水的劉牢之殺死。這時，另一割據者桓玄趁機佔據荊州，封鎖長江，朝廷僅能控制東方的吳越舊地。
隨著東晉統治集團內部矛盾的日益加劇，各政治勢力之間此消彼長，自相殘殺。司馬道子歷來都想排擠桓家的勢力，控制荊楚。桓玄曾經拜訪司馬道子，正趕上司馬道子喝得大醉，他瞪著眼睛問旁邊的客人：聽說桓溫晚年的時候想造反，有這事嗎？不知道他是真醉還是假醉，不過可見司馬道子早對桓家有所嫉恨。桓玄又驚又怕，汗出如漿，伏地不起。自此以後，桓玄內心更加不安，對司馬道子恨得咬牙切齒，發誓要雪辱父之仇。
桓玄封鎖了長江中上游，禁止商旅往來，搞得建康公私匱乏，只能用橡子充做軍糧發給士卒。司馬元顯父子忍無可忍，首先發難，進攻桓玄。而桓玄則收買了北府兵將領劉牢之，攻入建康，殺死司馬元顯父子，掌握了朝廷大權，將東晉王室置於自己的掌控之下。
隨後，桓玄又恩將仇報，剪除了對劉裕有知遇之恩的劉牢之，又大殺與劉牢之關係密切的北府宿將，北府宿將差不多都被殺光了。但對同樣是北府宿將的劉裕，則特意擢拔重用。為什麼呢？當桓玄獨攬