至明代，宋刊已佚，僅存抄本。正德辛巳，光朝鄉人鄭嶽擇其尤者九卷，附以遺事一卷，題曰《艾軒文選》。是為今本。所謂十卷、二十卷者，今皆不可見。王士禎《居易錄》稱：“嘗從黃虞稷借觀其全集，憾未抄錄。”未審即此本否也。然即此本觀之，亦可見其一斑矣。舊本間有評語，蓋明林俊所附入。皆無發明，故今悉刪汰焉。
△《晦庵集》·一百卷、《續集》·五卷、《別集》·七卷（內府藏本）
宋朱子撰。《書錄解題》載《晦庵集》一百卷、《紫陽年譜》三卷，不雲其集誰所編，亦不載《續集》。明成化癸卯莆田黃仲昭跋，稱“晦庵朱先生文集一百卷，閩、浙舊皆有刻本。浙本洪武初取置南雍，不知輯於何人。今閩藩所存本，則先生季子在所編也。又有《續集》若干卷、別集若干卷，亦並刻之”云云。是正集百卷，編於在手。然朱玉《朱子文集大全類編》稱在所編實八十八卷，合《續集》、《別集》乃成百卷。是正集百卷又不出在手矣。《別集》之首有鹹淳元年建安書院黃鏞序曰：“先生之文，正集、續集，潛齋、實齋二公已鏤版書院。
建通守餘君師魯，好古博雅，搜訪先生遺文又得十卷，以為別集。其標目則一仿乎前，而每篇之下必書其所從得。”是《別集》之編，出餘師魯手。惟《續集》不得