這好事並沒維持多久。劉毅的勢力被撲滅，迅猛程度遠遠超過包括劉裕本人在內幾乎所有人的預想。諸葛長民這才有些大夢初醒，對自己的親信說：“俗話說：‘昔年醢彭越，前年殺韓信’，當年劉邦誅殺功臣，就是一個個下手的，我怕是要大禍臨頭了！”
他暗中對劉裕的副手劉穆之試探道：“民間很多人都說太尉（劉裕）與我不和，是啥原因呢？”
劉穆之應道：“太尉西征，把府上大大小小的事情都託付給了足下，豈能說與你不和？”
諸葛長民這才稍稍放心，但依然懼怕劉裕，暗中圖謀不軌。他的弟弟諸葛黎民以“唇亡齒寒”的道理勸他早作打算，乘劉裕還沒回京之際發動政變。“當斷不斷，反受其亂”，諸葛長民腐敗起來“一絲不苟”，性命攸關的時刻卻又變得猶豫不決，感慨道：“哎，貧賤的時候想要富貴，富貴了呢，又害怕危機降臨，如今我只想在丹徒做個小小的布衣，怎麼就這麼難呢！”
他終究對自己的實力沒信心，不敢動手，卻又不甘心，畫蛇添足地給劉敬宣寫信，要與他聯手造反。這真是所託非人，劉敬宣雖然手握重兵，卻是個沒啥政治野心的“好孩子”，對劉裕忠心耿耿，劉毅想作亂的時候就曾被他告過一次密，比劉毅更弱的諸葛長民哪有希望讓他倒戈？“告密專家”劉敬宣專程派人把密信送到西征的劉裕手中，劉裕誇讚劉敬宣忠誠之餘，並不十分擔心，只派了輔國將軍王誕先去京城，協助劉穆之等人防備。
劉裕率領一半軍隊從江陵順江東回，開始時帶著輜重一起走，速度很慢。諸葛長民帶著朝中大臣，每天白天在新亭等候，卻遲遲不見大軍蹤影。快到京城了，劉裕忽然駕著輕舟，帶領很少的軍隊突進，連夜進入太尉府的東府。
天一亮，諸葛長民就聽說劉裕已經回府，大驚失色，情急之下，只得親自去拜見劉裕。劉裕也不大張旗鼓，悄悄地在幕後埋伏了一名叫做丁旿的勇士，然後在門廳內接見諸葛長民。劉裕拉著諸葛長民的手，家長裡短地談得可開心了。反應遲鈍的諸葛長民樂呵呵地陪笑，背後已經跳出了手持利刃的丁旿，劉裕臉色立變，丁旿上前拽住諸葛長民，手起刀落，毫不含糊地將他斬殺。劉裕又下令收捕諸葛長民的幾個弟弟，諸葛黎民雖驍勇過人，卻擋不住捕頭人多勢重，力戰而死。諸葛長民的小弟弟諸葛幼民逃到山裡，最終被揪出來殺掉，諸葛氏一家繼劉毅之後，也做了###的犧牲品。
回頭說說劉裕的另一半軍隊。劉裕在攻下江陵後，就有意再接再厲，進攻譙縱據守的蜀地。前文提過，譙縱的割據勢力是桓玄稱帝所造成的“副產品”，到這時已有八個年頭，期間劉敬宣曾經在義熙三年（公元407年）試圖進攻過一次，卻無功而返。眾將都覺得蜀地艱險，如果劉裕不親征，恐怕還是難以成功，但蜀地離建康太遠，劉裕若是真去了，東面又可能會出問題（這時諸葛長民還沒倒臺）。伐蜀大軍的元帥人選成了個大難題。
劉裕不僅識戰，而且識人。劉毅的部下毛修之在劉毅失敗後，投降了劉裕。毛修之是原先的益州刺史毛璩的侄子，蜀中兵變，毛璩與毛修之的父親毛瑾一家都被譙縱所殺，毛修之恰好在江陵任職，逃過一劫，從此他便立誓報仇雪恨。他幾次向劉裕請纓，要求帶兵西征。劉裕擔心他到蜀地會公報私仇，大殺當地軍人；蜀地計程車兵害怕毛修之，也會以死固守，那樣既不利於“安定團結”，也不利於攻城拔寨。
幾經思量，劉裕提出讓資歷名氣都不高、但很有才幹的朱齡石擔任這一重要職務，大出眾人所望。劉裕給了朱齡石兩萬人，並讓自己的小舅子臧熹以及蒯恩、劉鍾等人做朱齡石的副手，可見對他的信任。（劉裕的這一趟西征，除了完成既定目標外，也頗顯出他的戰略眼光，透過戰爭的洗禮，提拔培養了王鎮惡、朱齡石等一批能為他所用的得力干將，為日後的北伐大勝和掌握絕對的軍事主導地位，打下了堅實的基礎。）
劉裕與朱齡石密謀進攻路線，他說：“劉敬宣上回從黃虎（今四川綿陽東南涪江畔）取道內水（指今天的涪江及其下游嘉陵江）進攻，沒能成功。按正理我們應取道外水（指今天的成都市府河及其下游岷江）做另一番嘗試，敵人也許認為我們會出其不意仍然從內水進攻。這樣一來，他們肯定會用重兵守衛涪城（今四川綿陽東）以防內水。所以我們如果再從黃虎走，一定正中其計。我想不妨佈置少量疑兵取道內水，而以大軍從外水直取成都，必能出奇制勝。”為了保密，商討的內容秘而不宣，朱齡石的西征大軍並不知道行軍計劃是怎樣的。劉裕又交給朱齡石一封密信，信封