俊、徐海、毛烈等在各路大名支援下，襲用倭人服飾和旗號，乘坐張有“八幡大菩薩”旗幟的八幡船，劫掠明朝東南沿海地區，他們殺戮百姓，燒殺姦淫，真是無惡不作。明廷的禁海政策和清剿行動極大地限制了汪直等人的海上貿易活動，也限制了瀕海居民乃至一些海商鉅富的生存和財路，從而引起了這些人的不滿和反抗，他們同劫掠中國東南沿海的倭寇相結合，成為明朝統治者的心腹大患。
明嘉靖二年（1522）六月，大內氏使臣（使臣：這裡指日本大名出使明朝的使者） 宗設、謙導 與細川氏使臣 瑞佐、宋素卿 因爭奪對明貿易，在明朝大地上相互廝殺。宗設誅殺瑞佐，又以追逐宋素卿為名，大肆搶掠寧波、紹興一帶，明朝將領劉錦、袁璡等人陣亡，此即震動明廷的“爭貢之役”。此後，明廷要求倭方懲辦宗設等人，釋放被擄官民，遵守兩國原訂合約，繼續貿易。倭方卻斷然拒絕，致使兩國貿易中斷，而這又促使倭寇走私更為猖獗。
明嘉靖二十一年（1541），倭寇入侵台州，攻杭州，侵掠浙江沿海。兩年後，汪直等引倭寇於寧波境內肆行劫掠，又于山東、南直隸、浙江、福建、廣東等沿海地區大肆燒殺擄劫，江浙一帶民眾被殺者高達十萬人，這嚴重破壞了明朝的社會生產，威脅沿海人民的生命財產。明廷在剿倭上的無能卻令人大跌眼鏡，由於朝廷*，沿海士兵、戰船銳減，海防設施久遭破壞，為倭寇提供了可乘之機。
明嘉靖三十三年（1554）四月，胡宗憲開始負責東南沿海抗倭之事。明嘉靖三十五年（1556），胡宗憲誘捕汪直，並於三年後將其斬首，但倭寇並未因為汪直的死而有所收斂。抗倭名將戚繼光針對南方多湖和倭寇作戰的特點，創造了攻防兼宜的“鴛鴦陣”，以十二人為一隊，配以盾、槍、刀等長短兵器，依形勢變換隊形，靈活作戰。他還發明瞭對付倭刀的兵器——狼銑，它是用整根竹子作成，並在頂部安裝槍尖。倭刀屬於短兵器，狼銑是長兵器，竹子頂部的枝冠可以將倭寇有效地阻擋在遠處，使他們不得靠進半步。
明嘉靖四十年（1561），戚繼光大敗倭寇於台州。一代儒將俞大猷創造了一套用樓船殲滅倭寇的海戰戰術，還發明瞭陸戰的軍用獨輪車，與戚繼光合稱為“俞龍戚虎”。 明嘉靖四十四年（1565），俞大猷率水兵，戚繼光領陸軍，於南澳剿平廣東的倭寇，解除了東南倭患。
萬曆皇帝登基後，帝師張居正實行大刀闊斧的改革：實行“考成法”整頓吏治，明確官員責任，裁減冗員，節省了朝廷的俸祿開支；推行“一條鞭法”改革賦役，比先皇隆慶帝時每歲所入增長了74％（記於《明通鑑》卷六七）；任用名將戚繼光、李成梁等整飭北方邊鎮防務；任用潘季馴治理黃淮，也頗有成效，史稱這段時期為“萬曆中興”。雖然張居正、戚繼光死後，政務、軍務慘遭廢止，但是這次改革畢竟奠定了明朝的基礎，使之能夠迎接這次倭寇的大規模入侵。
從左至右：戚繼光畫像，俞大猷塑像
再說地處明朝東北的朝鮮地區，先後歷經了箕子朝鮮、衛滿朝鮮等時期； 最後高麗國的李成桂在內亂中獲勝，統一了高麗，並由明太祖朱元璋賜國名為朝鮮，建立了末代的李氏王朝（作者注：後文簡稱為李朝）。由於地理位置的原因，朝鮮在政體、經濟、思潮、道德準則等方面都受到明朝的極大影響，甚至年號和國王及官員的服飾也照搬明朝。
在行政管理方面，朝鮮全國被分為八道，俗稱“朝鮮八道”，道下依次設州、府、郡、縣：
京畿道：漢城府、開城府，首府漢城府
慶尚道：慶州府、尚州、晉州，首府慶州府
設左兵營、右兵營、左水營、右水營
全羅道：全州、羅州，首府全州
設兵營、左水營、右水營
忠清道：忠州、清州、公州，首府清州
設水營
黃海道：黃州、海州，首府黃州
平安道：平壤府、寧邊大都護府、義州，首府平壤府
江原道：江陵大都護府、原州，首府江陵
咸鏡道（寧安道）：咸興府、鏡城都護府、北清都護府，首府咸興府
其中，慶尚、全羅、忠清、黃海、京畿五道又各分為左右兩道，咸鏡道（寧安道）分南北兩道，平安道分東西兩道，江原道分嶺東、嶺西兩道。
還按傳統將朝鮮全國分為六大區：關北（包括咸鏡道、平安道）、關西（包括黃海道、平安道南部、江原道西部）、關東（包括江原道太白