哭。翰林學士劉三吾上前勸慰，他從宗法制出發，認為懿文太子之子允炆當繼承儲位，他說：“皇孫世適（同嫡），富於春秋，正位儲極，四海繫心，皇上無憂矣。”朱元璋採納了這個建議，在同年九月立朱允炆為皇太孫，這時朱允炆年僅十歲 。關於朱元璋最初打算確立誰來接替太子的皇儲位置，諸書記載紛紜。一說朱元璋打算立燕王，只是因為學士劉三吾力諫：“果爾，將置秦晉二王於何地？”燕王雖未被立，劉三吾卻也因此被貶為博士。證實這個說法的除《詞林記》“劉三吾傳”外，尚有朱棣寫的“封建詔”，其中提到“皇考嘗欲立朕為嗣”云云。其實，關於朱元璋欲立燕王的說法，在永樂朝重修的實錄中比比皆是，未嘗不是朱棣為自己篡位的開脫之詞。王崇武先生認為：“惟太祖苟真有意立燕王，真以劉三吾諫而止，則成祖當深憾三吾，不應於今傳《太祖實錄》中無微詞，更不宜以其諫語入兩朝實錄。”所以如此，是因為後來秦晉薨後燕王奪位合法化。 所見良是。
另一說法是朱元璋不想立朱允炆，說是“懿文太子薨孝陵不欲立孫，遲迴久之，高皇后不悅，因構疾，崩。於是孫始得立”。明人鄭曉說 “此妄說”也，洪武壬申（二十五年）四月丙子懿文太子薨，是年九月，庚寅詔立允炆為皇太孫，太子卒後未半年。當是時，高後崩已十一年矣 （洪武十五年壬戌八月高後崩）。 朱元璋為什麼不立燕王，而斷然立朱允炆為皇儲，明人早有中肯的分析：“雖以文皇帝之聖也，稱智慮過人，酷類太祖者而寧真之藩封，太祖固曰：‘自我創天下而以天下傳之庶孳，萬世而下有庶奪孳抗宗者，我開其亂也。亂傳而萬世之傳，足慮焉。’高皇其忍乎哉！”質言之，朱元璋堅守嫡長繼承製，是為了政權的鞏固。在皇位繼承上，再次出現不穩定因素是顯然的。長兄朱標做太子，諸弟尚且紛爭，年少的侄子做皇太孫，更不被諸叔放在眼裡，他們難以尊奉這個小孩子為君主。對此，朱元璋也不免憂慮在心。
一天夜裡，朱元璋看見黃白兩條龍衝進大殿，爭鬥得難解難分，最後，那黃龍得勝騰飛而去，白龍戰敗蝘蜒於地。朱元璋頓時驚醒，原來是一個夢。第二天早上，朱元璋視朝，一入殿門，就見到皇太孫在殿的右角，而燕王卻在他的左前方。當時以左為上。皇太孫身為皇儲，與至尊無二，燕王竟敢對他如此侮慢！朱元璋不免大驚，他從這事悟出燕王奪嫡的野心。對此，他沒有聲張，但卻下了一道嚴酷的命令。他命令朱棣離開宮中搬到別苑去住，並且不許宮中給他送食物。高皇后可憐朱棣的境遇，於心不忍，便偷偷地給他飲食，朱棣因而得以不死。過了很久，朱棣才被釋放。 這件事也許是出於附會，但它卻說明朱標死後，諸王對皇位的窺伺較前更為張狂。
禮是中國古代區分貴賤等級的重要手段。洪武二十九年八月，朱元璋命令廷臣重議定諸王見東宮禮。東宮代指皇儲。這時即是皇太孫允炆。廷臣說，諸王見東宮之禮已有定儀，這便是在洪武十二年二月議定的禮儀：凡親王來朝，具冕服見天子畢，次見東宮，引禮官引王由文華門東門入至文華殿前，西向立。東宮具冕服，執大圭，詹事府六員匯出，升座。東宮臣左右侍從，引禮官引臣就拜位行四拜禮。東宮坐受畢，東宮與王俱衣常服，至後殿序家人禮。這次重新議的是家人禮。原來，懿文為太子，作為長兄，諸王下之猶自有言，如今允炆為皇太孫作為諸王的侄兒，家人禮就要重新規定了。議的結果是：諸王見過東宮後，由文華殿東門入至後殿，諸王要與東宮敘家人禮。這時他們都改換常服，王面西而坐，東宮面東而坐，皇太孫要向諸王行四拜禮，王坐而受禮。禮畢敘坐，皇太孫仍坐中南向，諸王列於東西兩側。 這是個矛盾而尬尷的場面，諸王以叔父之尊，而屈居後位，要向侄兒跪拜，心中自然不服，皇太孫以皇儲之尊又要向諸叔四拜，必然也感到威脅。這裡隱藏著極深的矛盾。據傳，一次燕王朱棣與皇太孫朱允炆在一起，曾以手拍允炆的背，開玩笑地說：“不意兒乃有今日！”朱元璋早對朱棣有戒心，他老遠地望見這個場面，不禁說：“何為撻皇太孫。”朱允炆說：“臣叔父愛臣故耳。” 反替他迴護。
其實，朱允炆已明顯地感到了諸王對他的威脅。朱元璋也從洪武元年殺葉居升時的思想中解放出來。他曾經深以諸王為干城，他對朱允炆說：“朕以御虜付諸王，可令邊塵不幼，貽汝以安。”允炆說：“虜不靖，諸王御之，諸王不靖，孰御之？”朱元璋一時無言以對。他問允炆：“汝意何如？”允炆說：“以德懷之，以禮制之，不可則削其地，又不可則廢置其人，又甚則舉兵伐之。”朱元璋說