鎮懾省城，並把有革命傾向的黃國樑所統八十五標調離太原，以防意外。會後，閻錫山立即與黃國樑、溫壽泉等召開秘密緊急會議，籌商對策，確定八十五標不離開太原，領到子彈後即發動起義；29日，以該標第二營管帶姚以價為司令官，率部起義，攻打撫署。閻錫山認為時機已到，便玩弄兩面手法，一面給所統八十六標下令，稱〃八十五標兵變〃，調動一部分兵力協助清軍保護撫署；另一方面密令餘部將守衛撫署，抗拒起義部隊的巡防馬隊營相機擊潰。部署完畢後，他即躲藏在大教場東北的樹林裡，派人四下觀察打探情況，隨時向他報告，以便看風使舵，從中操縱。成則居功，敗則諉過。當起義軍佔領巡撫衙門，擊斃巡撫陸鍾琦，起義勝局已定時，他便公開率部參加起義。
太原起義成功的當天，閻錫山、溫壽泉、姚以價等起義頭領舉行會議，推選山西領導人，組織領導機構。會前，閻錫山即與同盟會員溫壽泉、張樹幟等在閻之標部密商都督人選。他主張選姚鴻法為大都督，並向眾陳說了兩條緣由：一是姚鴻法原任四十三混成協協統，是閻的直接長官，辦事較為方便；二是如果起義最後結局失敗，姚之父親系清廷陸軍部侍郎，事情也好緩和。後因姚本人不同意，又內定選閻錫山為大都督。在公選會議上，張樹幟發覺有選立憲派首領梁善濟的傾向，便立持手槍跳到主席臺上，把梁善濟擠到身後，大聲號召說：〃選閻錫山為大都督，贊成的舉手！〃全體議員在驚愕中，相顧舉手，一致透過，就這樣，閻錫山、溫壽泉分別當選為大都督和副都督。他們立即組織山西軍政府，建立統治機構，委派各部負責人，釋出安民告示和起用黃帝紀元作年號，懸掛〃八卦太極圖〃旗。將部隊整編為四個標，設東路軍、南路軍、北路軍總司令；另建一個前敵委員會。令其一部扼守娘子關、固關等要衝；另一部繼續攻取雁門、大同、臨汾、運城等地。同時，一面派員前往北京與清廷通融，以期緩和局勢；一面派員到起義成功的武昌等地聯絡，爭取軍事援助，以備清廷興兵###。清政府委派第六鎮（相當於師）統制吳祿貞為山西巡撫，帶兵入晉，鎮壓革命。但吳祿貞早年就已秘密參加了革命，當領兵進至石家莊後，即前往娘子關與閻錫山會晤，商定了組織〃燕晉革命聯軍〃，由吳祿貞擔任大都督兼總司令，閻錫山、張紹曾為副都督兼副總司令，公然打起反清旗號，決定會師北京，掃除清室。閻當即派兵兩營，歸吳指揮，在石家莊截攔清政府的軍械，扼制京漢鐵路。正在湖北指揮作戰的新任清政府內閣總理大臣袁世凱，對閻、吳之舉恨之入骨，便以重金賄買吳祿貞舊部周符麟，設計將吳刺殺。〃燕晉革命聯軍〃因失去統帥，立即分化，閻錫山令其兩個營撤回娘子關。袁世凱回京後，又派張錫鑾為山西巡撫，帶領第三鎮曹錕所部進攻山西，相繼攻破娘子關、井陘等要地，閻則帶領部分民軍撤離太原。途中，他感到此舉失策，為保全其所謂革命榮譽，便通電全國，聲稱進軍北路，攻取大同，於1912年1月，與吳行芳、張培梅帶領的雁門、懷仁兩部民軍會合，攻佔包頭。
同年2月，清帝下詔退位，南北政府和議告成，袁世凱竊據臨時大總統。閻錫山看到形勢已定，便下令返省。但袁世凱藉口山西起義後，當清軍進攻山西時，閻錫山棄城出走，不承認山西為起義省份，用以打擊閻錫山。因此，當閻領部進至忻州時，便嚴厲電令其不準擅自行動。閻錫山對此莫測所以，極為恐慌。他想，要回太原重新執政，非投靠袁世凱不可。這時，他探知定襄縣董崇仁自幼出入宮廷，與內侍人等非常熟悉，並曾與袁世凱拜過把子，便邀其隨同派員一起，星夜進京謁袁，竭陳擁護之意。同時，派人前往上海，面見孫中山請求支援。後經孫中山為山西起義力爭，加以董崇仁在京多方疏通，袁世凱才於3月15日任命閻為山西都督，他才得以重返太原。
一、善鑽營主政山西（3）
當時，山西政府規模初具，新舊兩派傾軋激烈。閻錫山暗中操縱，左手拉住同盟會和民主共和，右手又拉著袁世凱的君主立憲。這年8月，同盟會改造為中國國民黨，閻錫山被選為參議。但他為穩定在山西的地位，執掌山西大權，對孫中山只作表面上的應付，而採取各種手段，討好袁世凱。他派人常駐北京，賄賂袁的親信總統府秘書長梁士詒，向袁表示恭順。薦請任命董崇仁為晉南鎮守使，又請任與袁族有親戚關係的陳鈺為山西民政長。還不惜送自己的父親閻書堂常住北京，作為人質，以解袁的懷疑，取得袁的信任。10月，袁世凱下令解散國民黨，閻立即宣告脫離國民黨，並秉承袁的指令，在三個月內將山西國民黨