三十秒鐘之後，特別飛行隊全部投彈完畢，超低空從正南方撤走，然後轉向正西北飛往中國。十六架飛機八十名機組人員飛抵中國上空，但此時燃料已用完，除十架迫降在海岸邊外，其餘六架機組人員全部棄機跳傘。八十名美軍飛行員除了三個人跳傘時陣亡外，全部被中方扣留。中方針對美國軍用飛機進入中方領空一事，對美方提出了嚴重抗議。直到中國對日本宣戰之後，這些飛行員才被送回美國，這是後話。
這番轟炸猶如一場大地震，登時使日本一片混亂。羞辱、憤怒、惶恐、震驚，種種心情蒙上日本人的心頭。空襲時，天皇裕仁攜皇后正在御花園為前方將士採藥，以示恩澤。警報響起後，他也以為是演習，直到聽到爆炸聲，才恍然大悟，嚇得鑽進櫻花林躲避，周身顫抖不已。直到空襲過後侍衛們四處尋找，才把散魂收回，顧 得往日的風度了，大叫道：“立刻傳東條首相等進宮見朕！”
東條英機與松山元、永野修身等文武百官進宮，一見天皇，東條立即跪倒，哭泣著說道：“臣罪該萬死，疏忽大意，使敵機機了聖駕！”
裕仁是龍顏大怒，道：“爾等曾經對朕說過，太平洋上已經沒有了美國艦隊和美機，那麼今天的事，你們做何解釋？！”
眾臣都跪倒在地沒有人敢說話，昔日向天皇吹噓時的神采蕩然無存。
天皇壓住火氣，緩緩的問道：“有沒有擊落敵機？”
眾臣子又是無言以對。
天皇怒氣騰的一下又升起來了，喝問道：“往日你們一直在對朕說什麼帝國固若金湯，海空無虞，全都是屁話，你們讓朕如何向國民們交待？”
杉山元參謀總長起身而奏：“敵機來勢突然，不及煙耳，實屬無奈。”
天皇怒道：“這也算是理由嗎？”
杉山元無言以答，呆在當場。
天皇又問道：“防空之責，由誰來負？”
永野修身軍令部長奏道：“依分工，是由陸軍統管防空。”
杉山聽罷，認為是海軍想推卸責任，也立即奏道：“永野君言之有理，防空應該由陸軍負責，但是敵機不論從何處何時來襲，均是從海上經過，聯合艦隊為什麼不攔截呢？”
提起聯合艦隊，天皇想起山本五十六，於是問道：“山本司令官同在何處？”
永野回道：“正在東南亞指揮作戰。”
天皇不願看到陸海軍為此事互相攻擊，於是問道：“敵機造成的傷亡和破壞情況怎樣？”
“正在調查！”東條回答道。
“我們一起去看看！”不等眾臣子反應，裕仁已起身向外走去。
……
1941年四月中旬，在“大和”號巨型戰列艦上，日本聯合艦隊正在緊張的舉行總結第一階段作戰的研究會。在會議結束時，山本大將站起來，振振有詞地發表演說，號召海軍盡最大的努力，爭取下一步作戰成功，他說：“……我們已經建立了不可戰勝的戰略地位。……為了牢固保持這個戰略地位，我們必須連續攻擊敵人的薄弱點。這就是我們在第二階段作戰的中心目的。”
然而，第二階段作戰究竟先向哪裡開刀？就這個問題，近幾個月來，日本海軍部與陸軍部以及與聯合艦隊司令部之間，爭論得面紅耳赤。
海軍軍令部、海軍省的戰略家們鼓吹“澳大利亞第一”的戰略思想，主張繼續南下，佔領澳大利亞。此議遭到了陸軍的反對。而鑑於美航空母艦的活動有了驚人的增加，以山本為首的聯合艦隊一派卻主張首先東進，奪取距離夏威夷只有一千一百三十海里的中途島。
陸軍雖然拒絕了海軍攻佔澳大利亞的方案，但主張“不去直接攻佔澳大利亞，準備透過切斷美國和澳大利亞之間的聯絡來扼制美英對日本反攻的企圖。”
在爭論不休的時候，美國對東京的轟炸，幫了他們的忙。雖然這次轟炸使日本人深感不安，但對於日本下期作戰任務的爭論也逐漸趨於一致，那就是，集中一切力量，徹底消滅美國在太平洋中的力量。矛頭直指中途島。
而美國也在積極準備著對日本人的反攻。早在珍珠港事件之後，美海軍司令金海軍上將在他辦公室牆上的一張太平洋海圖上劃了一條由中途島、薩摩亞、斐濟到布里斯班的防線。他曾對太平洋艦隊司令尼米茲說：“你看，就是這條戰線，必須不惜一切代價守住。”
而且，早在1940年三月，金海軍上將就著手組織“瞭望臺”戰役，要求首先佔領圖拉吉島，目的是：
“1、在美國與澳