行動和協調各強力部門的全權。在得到允許後普京便馬上開始扭轉強力部門的工作局面。他每天都召集這些部門的領導人到自己的辦公室，一次次地要求他們把所有資源聚整合一股力量。他還召開了安全委員會擴大會議，在會上他表示，在高加索地區出現的踐踏法律和恐怖主義行動是不能容忍的，必須採取措施整頓那裡的秩序和紀律。他說，俄羅斯領導人已向聯邦和地方權力機關下達了任務，根除那裡產生騷亂的禍根。普京向新聞界宣佈，在達吉斯坦活動的武裝分子中有車臣武裝分子，俄政府已經為整頓達吉斯坦的秩序制定了一整套方案，並得到了葉利欽總統的批准，同時宣佈成立恢復達吉斯坦正常秩序軍事司令部。
隨後，俄羅斯空軍武裝直升機就向盤踞在達吉斯坦共和國幾個村莊內的非法武裝分子展開了猛烈進攻。俄空軍採用北約打擊南聯盟的模式，即利用空中優勢和高科技武器對攻擊目標進行遠距離、高精度、無地面人員接觸、儘量避免人員傷亡的軍事打擊。對“車獨”活動基地和通訊、交通、經濟設施等進行晝夜轟炸，使其癱瘓，又調集大量軍隊於車達邊境對“車獨”武裝展開激戰。
在此次俄軍的行動中，共有6人死亡，多人受傷。此外，俄軍的兩架武裝直升機被武裝分子擊毀，在遇難的機組人員中有四八七直升機團副團長、俄羅斯英雄納伍莫夫。不久，俄軍對武裝分子再次展開了大規模的軍事行動。據俄內務部副部長科列斯尼科夫說，“二次襲擊中俄軍共有10人陣亡、27人受傷。武裝分子數十人被擊斃，幾百人受傷。俄軍奪回了被武裝分子佔領的部分村莊”。到9月14日，俄空軍出動戰機達1700架次，消滅了2000多名匪徒、250多個活動點和150個訓練基地。
巴薩耶夫在受到如此沉重的打擊後，又派出大批恐怖分子潛入俄內地，把幾百噸炸藥混在白糖裡運進莫斯科，實行把戰火引向俄內部的恐怖“掏肚戰”。1999年8月31日和9月4日、9日、13日、16日車臣恐怖分子連續在莫斯科、布伊納克斯克和伏爾加頓斯克等城市制造了一系列惡性恐怖爆炸事件。這其中9月4日在布伊納克斯克一座軍營的爆炸中炸死幾十人，大多是婦女兒童。在莫斯科連續發生了三起爆炸事件，其中最大的一起是9月13日凌晨5時許，位於莫斯科交通中心卡什爾大街六號的一座八層居民樓被爆炸夷為平地，樓內還在熟睡的數百人死傷慘重。9月16日，俄南部城市伏爾加頓斯克一幢九層居民樓被炸，100多人死傷。這些恐怖爆炸一共造成了300人死亡，很多人受傷，使整個俄羅斯陷入一片恐慌。由於廣傳有十幾噸炸藥不知藏在莫斯科哪座建築物中隨時可能爆炸，更使莫斯科人心惶惶。僅9月16日這一天，就有1000多個發現可疑爆炸物的報警電話。而“車獨”恐怖分子更是連續幾天在莫斯科大打恐嚇電話，鬧得人們越加恐懼。
巴薩耶夫的恐怖行動徹底激怒了俄羅斯民眾。普京趁熱打鐵，開始尋求議會的支援，擬定計劃對付被指控策劃了炸彈襲擊事件的車臣恐怖分子。
在1999年9月14日召開的杜馬會議上，普京首次提出了調整車臣局勢的一套計劃：第一，在與車臣交界的所有地區實行嚴格的臨時隔離辦法。但車臣仍為俄羅斯聯邦的組成部分，任何損害俄羅斯領土完整的行為將被認為是非法行為；第二，必須對《哈薩維尤爾特協議》的執行情況重新進行公正的分析。分裂主義分子單方面利用1996年達成的這一協議試圖解決車臣地位問題，實行國家分裂；第三，徹底消滅達吉斯坦境內的武裝匪徒，車臣領導人應該將在車臣境內的匪徒移交俄羅斯方面，否則，俄羅斯將被迫越過車臣邊境消滅這些武裝；第四，建議由被迫生活在車臣之外的更有威信的車臣人組成車臣共和國在俄羅斯的合法代表機構。最後，普京表示只有這一系列措施實施後，才能討論車臣未來的政治經濟地位問題。透過這次會議普京向世人表明了他在車臣問題上的強硬立場。
因為普京非常清楚，如果對這場企圖搞亂和分裂俄羅斯的“車獨”恐怖戰驚慌失措、軟弱退縮，反擊不力甚至再度屈服妥協，其後果必然會是：
1車臣—印古什—達吉斯坦肯定會正式從俄羅斯分裂出去，獨立成國。由此也就會引發俄境內的整個北高加索地區、俄的其它民族和邊疆省份紛紛效仿“車獨”的離俄獨立和準獨立浪潮，俄中央政權很可能控制不住局面而使俄聯邦分崩離析。而這些獨立出去的國家又很可能會在美國—西方和國際恐怖主義、###原教旨主義的鼓動支援下與俄為敵。俄國內的投降賣國思潮將會更加泛