雖然武功蓋世，卻也不得不佩服中原地區有不少聰明之士，於是他問一位叫李先的博士：“天下什麼東西最好，可以提高人的聰明才智呢？”（恐怕這也是很多人所關心的問題了）
李先是個讀書人，當然不假思索地答道：“莫過於書籍了。”
拓跋珪又問：“那什麼書最好呢？”
李先說：“那就得數經書了，這種書不僅可以教人思考問題的方法，還會講授做人的準則。”
拓跋珪的興趣來了，繼續問道：“天下有多少書籍呢？朕若想收集，如何才能收全呢？”
李先笑道：“自從有了早期的書契（也就是指刻在器皿、龜甲、竹片等等上面的文字），每朝每代都會增加許多書籍，算到今天，也已經不計其數了。如若主公有興趣，可以命各州郡縣下去搜尋，只要有心，收集起來卻也不是難事。”
拓跋珪大喜，就下一道命令，讓各地官員在民間大規模地搜書，並全部送往國都平城。（這次收集並不算十分成功，連年戰事，即便有人有心藏書，也很難保證這些書不遭受戰火的侵害。但不管怎麼說，拓跋珪以統治者的身份發動全社會的力量，收集了一定數量的典籍，他對於十六國南北朝時期的文化保護與整理工作還是作出了相當的貢獻的。）
“以漢制漢”，是拓跋珪統治關東地區漢人的基本指導方針，這也是他之所以能夠強過以前諸多中原胡人政權的根本所在。（比如前後燕是典型的家族政權，一家興則天下興，一家亡則天下亡；前秦則是企圖在文化尚未認同的情況下，盲目推動民族遷徙，最終導致了失敗。）
然而他畢竟是第一位走入中原的漠北鮮卑領袖，對於漢人，他不可能做到十分的信任與親近。從前面與李先的問答之中也可看出，他的學識修養極少，早年所受的文化教育也有限，對於漢人的制度與文化的理解，常常侷限於膚淺的表面形式，而不會明白其優越性所在。文化背景的差異，使得文化融合的初期必然經歷可怕的陣痛，這是拓跋珪當年面臨的問題，也是今日多元文化衝突中現代人類所面臨的難題。這些問題交織在一起，加上拓跋珪性多猜忌（多數胡人君主共同的性格缺陷），終於釀成了多起悲劇，而拓跋珪本人也因此不得善終。
北魏攻打後燕國都中山時，曾一度缺糧，老百姓都不願意繳糧租，拓跋珪向群臣問計。漢人謀士崔逞說：“收取桑椹也可以充作糧食呀，古時候飛鴞（即貓頭鷹，其叫聲很難聽）食椹而改音，《詩經》裡是有明確記載的。”（飛鴞食椹而改音的典故，見於《詩經·魯頌·泮水》的“翩彼飛鴞，集於泮林，食我桑椹，懷我好音。”原意是讚頌魯侯伯禽的美德，這裡當然是被崔逞曲解了。崔逞也是清河大族崔氏的一支，在中原以德才著稱。對於北魏軍在戰爭中的暴行，他是心知肚明的，但是又不可能直截了當地向拓跋珪指出，所以就採用了這種方式諫言，既幫助拓跋珪解決問題，又不傷體膚地提個醒兒。）
拓跋珪沒讀過《詩經》，不懂這一套，軍中既然需要食糧，也只好讓老百姓以桑椹作租，心中則十分痛恨崔逞用貓頭鷹來侮辱進入中原的鮮卑人。崔逞擔心魏軍勞民動眾，又說：“可以讓當兵的乘著時節自己去林子裡採摘桑椹，過時就落光了。”拓跋珪很怒，說：“仗還沒打贏，就讓士兵解甲入林，採摘桑椹，成何體統？你這是什麼話嘛！”於是對崔逞懷恨在心。
幾年後，姚興攻打東晉的襄陽，東晉守將郗恢向北魏將領、拓跋珪的堂弟拓跋遵求救，信中說：“賢兄（指拓跋珪）虎步中原。”拓跋珪很不滿意，認為這是東晉將領輕視他的表現，命令崔逞和另一名謀士張袞回信，指明瞭要在信中使用貶損東晉皇帝的稱呼。信寫完一看，崔逞、張袞把東晉皇帝叫做“貴主”，拓跋珪那個氣呀，說：“讓你們這些人在信裡把晉人貶一頓，你們竟敢稱呼‘貴主’，哼哼，和那個‘賢兄’還真是天生的一對啊！”新賬舊賬一起算，把崔逞賜死，張袞貶職。
這次事件大大毀壞了拓跋珪在漢人中間的形象，可謂遺禍無窮。後來東晉宗室司馬休之等人因桓玄之亂打算投奔北魏，由於聽說了崔逞被殺之事，十分害怕，最終決定改換門庭，去了後秦和南燕。拓跋珪知道真相後十分後悔，這以後才對犯錯的北方士人格外寬容。
多年戰事使拓跋珪的精神一直處於高度緊張的狀態，他擔心自己未老先衰，就服用一種叫做“寒食散”的藥物。這是當時流行於漢族士人中的藥物，主要用於排解心理上的焦慮和不安（可見是有閒階級的喜好之物，普通老百姓連飯都吃不飽呢，哪裡有工夫吃這種藥）。