，朱棣將其下獄，並“籍其家” 。知府葉惠仲等也因曾與修實錄“指斥靖難君臣為逆黨，論死籍沒” 。但朱棣對重修的實錄仍然不滿。總裁解縉後亦借他事下獄，終於死在獄中。永樂九年至十六年，朱棣命學士胡廣、祭酒胡儼、學士黃淮、楊榮等為總裁三修《太祖實錄》。朱棣至此才說：“庶幾小副朕心。” 《太祖實錄》一再重修，無非是為朱棣的篡權做掩飾，使“繼統”合法化。在三修《太祖實錄》中，朱棣屢稱自己是“皇考高皇帝，皇妣高皇后嫡子”，多次暗示朱元璋關於傳位的事曾屬意於朱棣。這種有意做偽，不僅使實錄不實——明人王世貞說：“讀累朝實錄，可據者十六七。” 更惡劣的是不準人講真話，甚至史官也只能屈從於皇帝的喜怒。
同時，朱棣對有關建文的史籍一概禁燬 ，於己不利者，雖片紙不留。甚至民間有藏方孝孺文集者也坐死 。再加上黨禁嚴迫，人人自危，“凡系諸臣手跡，即零星片札，悉投火中，惟恐告訐搜捕踵之，故其事十無一存” 。“焦園蠶室，盡付劫灰，頭白汗青，杳如昔夢” 。給後世治史者造成了極大困難。
朱棣的文化專制政策影響深遠。兩百年後，行人高攀龍說：朱元璋令學者“非濂洛關閩之學不講”，朱棣“益章而大之”，“迄今二百餘年以來，庠序所教，制科所取，一稟於是” 。暴力統治加思想牢籠，知識分子除了做皇帝的家奴外，別無出路。
四、標榜儒家政治理想
朱棣標榜自己是儒家政治理想的繼承者，想要作為一位盛世名王留於史冊，最能反映朱棣這一思想的是他親自編篡的《聖學心法》。他“修文竟武，滅虜遷都，終其身不敢自逸” ，其中一個原因就是受這種思想驅使。
《聖學心法》成書於永樂七年（1409年）二月，是一部帝王教科書。其時，朱棣即將巡視北京，隨向翰林學士胡廣等出示一書，曰：“古人治天下，皆有其道。雖生知之聖，亦資學問。由唐漢至宋，其間聖賢明訓，具著經傳。秦漢以下，教太子者多以申韓刑名術數，皆非正道。朕間因閒暇，採聖賢之言，若執中建極之類，切於修身、齊家、治國平天下者，今已成書。卿等試觀之，有未善，更為朕言。”胡廣等“■覽畢”，奏曰：“帝王道德之要，備載此書，宜與典謨訓誥並傳萬世。請刊印以賜。”朱棣曰：“然。”遂名曰“聖學心法”，命司禮監刊印 ，這便是《聖學心法》的編纂緣起和它的大致內容。
在歷代帝王中，朱棣最稱許唐太宗，稱其事功而追慕之。他曾說：“若唐文皇帝，倡義靖難，定天下於一。躬擐甲冑，至履弘堂而登睿極。其思患也，不可謂不周，其慮後也，不可謂不遠，作《帝範》十二篇以訓其子，曰飭躬闡政之道在其中。詳其所言，雖未底於精一執中之蘊，要皆切實著明，使其子孫能守之亦可保為治，終無閨門藩鎮之禍。” 因此，也可以說《聖學心法》是朱棣模仿唐太宗的《帝範》之作。
關於成書的原因朱棣還說：“朕常欲立言以訓子孫，顧所聞者不越乎六經聖賢之道，舍是則無以為教，尚何舍哉！故於幾務之隙，採古聖賢嘉言，編為是書。” 因而，該書可以說是歷代“聖賢”治國方略語錄之大成。然而，雖然此書是採集古人言論而成，但表述的卻是朱棣的政治觀念，特別是卷首洋洋六千餘言的序，更是夫子自道。朱棣說：“不觀吾言則無以觀吾之用心，不知吾之用心則不能窺聖賢之閫奧。非欲其法於吾言，實欲其取法於聖賢之言也。” 所以，它是研究朱棣政治理想的集中而有代表性的材料。
從《聖學心法》看，朱棣所標榜的儒家政治思想大體有以下幾個方面：
（1）敬天法祖
天，天命的觀念，自產生以來，便與政治密不可分，被統治者利用來作為加強自身權威的工具。以後歷代，天命觀雖迭經發展變化，但仍不脫君權神授的圈子。他們對天既敬且畏，唯恐天命不佑，同時又借天命畏人。作為最高統治者，明成祖朱棣繼承了西周以來天命觀中的許多內容。
由於時代的限制，朱棣不可能擺脫對天的神秘觀念。蒼天高高在上，無言無視，而又無時不監，無時不保，世間萬事萬物無法逃遁，除將其神化，是無法做出其他解釋的。朱棣承襲了天人感通之說，其感通之處，在於人的“敬”與“不敬”。敬則受天命之眷佑，否則遭天命之遺棄。因而朱棣說：“吉凶晦否。匪降習天，實自由於人。”何者為敬？“法天之行，體天之德”，按“天道”行事，則為敬。又何者為道？“天道不言，四時行而萬物生”，“天道至誠無息”，“天道至公無私”。因此，要以