為了對付官僚群體對新的選拔思路的抵制，他對科道官員的推舉乾脆規定了比例：進士佔四分之三，舉、貢佔四之一，確保總能有一部分優秀的舉貢人才進入科道。對太常寺（禮樂司）、鴻臚寺（禮儀司）及五城兵馬司（首都警備區司令）等衙門的主官，均取消了出身限制，非進士的也可擔任。
有一個他“破格用人”的例子最為搶眼。吏員出身的黃清曾任通判，為官一貫清廉，被譽為“天下第一等清官”，且富有才智，善於應變。後任嘉興同知，主持修建2700餘丈長的海鹽縣海塘，工程至為堅固，費用最為節省（因為不貪汙）。此人什麼都好，就是與上級、同僚的關係處不好。張居正不顧下面的議論，將其提拔為兩淮鹽運使同知（副省級），讓他主持修建漕河關鍵部位——高寶內堤。此堤在這之前長期完不了工，黃清一去，兩年即告完工。張居正激賞此人能力，又提升他為太僕卿（馬政司主官）。黃清死後，張居正應總理河道大臣潘季馴的請求，為黃清立了祠，以供百姓紀念。小小一名吏員，“編制之外的”，竟受器重若此，對當時官場震動極大。
明代的官員任職，還有一大弊病，就是任期過短。本來明初洪武至正德之前，官員任期一般是九年，叫做“考滿”，考滿了才能調動。如果政績卓著，上下都很滿意，則任期也可能長於九年。各時期都有任期超過十五年的地方官。永樂至正統年間，任吏部尚書的蹇義甚至連任三十三年，幾乎幹了一輩子“太宰”。
到正德年間，這個好傳統被武宗毀壞，任職更調過於頻繁。一官到任，*股還沒坐熱就走了談何瞭解一方民情？辦妥一件實事？官員在任時，都毫無長期打算。只要“無過”就可升遷，誰還願意多事？所以皆“不以民事為急，崇尚虛文，計日待遷”。有那說得天花亂墜如孔孟再生、實際事務一樣不幹的，也許反而升得更快。
嘉靖年間也曾經有過規定，官員必須期滿才調動，“不許無故更調”，但卻實行不了。隆慶年間，有所好轉。張居正則在萬曆二年，明確了久任之法，規定知府透過兩考（三年一次考核）才能升職，如滿了三考也就是任職九年，就可升布政使、按察使（正省級），不滿九年的只能升副職，這中間差了兩個級別。還規定，各省提學官沒處理完本年科舉事宜，不得升調
各部官員也是如此，如有賢能稱職者，就地加官，不必紛紛更換部門，免得客觀上鼓勵奔走謀肥缺的慾望。
當然，佔著茅坑不幹事也不行。張居正還規定，知府知縣“有才不宜於官、官不宜於地者”，省長可以自行調換。
這久任之法一實行，官員想坐火箭也難了，必須得在任上幹出點實事，否則影響升遷。
——驢子是怎樣跑起來的？很簡單，就是用鞭子趕的。
張居正在考成法之外，對吏治採取的第二個辦法，是整頓考核制度。
大明帝國的官員考核，在制度上可以說是很嚴謹的，但好制度就怕歪嘴和尚。本來，“考滿”制度相當科學，三年初考，六年再考、九年通考，只要有成績，就升兩級，跨了一大步。另外還有“京察”，每六年對全體京官考察一次：“外察”，正式名稱叫“大計”，每三年對外官考察一次。“考滿”制度是看你政績，京察外察是挑你毛病，側重點不一樣。
這一套制度，遇到了歪嘴會如何呢？就是走過場，考語不實，賞罰不公，甚至到期不考的也有。
張居正瞭解這裡邊的癥結，他說“吏之難，非治民之難也，（而是）事人之難也。非得下之難也，悅上之難也。”看來，官兒也不好做啊——不是治理老百姓難，而是伺候人難；不是物色能幹的下屬難，而是取悅上級難。
張居正，太瞭解官員的痛苦了！
烏紗革履夜夜飯局，那是表面光；迎來送往、笑到臉僵，才是全無脊骨反類犬，不如平頭老百姓有尊嚴！
可是，“為人上者又以愛憎喜怒”來評定名次，“說你是不是也是、是也不是”，你有甚辦法？誰叫他官大呢！
把大官伺候好了，不管你幹得好壞，他都給你下個“稱職”的評語，你就算沒白朝他笑。
本來明初時規定，官員考語由各衙正官來寫，“察其行能，驗其勤惰，從公考核明白，開寫稱職、平常、不稱職詞語”（《明會典》）但是各衙正官一般誰肯得罪人？你好我好大家好，到後來通通寫上“稱職”。大明稱職的官員，你要是隻看考核記錄，那是成麻袋的裝，但沒幾件事情是幹明白了的。對此，張居正嚴令，考語必須分出等級，“大家好”就是大家