劍擊向太子，太子走，一邊跑還一邊說著禮制中的話；“大杖則走。”翰林正字桂彥良趕忙來勸說太子，他說：“禮可緩，君父之命不可違也。”桂彥良比朱標更能掌握“禮”的本質，它是為專制主義皇權服務的，如果二者有所不同，那麼要以皇帝的意志為轉移，如果禮的存在是作為可以約束包括皇帝的任何人的教條，那對皇帝以及封建政治來說就失去了存在的價值。太子明白了皇權要大於禮，明白了“君父之命不可違”，便服了齊衰去見朱元璋謝罪，朱元璋的怒氣才慢慢消釋。然而從這件事起，父子二人留下了嫌隙 。其實這些記載裡系故意貶斥朱標。從另外的一些記載看，朱標不致如此無能。在唐肅的《密庵稿》中有“送陳中寶之洴陽”，“錢季貞應水河縣丞”等序文，都把太子與朱元璋並列，可見朱標在當時政治中已處於重要地位。明初的大儒方孝孺的輓詩中更有“監國裨皇政，憂勞二十年”和“文華端國本，潛澤被寰區”的句子，流露出時人對朱標的稱頌。
諸王與朱標同為朱元璋之子，只因長幼之別便分為君臣，天子富有四海，威加環宇。即使在寫信用字這樣的細節上，也要有嚴格的區分 。在這樣情況下，諸王難免對皇位有所覬覦。這在他們的日常行動中常常表現出來。按規定，身份地位不同的人服飾器用也分為不同等級，位卑者不得僭越。但諸王在宮中的服飾卻偏偏喜歡學著太子的樣。給事中卓敬發現了這個苗頭，馬上向朱元璋建議說：“宮中朝廷視仿，綱紀攸先。今陛下於諸子不早辨等威，使嫡庶相亂，尊卑無序，然則何以令天下耶？”朱元璋答道：“卿言是，吾慮不及此。”
也許朱元璋在這細節上並沒有注意，但他卻早就改變了當初殺葉居升時的想法，對將來太子與諸王的關係，加以認真的考慮。並且開始注意對諸王的約束。洪武二十六年十二月，他命人編成了一本《永鑑錄》，輯歷代皇室諸王為惡悖逆者，以類為編，直敘其事，頒賜諸王。 洪武元年正月十五，朱元璋在文樓上，太子侍立一旁。朱元璋問太子近與儒臣講說何經何事？太子回答說，昨講七國叛漢事。朱元璋因而考問太子這事的曲直何在。太子說：“曲在七國。”朱元璋說：“此講官一偏之說，宜言。景帝為太子時，常設博局，殺吳王世子，以激進怨。及為帝又聽晁錯之說，輕意黜削諸侯土地。七國之變，實由於此。若為諸子講此，則當言藩王必上尊天子，下撫百姓，為國家藩輔，以無撓天下公法。如此，則為太子者，必知敦睦九族，隆親親之恩。為諸子者，知夾輔王室，以盡君臣之義。”
然而只恩義二字，豈能制止殘酷的權力之爭。古往今來多少父子手足為爭權奪利而互相殘殺！朱標被立為太子後，諸王的逆謀時時傳出。有人報告了晉王的不軌。說他藏兵於五臺，妄圖造反。朱元璋大怒，要發兵征討。而對此事，太子又表現出仁柔拘禮的本性。他說：“萬一兵往而（晉王）棡或拒命，是父子為敵也，將如天下後世何？”太子想了個辦法，即在巡視陝西時設法把晉王棡帶來。朱元璋同意了這個意見。太子巡歷到西北，與諸王相聚十餘天。太子臨行時晉王送他到河南，太子乘勢讓他入朝。晉王不得已從命至京。朱元璋要將晉王處死，太子不忍，忙為晉王叩頭哀祈。於是朱元璋將晉王廢為庶人，令居於京師。太子天性友愛，每天勸諭晉王，致使他有所覺悟，晝夜痛心號泣不止，深有悔罪之意。朱元璋見此情況也不免生出憐愛之心，赦了晉王之罪，並恢復了他的王爵 。這事不僅說明了晉王的曾經謀逆，而且說明了太子的仁柔友愛。另外，秦王屢有過失，也是太子為之解脫的。
諸王中僭蓄大志者，當以燕王朱棣為首了。如前所述，燕王少年悍勇，及長，落落有大志，好遊俠善騎射。在備禦北邊時更顯示了非同一般的軍事才能，這些不僅成為他窺伺帝位的資本，同時也助長了他的野心。甚至有傳說，說他曾經不討父母的喜愛，以至不知如何是好。朱元璋幾次都想廢棄他，只因眾臣的力勸，才得以倖免 。然而目前所留的記載大多在朱棣做皇帝之後進行了刪改，很難了解當時朱棣原來的面貌了。不過我們仍然從這些遮遮掩掩之中得到一些訊息。《明太宗實錄》中記載了這樣一段話：
太祖曰：“諸子中燕王仁孝有文武才略，能撫國安民，吾所屬意。”皇后曰：“幸毋洩言，恐禍之也。”太子聞之，密以語涼國公藍玉。玉先徵北虜納哈出歸至北平，以名馬進上（指燕王朱棣），上曰：“馬未進朝廷，而我受之，豈所以尊君父？”卻之。玉慚而心不懌。至是，聞太子言，曰：“殿下觀陛下平日於諸子中最愛者為誰？”太子曰：“無如燕王。”玉曰：“臣