上諭。這是重大訊號。
過了幾日，因為山西巡撫人選之爭，再出一道聖旨，指名道姓譴責魏大中“欺朕衝幼，把持會推，以朝廷封疆為師生報德”。又有“你部院大臣，奉旨看議，何必含糊偏比【偏，偏向；比，勾結】，委曲【這裡作不正直講】調停”｛126｝之語。部院分別指吏部和都察院，它們的領導人，一個是趙南星，一個是高攀龍。這道聖旨再次提到“朋謀結黨”。
受到皇帝明確指責，趙南星、高攀龍按照慣例，先後請求罷免己職，均得批准。其中，趙南星免職的旨意，徑由內出，根本不經過內閣票擬，也就是不給內閣———葉向高去後，韓爌繼任首輔，他也被視為東林黨———說話的機會。高攀龍之罷，雖然交由內閣票擬，但當內閣認為以一件並不很嚴重的事，驅逐兩位重臣（吏部尚書、左都御史屬於“九卿”），處置失當時，朱由校———或者完全將他控制起來的魏忠賢等———便甩開內閣，直接傳旨准許高攀龍辭職。
難兄難弟：由校和由檢（31）
韓爌、朱國楨兩位內閣大臣做了最後抗爭，批評這樣的重大問題一個“御批徑發、不復到閣”，另一個雖下內閣票擬卻“又蒙御筆改移”，“大駭聽聞，有傷國體”。而朱由校的回答，不僅重申對免職者“師生植黨”、“附和依違，全無公論”、“不知有朝廷”的指責，還特意提到“或世廟時必不敢如此”。｛127｝世廟即世宗嘉靖皇帝，那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段時期，看來，朱由校以及魏忠賢等都對嘉靖時代心嚮往之，也希望親眼看到那樣的局面。
除內閣外，吏部和都察院是東林黨人盤踞的兩塊最主要的朝中要地，吏部主管幹部選用和升遷，都察院負責幹部監察和紀檢，因此，如果說東林黨一度操天啟朝組織工作大權，不為過。反之，自朱由校和魏忠賢來看，過去的吏部、都察院完全變質，為牛鬼蛇神把持，是個黑窩。趙南星、高攀龍被揪出打倒，乃端黑窩的第一步。要徹底打掉東林黨人的黑線，還需要把鬥爭引向深入。
十月十六日、十八日，趙南星、高攀龍先後去位，僅隔兩天，十月二十日，由顧秉謙、魏廣微起草，朱由校批准的一份詔書，即向全國公佈。｛128｝詔書有別於日常政務中的上諭，用以釋出更加正式並且要宣達於全體國民的重大決策。與一般的簡短不同，這份詔書長四百餘字，有點鴻篇鉅製的意思，實際上，它就相當於發動反對東林黨運動的宣言書。內容分三層，首先是對朝中嚴峻的政治形勢加以回顧和描述：
大小臣庶，坐享國家之祿，靡【無，沒有】懷君父之憂，內外連結，呼吸應答，盤踞要地，把持通津，念在營私【心思都在營私上】，事圖【對事情的看法、思路和主張】顛倒，誅鋤正人【閹黨之自詡】，朋比為奸，欺朕幼衝，無所忌憚。
第二，當前“群小”的猖狂和鬥爭的緊迫性：“邇年以來，恣行愈甚，忠貞皆為解體，明哲鹹思保身。”提到四月份以來楊漣等踵繼彈劾魏忠賢的浪潮，說：“朕前已有特諭，備極鮮明，如何大小臣工，視若弁髦【弁髦，古代貴族子弟行加冠禮時用弁束住頭髮，禮成後把弁去掉不用，後喻沒用的東西】，全不尊信？”———我明明表過態了嘛，立場很鮮明嘛，為什麼這些人根本聽不進去，全當耳旁風？提到山西巡撫職位會推一事，“皆是欺瞞，但遂營謀之私”，提到趙南星、高攀龍的垮臺及其反響，“今元兇已放，群小未安，或公相黨救，或妄肆猜忖”，意即他們“人還在，心不死”。第三，發出嚴正警告，表明將鬥爭進行到底的決心：
諭爾徒眾【正告你們這些反動派的追隨者們】，姑與維新【姑且讓你們參加到改過自新的隊伍中來】，洗滌腎腸，脫換胎骨。果能改圖【改變思想認識】，仍當任用，如有怙【恃，倚仗】其稔惡【稔，熟悉的意思；稔惡，猶言邪惡成性】，嫉夫善類【閹黨之自詡】，甘願指縱之鷹犬，罔慮胎【指早已種下的根因；《漢書》：“福生有基，禍生有胎。”】遺之禍患，朕將力行祖宗之法，決不襲姑息之政矣！
曾經有人設想，趙、高罷免之後，東林黨人暫作韜晦之想，俯首低眉，或能躲過一劫。其實並無此種可能。權力鬥爭，猶如兩個互相扼住咽喉的人之間的比拼，毫無退路，誰先鬆手，則性命立為對方所取。職是之故，儘管詔書聲色俱厲，尚存於朝的東林黨骨幹仍然只能硬著頭皮順慣性往下走。趙、高空下的位子，需要提出人選。起初，吏部、都察院分別提出由吏部侍郎陳於廷、左副都御史楊漣暫時代理。這兩人都是東林黨，不可能獲准。不過朱由校還算客氣，只是