他回到上海後，受到了好朋友柳亞子等人的邀請，到《太平洋》報社任主筆。還在柳亞子的勸說下加入了著名的“南社”。在報社，蘇曼殊遇到了從日本留學剛回來的李叔同，他們兩個有著相似的經歷，而且最終都與佛有緣，還皆擅丹青。不過曼殊的山水畫，多取材於古寺閒僧荒江孤舟，畫風蕭疏而孤僻；而李叔同性格清淡穩重，擅長花鳥。他們倆全都做著報社的美術編輯工作。
柳亞子的朋友葉楚傖久聞蘇曼殊的畫名，費盡心思要要得到他的畫，後來硬是以同為“南社”成員的身份，用小計策把蘇曼殊“囚禁”起來，才得到了那幅著名的《汾堤吊夢圖》，畫作完成之後隨即就被李叔同鑄版在報上發表了出來。同時也刊出了李叔同一幅用隸書筆意寫成的英文《莎士比亞墓誌》，堪稱“雙絕”，一時洛陽紙貴。之後，蘇曼殊的小說《斷鴻零雁記》也被李叔同拿到報社連載，小說寫得情真意切，哀婉動人，主人公的遭遇其實就是蘇曼殊的經歷，刊出反響非常極大，可惜的是報社很快發生了資金的危機，到了一九一二年的十月份終於被迫停刊。
此後的一段時間，蘇曼殊到了安徽安慶的朋友那裡教書，直到第二年的年底，肺脾都嚴重發炎，每當發病時全身疼痛，無奈只能在十二月份東渡日本養病。到了日本他只是先住在一個旅館中，後來病情加重才到東京就醫。蘇曼殊生病期間還去看望了河合若，為她添置了書櫥、椅墊等生活物品，這個時候他已知道，這位喚了二十多年的小姨就是自己的親身母親。
蘇曼殊的飲食習慣非常沒有規律，遇到愛吃的東西準吃個大飽。比如日本人有吃冰的習慣，中國留學生一般不怎麼吃冰，覺得那有礙健康，蘇曼殊不但要打破這個陳見，一吃就吃好幾斤，對於甜水果吃起來更是沒有節制，這也損害了他本就虛弱的身體。
五
這次蘇曼殊在日本的時間最長，一共住了三年。直至一九一六年的春天，他才回到了上海。回國後蘇曼殊在杭州結識了國學大師馬一浮。馬一浮早年赴紹興參加縣試，與魯迅兄弟同考，結果馬一浮的成績名列第一而魯迅還排在他後面。後來馬一浮又遊訪過美國，精通西學，不過他認為西學仍不如國學，六藝可以囊括一切學術，是新儒學的代表者，他也早聞蘇曼殊的盛名，兩人相見恨晚，非常投緣，對蘇曼殊，馬一浮有這樣的評價“固有超悟，觀所造述，智慧天發，非假人力”，可見蘇曼殊的天才是沒有人不佩服。
在上海，蘇曼殊的腸胃病又復發了，痢疾不止，很快被送進了霞飛醫院。孫中山一向對蘇曼殊很器重，這一點當時在上海的蔣介石也是知道的，而且蔣介石也非常敬仰這位才名遠播的僧人，知道他住院時經濟拮据，還讓蘇曼殊當年的學生陳果夫送去醫藥費。甚至把他請到自己的家中去住，在蔣的寓所裡，蘇曼殊的病情更加嚴重了，於是被送進了廣慈醫院，朋友們希望這所醫院能挽救住曼殊年輕的生命。
蘇曼殊知道自己病情的嚴重，似乎明白自己也許不久於人世，他到沒為自己感到傷心，時常想起的只是那句自己曾寫過的詩句：“眾生一日不成佛，我夢中宵有淚痕。”，作為一個普渡眾生的僧人，早已把自己的生死度之以外，眾生成佛才是他最大的心願。 一九一八年的五月二日，蘇曼殊被病痛奪去了生命，彌留之際的最後一句話是“但念東島老母，一切有情，都無掛礙”，除了他的母親，這一生他確已沒什麼掛礙了。他走得那麼灑脫那麼年輕，在人世只度過了三十五個春秋。
那些朋友都知道蘇曼殊生前喜歡杭州，鍾情西湖。於是他們在西湖的南岸山腳下，為他選了一塊風景優美的安身之地，讓蘇曼殊可以常與湖山做伴，再不孤寂。
後記（1）
寫一本書好似一次行旅，到了終點該緩口氣了，卻發現腳下又將是下一個起點，所以後記只是一種了結而非終結。就像行旅者在遠鄉青山間走了很久，偶遇一座茶亭，那就歇歇腳，坐下來，會心地從茗香清風中品咂來路的艱辛，稍作恢復，便又該啟程。
創作可以說一項時間的事業，創作本身需要時間，而作品的好壞也需要時間來評斷。以後散文還會繼續寫下去，小說也不會丟棄。寫散文是寫我想說的話，寫小說是替筆下的人物說話，這兩者是不矛盾的。很多讀者在看完我的第二本諷刺小說時給我來信，他們讀慣了我那本《山河寂寥》的風格，驚訝一個人怎會寫兩本差別如此之大的書，一個嚴肅的散文作者怎會還有尖刻的另一種文風，說有些作家都只寫一種風格的文章、一種風格的書，怎麼獨你左右開弓。其實這也不足為怪，對