克部長大多數是曾在貝蘭手下，或者甚至在更早的時候就擔任過公職的專家。4月27日，毫無政治經驗的職業軍人埃利亞斯將軍當了總理；外交部和國防部全被撤掉，捷克軍隊實際上已被解除了武裝。保護長官公署裡的德國工作人員在某種程度上和捷克部長彼此重疊，而且德國代表不久就出現在捷克各個部裡。雖然如此，仍有必要在保護長官公署和捷克內閣之間成立一個協調委員會，因為德國人對這兩個機構之間的直接接觸是不贊成的。這一條規則看來有一個例外：捷克司法部長亞羅斯拉夫·克雷奇卻獲准同弗朗克直接接觸。哈恰提名的、過去曾在最高法院為總統工作過的一個叫做哈維爾卡的人當上了副總理，大家認為他採取了一種不必要的親德態度。捷克政府就其立法責任而言，是透過1938年12月議會生活完全終止以前透過的一項法律所准許頒佈的緊急法令進行工作的。
在慕尼黑會議以後，只有兩個政黨或政治集團可以存在。現在，這兩個政黨在極權主義者的眼裡也成為過多的了。正象報刊被搞成了清一色那樣，政治集團也就只能有一個民族陣線，國家統一黨。這個組織是由哈恰本人主持的，許許多多捷克人成為這個組織的成員，為的是——絕不誇張他說——透過留給他們的唯一途徑來表明他們國家的統一。1941年6月，國家統一黨的黨員人數達到四百萬以上這一高峰，但是該黨同德國人經常發生摩擦，因為德國人對其工作人員始終是不滿意的。1943年初，國家統一黨逐漸衰微下去了。
當英國和法國在1939年9月對希特勒宣戰時，捷克人從絕望中頓時又產生了希望，但是西方國家在波蘭被消滅時所呈現的那種軟弱無能，不大適合於重新喚起被慕尼黑會議那麼深切地挫傷了的同情心。然而，1939年10月9日在德國保護長官公署舉行的一次會議上，卡·赫·弗朗克就抱怨“解決捷克問題的種種困難”。這一次，根據弗裡德里齊將軍於1940年10月15日起草的一份備忘錄，似乎曾考慮過對付捷克人的三種可能的辦法。
1。 德國對摩拉維亞進行滲透，並將捷克民族限制于波希米亞一隅。 這個解決辦法據認為是不能令人滿意的，因為捷克問題即使在形式上縮小了，卻將繼續存在下去。 2。
最激烈的解決辦法是，把所有的捷克人趕走，但是可以提出許多理由來反對這項解決辦法…… 3。
同化捷克人，即由德國人吸收大約半數的捷克民族，這項辦法的重要性在於從種族或其他觀點來看都是有價值的。這尤其是在德國領土上（蘇臺德日耳曼邊境地區則是例外）增加僱用捷克人的結果，換句話說，就是把集中的捷克人口加以分散。
必須奪去另外半數捷克民族的力量，加以消滅，並用船運送出境……。對於在種族上是蒙古族的那部分人以及對於知識分子階層的大部分人，這尤其適用……。
凡是抗拒德意志化計劃的人應嚴加處理，並應加以消滅。 上述工作的開展當然要以增加德國人從德國領土上湧入這個保護國為先決條件。 事實上，元首決定採用第三種解決辦法。這意味著“雖然表面上維持保護國的自治權，德意志化工作……在未來的許多年裡卻必須始終如一地予以執行”。贊成同化的這項決定可能說明了大德意志帝國內這個保護國的獨特性質。這個決定同一周後希特勒對波蘭所作的決定形成了鮮明的對照，波蘭將被孤立，並將充作發動進攻性軍事行動的“跳板”。
1939年秋季給了納粹分子一個極好的機會去推行他們對捷克人的政策。從1918年以後，捷克人就把10月28日作為他們第一個共和國的誕生日來慶祝。雖然德國人已經把這個節日取消，許多捷克人佩戴著國徽還是在捷克各大城市示威。捷克當局曾請求公眾謹慎行事，但是在德國人喜歡稱之為“德國布拉格”的地方，德國黨衛隊人員故意向人民挑釁，扯下他們的國徽等等，直到公眾的反應導致殘酷的德國警察進行干涉。許多捷克人遭到逮捕，被拖進設在佩切克宮的蓋世太保總部去“懲處”。有一個捷克大學生揚·奧普列塔爾已經受傷，後來又遭到毆打，終於在兩星期後死去了。11月15日，他的同學為他的葬禮舉行了一次很有秩序的示威大遊行。一輛德國汽車故意衝到人群中去。於是大學生的紀律被破壞了。大學生把那輛汽車推翻，扭打便開始了。卡·赫·弗朗克的司機設法把自己搞傷。11月16日，牛賴特和弗朗克帶著這個司機飛往柏林去給希特勒看這些傷痕，希特勒作出決定，立即採取恐怖手段，當夜便派遣黨衛隊的特種部隊前往布拉格，捷克大學的