近人魯迅對朱元璋、朱棣父子的殘暴深惡痛絕。他說：“自有歷史以來，中國人是一向被同族和異族屠戮，奴隸、敲掠、刑辱、壓迫下來的，非人類所能忍受的楚毒，也都身受過，每一考查，真教人覺得不像活在人間。”
朱棣為什麼要進行這樣殘暴的屠殺，一言以蔽之，即為滿足自己的權力慾望，坐穩皇帝的寶座，為此，一切武的反抗、文的抵制都在掃蕩之列，為此，一旦得勝，便必欲用一切手段處置反對派以淺憤。姚廣孝不愧為朱棣的重要謀士。他們二人的心是相通的。他的一段話無異於朱棣夫子自道。在處理建文忠臣卓敬的問題上，姚廣孝說：“陛下雖天下已定，然兵革方殷。若欲返駕燕都，不殺敬始可。方今楚王尚強，蜀王富盛，敬雖一介書生，實英雄才略也。今若生之，則彼得行其志，移檄諸王，聲揚大義，據東南之饒，限長江之險，鼓舞豪傑，起兵北來，陛下未可安枕也。豈非養虎自遺患耶？”
在這種公開的屠殺和汙辱外，朱棣還用各種陰謀手段殺人。為什麼一個大權在握的皇帝還要陰謀殺人？為了把自己打扮成不計前嫌的寬仁大度者，對那些不便公開下手的便只能陰謀殺害。對於得罪自己的人，在朱棣心中絕無容忍的餘地。請試舉兩例。
一是解縉。解嘗於洪武中以才見稱於太祖。建文中一度謫為河州衛吏，後被薦為翰林待詔。朱棣即位，縉被擢為侍讀，與黃淮、楊士奇、胡廣、金幼孜、楊榮、胡儼並直文淵閣，參預機務，尋進侍讀學士。朱棣標榜偃武修文、優禮文學之士，集人編篡各種大型圖書，重修《太祖實錄》，編篡《永樂大典》等均以解縉為總裁。但解縉在修《太祖實錄》、定儲之議及諫止出兵安南方面均引起朱棣的不滿。關於修《太祖實錄》前已論及。關於立儲，解縉主張立長子朱高熾，深為有靖難功的朱高煦所恨。時朱高煦寵益隆，“禮秩逾嫡”。解縉又以進諫不可啟爭觸怒朱棣，被斥為“離間骨肉”。永樂四年賜黃淮等五人二品紗羅衣，竟不及縉。但朱棣並不以此坐縉罪，卻以廷試讀卷不公謫廣西布政司參議。既行，又被劾怨望，改交阯，督餉化州。朱棣親征漠北，縉恰入京奏事，謁皇太子而還。結果被朱高煦說成“私覲太子”、“無人臣禮”，竟逮縉下詔獄，“拷掠備至”，一旦而為階下囚。永樂十三年，朱棣檢視錦衣衛囚籍，見到解縉的姓名，說：“縉猶在耶？”紀綱遂令縉飲酒至醉，埋積雪中，立死。
另一是梅殷。梅殷是朱棣的姐姐寧國公主的丈夫，最為朱元璋所喜愛。朱元璋見諸王強盛，曾密託他輔佐朱允炆。“靖難”兵起，他以總兵官身份鎮守淮安。朱棣的軍隊南下，借進香之名，要穿過梅殷的防地。梅殷說：“進香，皇考有禁，不遵者為不孝。”朱棣大怒，寫信給梅殷說：“今兵興誅君側之惡，天命有歸，非人所能阻。”梅殷把使者的耳鼻割掉，放其回還，並說：“留汝口為殿下言君臣大義。”朱棣繞道打下南京，梅殷尚擁兵淮上。朱棣強迫寧國公主“齧血為書”，召梅殷還京。對於這樣的人，朱棣當然不能容，但礙於皇親不便公然下手。永樂二年，都御史陳瑛報告說梅殷“蓄養亡命”，“詛咒”朱棣。朱棣不動聲色，說“朕自處之”。他下令戶部考定公侯駙馬伯的儀從人數，藉此命錦衣衛將梅殷家人執送遼東。第二年十月，梅殷入朝，前軍都督僉事譚深、錦衣衛指揮趙曦把梅殷擠到笪橋下淹死，隨後向朱棣報告說梅殷投水自殺。 寧國公主找到朱棣，朱棣假意要捉拿兇手，並以安排她的兩個兒子做官作為安撫。不料兇手被人指出，朱棣不得已要治其罪，而二人說：“此上命也，奈何殺臣！”一下露了馬腳。朱棣大怒，立命力士“持金瑵，落二人齒，斬之。” 此二人亦慘矣。如果他們不供出指使者朱棣，或許還可以活命吧？不過，朱棣要殺人滅口，亦未可知。這件事足可以看出朱棣的陰險殘刻。
有時，朱棣對得罪自己的人要故作寬大，並不馬上治罪，而以後必借他故而殺之。永樂初，北京刑部尚書雒僉，向朱棣建言“朝廷用人，宜新舊兼任。今所信任者，率藩邸舊臣，非至公之道”云云，結果被認為“語涉怨誹”。朱棣把奏疏出示群臣，群臣皆言“宜正其罪”。朱棣卻故示開明寬大，說：“朕為天下君，政欲日聞直言，姑寬之。”實則朱棣內心並未赦其罪。果然，永樂三年二月，朱棣竟以“居官貪婪暴虐”、“擅作威福”等罪名將雒僉處死。 這種政治現實使許多人感到失望而為之悲嘆。永樂初曾任翰林檢討，最為解縉所重，亦卒為解縉事牽連致死的詩人王■寫道：
有淚莫泣鮫人珠，有足莫獻荊山玉。
赤心徒使按劍猜，至寶翻令笑