月31日的那份經過修改的草案規定，日本須按照日中兩國簽訂的協定，儘快從中國撤出陸、海軍。關於中日合作防禦共產黨的問題，以後再行商談。
6月2日，野村說，他和他的助手們對5月31日的美國建議草案，“除了有些措辭之外”，都表示同意。但是，赫爾覺得，日本人在6月4日提出要在文字上作修改，其用意是要使日本能夠按自己的需要來解釋協定的條文；他還覺得，日本正在逐步縮小它原來答應的讓步。在6月6日給野村的那份非正式的口頭宣告中，赫爾指出，日本人正在強調同軸心國結盟的意義，而對在永久和平的基礎上同中國媾和一事卻絲毫不作明確的表示，對於貿易往來一視同仁這個問題也避而不作明確的許諾。6月21日，赫爾把擬議中的美日協定草案，經過再度修改後送交野村。在這份草案中，沒有提到要共同努力以恢復歐洲的和平，但再度試圖透過互換照會，使三國公約不適用於美國出於自衛行動而捲入戰爭的情況。草案還把中日合作以防禦共產主義這一傷腦筋的問題留待日後解決。可是，草案的一個附錄中確實概括地寫明瞭日中兩國媾和的大體條件，以便將來美國總統可能建議以此作為中國同日本進行和談的基礎。這份經過修改的草案另附有一個宣告，赫爾在宣告中說，固然他並不懷疑，在促進日美之間諒解和建立太平洋地區和平方面，許多日本領導人同野村和他的助手們都抱著同樣的願望，但是有越來越多的證據說明日本有一些擔任政府要職的領導人堅持執行支援納粹德國及其征服政策的方針。而他們贊成同美國取得的唯一諒解是，如果美國由於執行它目前的自衛政策而捲入歐洲戰爭，日本就可幫助希特勒作戰。
赫爾說，如果這種態度保持不變，想使會談產生圓滿結果就是一種幻想。就象赫爾6月22日向野村指出的那樣，這番話是針對松岡而說的。赫爾還暗示說，德國進攻蘇聯，為日本提供了擺脫三國公約約束的機會；但是野村回答說，日本不能拋棄三國公約。美國人於7月2日截獲的日本電文表明，日本打算利用新的形勢來從中漁利，尤其是想進一步南進。
7月10日和12日，東京舉行聯絡會議對美國6月21日的建議草案進行了辯論。松岡對赫爾的最後宣告大為惱火。他說得很對，這簡直是要他下臺。於是他要求拒絕這個宣告，並中止會談。然而，在這一問題上，他的主張被壓了下去，一個折衷方案擬訂了出來。關於三國公約問題，這個方案說，萬一歐洲戰爭蔓延開來，日本政府將完全根據本國的福利和安全來決定自己的態度。但是，松岡仍然頑固不化；他向德國人透露了日本的新建議，並且不管近衛怎樣反對，於7月14日向駐華盛頓的使館發出指示，指責赫爾的宣告是“不全面和不適當的”，他還說，除非美國收回這個宣告，否則日本將中止會談。這樣做終於導致了松岡的下臺，7月16日，近衛內閣辭職，兩大以後再重新組閣，由海軍大將豐田擔任外相。
松岡在日本外務省的這段預兆不祥的任期，就這樣結束了。但是，他的下臺並不能剎住他已經啟動的那股走向災難的衝力。近衛的第三任內閣仍然受到7月2日的御前會議決議的束縛；不管松岡的免職會帶來什麼好處，這些好處都因日本佔領印度支那南部而失去其價值。
日本最高統帥部認為，作為進攻荷屬東印度的第一步必須先得到印度支那南部的海、空軍基地，以便給遠征軍提供足夠的掩護。日本如果要對馬來亞和新加坡發動進攻，也需要考慮這一點。儘管裡賓特洛甫和希特勒曾經建議松岡發動突然襲擊，可是，日本的戰略家們認為在沒有作好初步準備的情況下，不能採取這樣的打法。
6月21日，松岡對奧特說，日本不準備同荷屬東印度恢復談判。日本將使用武力，為此，必須首先得到印度支那南部的一些基地。於是，他命令大島請求德國政府說服維希政府同意日本得到這樣一些據點。值得注意的是，日本在德蘇戰爭爆發之前，已經作了進軍東印度的決定。戰後，東條在東京國際軍事法庭上供稱，這一決定是在6月13日，即芳澤的使命失敗的訊息傳到以後不久作出的。德國進攻蘇聯的訊息有一度確實使日本的政策陷於混亂，但是，如前所述，7月2日的御前會議決定，反對立即向蘇聯進攻，而贊成向東南亞進軍。7月3日，松岡通知奧特，日本一定要拿到印度支那南部的一些基地。7月4日，德國駐曼谷公使彙報了德國駐該地的武官同日本大使館秘書的一次談話。那位日本秘書說，由於同東印度荷蘭當局的談判失敗了，日本非奪取那裡的石油資源不可，要不然，日本海軍將會喪失活動能力。在