過對於可能獲得解放的任何內部地區的責任。但是在1945年5月以前，波希米亞和摩拉維亞幾乎都沒有公開的起義；德國機構壓制得太緊了，而那些城市，尤其是首都的德意志化工作也太順利了。夏季過去以後，人們潛越過邊境去參加斯洛伐克游擊隊，或是在盧西尼亞試試運氣，進行任何種類的反德戰鬥。
1944年8月初的斯洛伐克起義當然在保護國內激起了強烈的騷動，直到1944年10月底才令人痛心地逐漸停止了。兩天之後，蘇軍同他們那些捷克斯洛伐克分遣隊進入了斯洛伐克，可是除了等待戰爭結束外，並沒有什麼事可做。正在1944年聖誕節以前，布拉格組成了一個民族委員會，就象民族希望再生時歐洲各重要中心曾經建立過的那種。捷克斯洛伐克臨時政府於1945年3月離開倫敦，4月初暫時遷至斯洛伐克的科希策。但是捷克人直到戰爭結束時才最終獲得解放。5月4日，當布拉格居民開始示威遊行時，希特勒和墨索里尼都已死了，而鄧尼茨也即將無條件投降。5月5日，在民族委員會的普拉日阿克教授和庫特爾瓦什將軍的指揮下，捷克愛國人士佔領了廣播電臺，當夜街壘也開始建立起來。德軍有坦克和飛機，而黨衛隊則把總部設在布拉格的切爾寧宮（即過去和現在的外交部）裡，意味著將不顧德國5月7日在弗倫斯堡的投降，要設法堅持下去。雖然德軍司令圖桑將軍於5月8日下午4時停止了抵抗，黨衛隊的飛機卻繼續轟炸這個不設防的城市，同時德軍的坦克增援部隊也從梅耳尼克和其他地方開到了。有好幾天，局勢看來是危急的；廣播電臺向全世界發出求援的呼籲，但是什麼援助也沒有來，只有弗拉索夫的某些部隊舉行了起義，攻擊德軍。捷克斯洛伐克的親西方人士後來為那段間歇時間深感痛借，因為當時在捷克林山和比爾森的美軍尊重西方國家同蘇聯達成的諒解，暫停推進，一直等到科尼耶夫元帥和他的軍隊於5月11日到達布拉格。5月14日，哈恰、克雷奇、蓋達和其他一些通敵分子被捷克人逮捕了；莫拉維茨和亨萊因總算能自殺，而卡·赫·弗朗克則向美軍投降了。5月16日，從4月3日就安身在科希策的貝奈斯總統回到了一個飽經戰火但卻熱情洋溢的布拉格。
雖然在納粹眼中看來，捷克人屬於即使不應消滅，也應遭到瓜分的次等人那一類人，雖然保護國至少從1941年9月起受到了相應的對待，斯洛伐克人卻被挑選出來，受到元首的偏愛。實際上，納粹的意圖是想用斯洛伐克為他們賜予那些通情達理地順從希特勒意志的民族的報酬提出一個出色的榜樣。根據1939年3月23日的條約，斯洛伐克實際上已完全淪為德國的附庸，但德軍卻駐紮在該條約為他們提供的各個軍事區內，並在五年以上的時間裡允許斯洛伐克人在該國其餘地區享有相當大的自治權。在1938年的第一份維也納議定書以後，以及在1939年3月同佔領盧西尼亞的馬扎爾人有過軍事衝突以後，斯洛伐克人的憤慨是針對著匈牙利的。由於這個原因，斯洛伐克人對於受到德國的保護感到相當滿意，因為匈牙利畢竟抵抗不了德國。
當時的問題是，斯洛伐克應該由格林卡的繼承人蒂索神父按照格林卡從前的政黨的那種教士傳統進行治理呢，還是應該由馬扎爾人圖卡和格林卡衛隊的領袖薩諾·馬赫以徹頭徹尾的納粹方式來統治。在第一個捷克斯洛伐克共和國存在的時期，格林卡黨一直是斯洛伐克獨一無二的大黨，雖然說得最早，在1937年以前，這個黨始終沒有得到超過百分之四十的斯洛伐克人民的擁護。1937年，日耳曼族和馬扎爾族的宣傳才促成了一個變化。德軍對波蘭人的攻擊，一點也沒有使斯洛伐克人更同情於納粹分子，因為斯洛伐克人（不象捷克人）一向對波蘭人非常友好。他們被迫對波蘭宣戰，但是他們的情緒卻變得更反圖卡了。1939年10月，蒂索當選為斯洛伐克總統，格林卡黨重新被肯定為斯洛伐克唯一合法的政治集團。日耳曼和馬扎爾少數民族也獲准有“黨”的組織。卡馬辛是斯洛伐克的日耳曼族領袖，也是1938年10月以後的國務秘書，他享有特殊的威望，他的日耳曼族國務秘書處在斯洛伐克境內不受斯洛伐克政府的管轄而享有自主權（在雜居的地區，斯洛伐克族和日耳曼族當局互相合作）。圖卡這時當了總理，馬赫是宣傳部長，杜爾昌斯基是外交部長兼內政部長，可是這三個人都非常不得人心。新教徒的唯一部長