馬遷晉升為中書令，成了劉徹御用的秘書長，擔任出入奏事的職責，年薪一千石。
劉徹去泰山封禪的時候，還特地帶上了他。
我其實喜歡從更多的地方跳下去，我瞭解這縱身一跳全部的特質和樂趣：從黑色的大石頭上，我需要奮力一跳，不能落到石頭上，相對於石頭來說，我跟一枚雞蛋沒有分別；從水牛角上跳下來，應該讓牛頭像鹿角那樣舉起來；很少有適合往下跳的樹杈；從大草垛上往下跳是最舒適的，但是爬上去得動作要小。後來我創造了一種平地跳術，起落點無落差，在一塊平地上把自己從高處放到低處：就是這樣，彎腰曲背，身體前傾……如果你害怕的話，你可以雙手護頭……輕輕前躍，關鍵動作是翻騰270度，背部著地，像是蒼蠅拍，叭的一聲，貼到地上……也許你可以拿水面試一下，我更喜歡鬆軟的草地，很多骨骼會受擊，肘和肩是硬碰硬後響亮的痛，整條脊椎裡，流水一樣的疼痛，嘩啦啦地，後腦偶爾會被磕碰到，疼痛很沙啞。我要在地上躺一會兒，給疼痛留一些時間，就像我從麥田裡把手抽出來，需要時間來清理肉窩裡土粒和麥葉。這個時間持續的越長，那跳，就越讓人迷戀。
公務之餘，司馬遷僅僅用了一年半的時間，就完成了受刑前折騰了十年而無所成的《史記》，成為二十四史之開山之作，就是在兩千年後，仍有大作家讚揚它是“史家之絕唱，無韻之離騷”。
司馬遷在給寫給官場朋友任少卿的信中，描述了他當時的創作心態和歷程，照錄如下：
蓋西伯拘而演《周易》；仲尼厄而作《春秋》；屈原放逐，乃賦《離騷》；左丘失明，厥有《國語》；孫子臏腳，《兵法》修列；不韋遷蜀，世傳《呂覽》；韓非囚秦，《