魏忠賢頓時惡向膽邊生，“遂矯旨【假傳聖旨】午門前行杖一百棍”，密令行刑者照死裡打，“杖後，於御道前倒拖橫曳者三匝，甫出而氣絕矣”｛120｝。
好像萬燝並非東林黨，但後來史家還是把他算做死於黨禍之第一人：“此奸逆縱殺立威第一人也。”｛121｝意思是，魏忠賢是從這裡大開殺戒，向東林黨發起總攻的。
從這天起，血腥的帷幕緩緩拉開。閹黨已然決意全面清算所有敢於向其權威挑戰者。但誰也不會想到，下一個目標，竟直指內閣首輔葉向高。在閹黨看來，葉向高是東林黨人的總後臺，雖然葉為人老成持重，甚至私下並不贊同楊漣激化事態的做法，但閹黨仍然認為“必去葉向高而後可”｛122｝，不扳倒葉向高，而欲給予東林黨以毀滅性打擊，是不可能的。他們像蒼蠅趴在雞蛋上那樣，仔細尋找著任何微小的縫隙。
終於，他們找到了。
當時負責糾察京城政紀的御史，名叫林汝翥，據說是葉向高的外甥。不久前，有兩個太監虐害市民，治安當局不敢處置，事情傳到“紀檢書記”林汝翥耳中，他大怒：豈有此理！遂綁了來，各處鞭刑五十下。受罷刑，兩個太監找主子王體乾哭訴了，王聽說林御史乃葉向高外甥，如獲至寶，遂與客、魏一起，奏於朱由校，把事情說成林汝翥濫作威福，汙辱內臣。朱由校這個傻帽兒，立即相信，命如萬燝例，也杖一百，削職為民。
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難兄難弟：由校和由檢（30）
得了旨意，宦官們即撲向林宅。可是那林汝翥事先聞知此事，腳底抹油，不知去向。林汝翥一溜，眾宦官正中下懷，當即奔葉向高府邸而來，以林汝翥乃葉氏外甥為由，“群璫數十圍葉寓，直入內宣，喧譁搜捉”，直到葉向高緊急上奏，朱由校親自下令，眾宦官這才停止衝擊首相私邸，撤圍回宮。｛123｝
林汝翥出於畏懼逃脫，行為怯懦，有失憲臣風範，他自知可恥，不久就現身投案，被打一百棍，幾乎死掉。
但這件事情根本是衝葉向高來的。“中官圍閣臣第，二百年來所無。”｛124｝這是巨大的羞辱，發生這種事態，出於榮譽感和抗議，為全體士大夫的尊嚴計，葉向高必須主動請辭。於是，遞上一份又一份辭呈，朱由校照例不允、挽留。但他如果確有誠意，應該處分衝擊葉府的宦官，但他卻並無表示。葉向高見狀，堅持辭職。虛情假意幾個回合，朱由校也就批准了葉的請求。
這又是閹黨一大勝利。通往迫害的大門從此豁然敞開，楊漣、左光斗們即將大難臨頭。
東林黨倒也不曾坐以待斃，但他們能夠應戰的方式，有限而且無力。一是在一些職位人選上，與閹黨爭奪；二是上書皇帝，指摘和抨擊閹黨。八月，都察院左都御史孫瑋病故，趙南星以吏部尚書主持廷推，擬由楊漣升任此職，但被朱由校斷然拒絕。於是，改推高攀龍，得到批准。
結果似乎不錯，處境似乎不是那麼不利，東林黨人緊張的心情，稍得鬆緩。這或許使他們錯誤地估計了形勢，尤其是朱由校的態度。他們繼續抨擊閹黨，試圖在輿論上進一步影響皇帝。其實這根本沒用。以朱由校那樣是非完全混亂以至顛倒的人，就算遞上一萬本揭批奏章，亦無損閹黨一根汗毛。至於個別職位的爭奪，當皇帝本人已為閹黨所左右的情形之下，也是毫無意義的；何況，允許高攀龍主掌都察院，難保不是閹黨一計，故意給你一點甜頭，讓你錯判形勢，助你驕縱之氣。
實際上，東林黨不斷參劾閹黨人物的做法，確實已經讓朱由校感到心煩。對於國事，他毫無興致，只希望別來打攪他幹木匠活、嬉玩。魏忠賢、客氏、王體乾等了解這一點。東林黨人不斷添擾之際，他們就在一旁挑撥，加重朱由校的不悅。他們說，這些人打著憂國旗號，目的卻是拉幫結派。這個分析，很能打動朱由校。他覺得這些人喋喋不休的樣子，確實像是宗派主義、山頭主義。
十月八日，他第一次表態：
近日蹊徑歧分，意見各別，愛憎譭譽，附和排擠。大臣顧昔【惜】身名，動思引去，小臣瞻風望氣，依違自合。職業不修，政事隳廢。當由紀綱不肅、結黨徇私，以至於此。特戒諭爾等，滌慮深思，更【改易，丟棄】私易轍。｛125｝
雖然不曾點名，矛頭是指向東林黨的，“大臣顧昔身名，動思引去”這句一望而知是針對葉向高。整個旨意，明顯可見閹黨觀點的影響，“結黨徇私”四個字正是閹黨急欲給予楊漣、左光斗、趙南星、高攀龍等人的定性，現在終於被寫入