而，寇謙之對太武帝滅佛活動，不太熱心，甚至反對。
他認為道教己處於國教地位，佛教己無力相爭，沒必要排佛；他認為新天師道吸收不少佛教義理。
道佛互相融合，可以共處，根本沒有發展到你死我活的地步；他更認識到以太子晃為首的鮮卑貴族崇佛抑道；排佛過於激烈，勢必影響政局不穩，不利道教。
所以，對於執意滅佛的崔浩，多次爭辯利害得失，崔浩不聽。
崔浩想施展用儒家思想來治國，削弱貴族勢力；寇謙之意識到這可能逞一時之快，而最終會招致殺身之禍，前景相當嚴重。
寇謙之不僅想到崔浩的未來災難，也想到了他自己的現狀。
他以太武帝名義修建“靜輪天宮”因“必令其高不聞雞鳴狗吠之聲，欲上與天神交接，功役萬計，終年不成”，而招致皇太子一幫人的非議：“寇謙之想以無止境的時間，辦不可能辦到的事，費損財力，疲勞百姓，恐怕不太合適吧？”
太武帝也認為無不有理，寇謙之很清楚這個內情。
他還意識到他所招收的新老弟子，入京城之後，個個貪圖享受，無所長進。
而且自己己年過八十，道教後繼無人，靜輪天宮，己歷時十八年，而竣工無期，這使得寇謙之己力不從心了。
他是否感到大限將至，有一天他對弟子們說：“當我寇謙之在世之日，你們可以求得榮華富貴，一旦我去世，這靜輪天宮真難修成呵！”
太平真君九年（公元448年），寇謙之預言不久的夜裡，在尚未完工的靜輪天宮裡悄悄仙去了，享年八十三歲。
兩年後，崔浩奉命纂修國史，太子晃先表面贊同他秉筆直書。
等到國史修成後，又藉口崔浩“盡述國事，備而不典”，將其誅殺，並盡戮其族。
崔浩之死，正被寇謙之在預言言中！
北齊文宣帝高洋天寶六年（公元555年），道佛論爭，道教失敗。
文宣帝下令廢除道教