會上擬訂了不少決議，主張“一個民族、一個國家、一個信仰”，要求全部牧師宣誓效忠於希特勒，堅持所有教會都實行亞利安化而排除改宗的猶太人。甚至對那些不肯參加教會戰爭的膽小的新教徒來說，這也使他們覺得太過分了，因此繆勒主教被迫停止克勞斯博士的職務並表示不同意他的意見。
實際上，納粹政府和教會之間的鬥爭，是一個由來已久的什麼許可權歸君主和什麼許可權歸上帝的鬥爭。就新教徒而言，希特勒堅決主張，如果納粹黨的“德國基督教徒信仰運動”不能使各新教教會在全國主教繆勒領導下趨於一致的話，政府自己就不得不來接管教會的指導工作。他始終對新教徒有一些輕視，新教徒雖然在他的信奉天主教的祖國奧地利只佔極少數，在德國公民中卻＇238＇ 佔了2/3。他曾向他的助手們說過，“對他們，你可以愛怎麼辦就怎麼辦。他們會屈服的？？他們是不足道的小人物，像狗一樣順從，當你對他們講話時，他們惶恐得汗流浹背”。他知道得很清楚，反對新教教會納粹化的只是少數牧師和為數更少的教徒。
到1934年年初，幻想破滅了的涅穆勒牧師已經成為“明認信仰教會”和牧師緊急聯盟中少數反對者的精神上的指導。在1934年5 月在巴門舉行的教議會全體大會上，以及在涅穆勒的耶穌基督教會11月間在柏林郊外達倫姆舉行的一次特別會議上，“明認信仰教會”宣稱自己是嫡派德國新教，並設了一個臨時的教會管理機構。這樣，現在就有了兩派，全國主教繆勒派和涅穆勒派，都自稱是合法的嫡派新教教會。
很明顯，這位前隨軍牧師儘管和希特勒很接近，卻沒有能夠使各新教教會統一起來。1935年年底，秘密警察逮捕了700 名“明認信仰教會”的牧師以後，他辭去了他的職務，從此銷聲匿跡。早在1935年7 月，希特勒就已經任命一個納粹黨在法律界的朋友漢斯·凱爾博士為宗教事務部部長，指示他作第二次努力，使新教徒統一起來。凱爾是一個比較溫和的納粹分於，而且是個多少還比較謹慎的人，他在開頭取得了相當的成功。他不僅爭取到了佔多數的保守派牧師，而且還設立了一個以德高望重的佐爾納博士為首的教會委員會來搞出一個總的解決辦法，後者是一個受到各教派尊重的人。雖然涅穆勒的教會同這個委員會進行合作，但是仍堅持認為自己是唯一的嫡派新教教會。
1936年5 月，它向希特勒提出了一個彬彬有禮、然而態度堅定的備忘錄，抗議這個政權的反基督教傾向，指斥政府的反猶主義，並要求國家停止干預教會事務。納粹內政部長弗立克卻報之以殘酷無情的行動。數以百計的“明認信仰教會”牧師被逮捕，備忘錄的簽名者之一威斯勒博士在薩赫森豪森集中營裡被殺害，“明認信仰教會”的經費被沒收，並禁止它收集捐款。
1937年2 月12日，佐爾納博士辭去教會委員會職務，因為在這以前秘密警察不讓他到有9 名新教牧師被逮捕的盧伯克去。他抱怨說他的工作受到宗教事務部部長的破壞。凱爾博士第二天在向一群順從的教士發表的演說中作了答覆。他指斥這位德高望重的佐爾納不能領會納粹的種族、血統和土地的理論，他還清楚地顯示了政府對新教教會和天主教教會的敵意。＇239＇＇凱爾說＇ 黨站在積極性的基督教信仰的基礎上，而積極性的基督教信仰就是國家社會主義？？
國家社會主義是上帝意志的實施？？上帝的意志表現在德國人的血液裡？？佐爾納博士和加倫伯爵＇ 繆恩斯特的天主教主教＇ 力圖向我闡明，基督教信仰就是信仰上帝的兒子基督。這使我發笑？？不，基督教信仰並不依靠使徒信條？？真正的基督教信仰由黨來代表，德國人民現在由於黨，特別是由於元首的號召而具有了真正的基督教信仰？？元首是新啟示的先驅。1937年7 月1 日，涅穆勒博士遭到了逮捕，被監禁在柏林的摩亞位元監獄裡。6 月27日他曾在達倫姆一向是座無虛席的教堂裡向他的會眾講道，這次講道終於成為他在第三帝國的最後一次講道。好像他已預先感覺到將要發生的變故似的，他說，“我們和古時的使徒一樣，想不到用我們自己的力量來逃避當局的權力。我們也同樣不願意在上帝要我們說話的時候，聽從凡人的命令而保持沉默。因為情況是，而且必須繼續是，我們必須服從上帝而不是服從人”。
他在監獄裡關了8 個月，1938年3 月2 日，在Ｓｏｎｄｅｒｇｅｒｉｃｈｔ（特別法庭）上受審，這種特別法庭是納粹為了審訊犯有危害國家罪的人而設立的。
雖然他