這種方式有了正式的說法，皇帝或者司禮監下達的命令叫“硃批”，內閣批閱的驕傲“藍批”。
第六，內閣官員實行輪班制，內部輪流值班。凡是他們批閱的奏章，不但要備份，而且需要留檔。原件留在汶萊閣，方便查閱和複查，經過謄抄的發往原地。責任到人，誰下大了錯誤的決定，誰就要負責到底。
第七，一些大事內閣官員不能擅自做主。涉及到皇帝個人的問題，必須請示皇帝本人或者太后、皇后。涉及到皇室或者藩王的，必須上報宗室。涉及到官員**的問題，要會同都察院調查。六部相關的重要問題，內閣官員廈大決定前，必須得到相關部門的最高主管簽字才可以。軍國大事需要召開“廷議”決定結果，上報皇帝最後拍板。
第八，“廷議”是官員之間最高會議。一般由內閣官員召集，六部主要的主管參與，意見相左的時候，大家表決決定。一般來說“廷議”由內閣官員和六部、都察院等等高階官員組成。內閣官員四名正式閣員一人兩票，其他的閣員一人一票，六部尚書、侍郎一人一票，都察院、駐守京城的後軍都督府大都督、司禮監掌印太監等人一人一票。凡是票數過半的決定，就代表“廷議”透過了。上報皇帝時，需要寫明事情原由和得票多少，最後由皇帝決定結果。
第九，內閣官員不能直接掌握軍隊，不能離開京城，不能出任領兵打仗的直接指揮職務。在輪休或者養病期間，不能行使權利。內閣官員不能私下對任何人說出不該說的秘密，也不能豢養私兵。
第十，內閣官員以及他們的直系家屬不能和皇室結親。不能和地方三品以上官員有姻親關係。內閣官員不能私下結交藩王。不能和邊關守將有直接接觸。
雖然這些制約了內閣官員，但是內閣官員一點也不在乎。相比之下他們的權力和地位有了飛速的提高。以前內閣不過是帝王家的狗，是帝王身邊的奴才，現在他們已經有了自己的地位和勢力範圍。在早期的時候，內閣不如六部衙門的中下層官員，福利和待遇還不如一個地方知府。就算到了明中宗皇帝時期，內閣也不如中等衙門，過年過節的時候不但沒有人光顧，而且需要舉債過年。幾乎每一個內閣官員都曾經過過逢年過節捱餓的日子。如今內閣官員的地位已經超過了六部侍郎，內閣衙門也和六部衙門平起平坐。要是皇帝授權的話，內閣將要超越六部衙門，成為大明第一職能衙門，內閣官員也將成為和六部尚書平起平坐的人物。雖然就算成為了大明第一職能衙門後，內閣也不能實際控制六部衙門，也不能越過司禮監控制皇帝。但是那時候的內閣已經不再是什麼人的附屬品，也不是任何人能夠小視的機構。六部衙門雖然控制著整個大明主要機構的命脈，但是由於各自有著重點，不能做到一個部門控制全域性的地步。只有內閣這種衙門，才能真正做到調劑天下的作用。雖然司禮監將會是內閣最大的政治阻礙，但是司禮監是由太監組成的。一般的官員和讀書人都看不起太監，就算看得起也沒有機會經常接觸他們。凡是和太監走得太近的人，都不會有什麼好結果。所以一旦內閣壓制住六部衙門的主官們的話，內閣官員就會是文武官員的精神領袖，可以真正的實現相權的重生。
自從內閣代正德皇帝朱厚照正式處理政務之後，內閣一面壓制各個部門，一面比較重視地處理軍國大事。做到了十年無重大事故，讓皇室和皇帝看清楚了內閣的本事和重要性。為此六部和地方官員們預設了內閣的領導，從此內閣正式成為了大明最高職能機構。四名內閣正式成員正式被人稱為首輔、次輔、三輔和四輔。不過當時內閣四位正式閣員施行輪流制，相互之間不但關係不錯而且權力職位相等。
楊廷和是正德皇帝朱厚照時期最後一個內閣首輔，他不但終於正德皇帝朱厚照，而且是一個強勢的內閣首輔。也是從那時候起，內閣首輔確立了內閣最高地位，成為不是丞相的丞相。在楊廷和的主持下，內閣第一次驚醒了內部分工。楊廷和全面主持內閣日常事務，其他的三位正式成員分管禮部、兵部和戶部，他親自兼任吏部尚書。他們四個閣員，還有六名臨時閣員幾乎覆蓋了整個京城主要衙門的重要職務。那時候有人笑話說，楊首輔可以不出內閣值班房，就可以下達對六部重要衙門的指示，可見楊廷和有多麼的強勢。
不過正德皇帝朱厚照死後，這個內閣控制大明的局勢改變了。正德皇帝朱厚照是一個甩手掌櫃，對於一切政務都不予理睬，任由楊廷和處理。新任皇帝嘉靖皇帝朱厚雖然年輕不懂政務，但是不會任由楊廷和一個人發號司令。嘉靖皇帝朱厚要大家知道他才是皇帝，他才是下達命