把持幕政後，委託他繼續經營三好氏舊領阿波國。回到四國島後，在一存的幫助下，偷襲並弒殺了主公細川持隆。為了穩住阿波各地的豪強，義賢迎娶了持隆的側室崗本氏，並立她的兒子 細川真之 為阿波的新領主，自己卻掌握實權。崗本氏後來為義賢生育了兩個兒子，長子就是後來的三好長治，次子以後繼承了長慶四弟十河一存的家業，並改名為十河存保，此二人後文還有表述。以佐野丹波守、久米義弘為首的支援細川氏的豪強對義賢十分不滿，紛紛發難，但都被擊敗，義賢從而完全控制了阿波。此時，長慶在畿內的攻略受到畠山高政和安見直政的挑戰，義賢馬上率兵渡海支援兄長，並把畠山高政從河內趕到紀伊。
三弟安宅冬康繼承了淡路豪族安宅氏，在二哥的支援下率淡路水軍擊破了香西元政，統一了淡路。
四弟十河一存回到讚岐後，立即對由瀨戶內海到中國地區的水上交通實施管制，並與寺社勢力取得和睦。隨後，他開始分化打壓領內的反抗勢力，在得到阿波軍的支援後，徹底降伏了香川氏的屬臣安富氏，並�