大力將白鹿洞改造成講心學的基地。陽明赴龍場時，路過長沙，在嶽麓書院住過，後來陽明的弟子季本將嶽麓改造為陽明學為主導學術中心。那是在嘉靖十八年，作為長沙知府的季本，不顧剛剛頒佈的禁燬書院令，大力修復嶽麓書院，並親自登壇開掘講官方正在禁燬的陽明學，爾後不斷有王門高足主教嶽麓。東林書院以反王學末流、恢復朱子學為號召的，這證明了王學的影響自不待言，更重要的是他們實際上推動了真王學的進步革新，日本學者就認為是挽救了王學。這是中國異端發展主流這一通則的又一次顯現。而且誠如錢穆先生在《中國近三百年學術史》引論中所說的：“東林言是非、好惡，其實即陽明良知、立誠、知行合一之教耳。唯環境既變，意趣自別；激於事變，遂成異彩。若推究根柢，則東林氣節，與王門良知，實本一途。東林所以挽王學末流之蔽，而亦頗得王學初義之精。”大哉斯言！
嘉靖十一年，大學士方獻夫為抗議桂萼學的禁燬，公然在京城聯合學派同仁「多是翰林、科道官員」４０餘人，定期宣講陽明學，聚會的地點為慶壽山房。十二年，歐陽德、季本等在南京大會同志，講會地點或在城南寺院，或在國子監，使陽明學呈現繼興氣象。除了前面提到的王門書院，爾後的書院、精舍、祠堂真如雨後春筍，幾乎遍及全中國，較早的如十三年在衢州「今金華市附近」的講社，分為龍游會、水南會、蘭西會，是王門各種講會的先聲；貴陽的王公祠。十四年，九華山的仰止祠。十五年，天真精舍立了祀田，如寺院的田莊。山陰的新建伯祠、龍山的陽明祠、南昌的仰止祠、廬陵「今吉安」的報功祠都是紀念堂、講會地。秀水文湖的書院、永康壽巖的書院，還有混元書院「青田」、虎溪精舍「辰州」、雲興書院「萬安」、明經書院「在韶關」、嘉議書院「在溧陽，刻印了陽明的《山東甲子鄉試錄》」、新泉精舍「在南京大同樓」。建祠堂的還有龍場、贛州鬱孤山「在鬱孤臺前」、南安、信豐、南康、安遠、瑞金、崇義、琅鋣山。爾後再傳弟子建的書院，有名的是耿定向、羅汝芳在宣城建的志學書院。
各種講會更是不可數計。涇縣有水西會，寧國有同善會，江陰有君山會，貴池有光嶽會，太平有九龍會，廣德有復初會，還有泰州的心齋講堂……．．
誠如顧炎武所說：“以一人而易天下，其流風至於百年之久，古有之矣，王夷甫「弼」之清談，王介甫「安石」之新說。其在於今，則王伯安「陽明」之良知矣”「《日知錄》卷１８」。明人王世貞說：“今天下之好守仁者十之七八”。自嘉靖、隆慶年間以後，幾乎沒有篤信程朱的了。上至達觀貴人，下至工商市井，競相講學陽明學。他要取代朱子的少年心願變成了現實，他要成聖的志向也變成了現實。他真不朽了。
明代發生過四次全國性的禁燬書院事件，前三次都是針對心學的。嘉靖十六年為打擊陽明的邪學；嘉靖十七年，嚴嵩反對自由講學，藉口書院耗財擾民而毀天下書院；萬曆七年，張居正主要為打擊泰州學派等王學的支派而禁燬天下書院。第四次是天啟五年，魏宗賢為打擊東林而禁燬天下書院。
然而每次禁燬差不多都是一次推動，明代已不同於以往，已有了“社會”，已非只有官方之國家。在野的力量已成為相當可觀的自主集團。王學的流傳主要在社會。以王學異端的姿態發展了王學精義的東林，則起于山林，講於書院，堅持於牢獄。並能贏得全社會的同情，也是前所未有的現象。
東林領袖肯定陽明之學是聖人之學，但認為陽明之教不是聖人之教。肯定陽明，否定王門後學。因為王門後學既無陽明萬死一生的實際體驗，又無陽明的天才，故失去孔子之真精神。他們也有認為陽明起腳於道士的養生，格竹子路子就不對，爾後也沒往對裡走，在龍場悟得的也是他的老主意，以後就以“格物在致知”來對抗朱子的“致知在格物”；就算是格物在致知，也應該在致善，而不該滑到無善無惡上去，一旦以無善無惡為教，就勢必導致天理滅絕，只變成了養神。再說王學末流的討厭程度與東林末流的討厭程度都出後人的意料。明代人的氣質是很有共性的，有人稱之為戾氣，庶幾近之矣。在粗枝大葉的外國人看來，什麼理學、心學；東林、閹黨都是東方學。
陽明獲得官方的最後、最高的認可，到了萬曆十二年，由毫無心學氣質的古板宰相申時行提議將兩路心學大師陳獻章、王陽明入祀孔廟。起因在於萬曆皇帝覺得陽明學與朱子學“將毋同”－－“王守仁學術原與宋儒朱熹互相發明，何嘗因此廢彼。”老申的論證很簡明，先排除說他們是偽學、伯術