用獎罰的手段驅使將士用命。他說賞罰是“公天下之道”。獎賞合乎人心，就會收勸勵之效，懲罰合乎人心，就會收儆戒之效。善於為政者，不以獎賞施於個人所親，不用懲罰加於個人所怨。需做到像衡石一樣平穩，像水鏡一樣清明。他稱讚將士竭誠效力，要論功升賞以酬其勞。他說自己一個人是難於周知全面情況的，他要求諸將對每個人的戰績要從公核報，“不徇私情，不虧公議，有功無功，不令倒置”。務使爵賞得當。凡是有功而被埋沒、獎賞不足以酬其勞的，一定要當面講明，不許退下後再說閒話 。
在這次賞功中，不少人得到了提升：燕山右護衛指揮使譚淵，指揮僉事陳賢，致仕指揮僉事高實、申用，富峪衛指揮僉事景福，會州衛指揮使謝芳、陳旭，指揮僉事端亮，營州左護衛指揮同知錢武，濟陽衛指揮僉事祁義，燕山中護衛指揮同知陳珪，燕山前衛指揮同知李清，燕山左衛指揮使徐祥。
這些人全都升入北平都司任職。一個都司管轄許多衛，都司的指揮要比衛、護衛的指揮地位高出許多。然而，朱棣作為親王，仍然是朝廷的臣民，並不具有提升諸將官職的權力。這樣做本身對於朝廷就是一種叛逆行為，何況此時朱棣已被朝廷剝奪了王爵。由於朱棣的經營籠絡，實際上，在燕王勢力所到之處，已經形成一個與朝廷抗衡的獨立王國。他所網羅的，不僅有自己多年的部下，曾跟隨征戰為其效力者，還有一些因與燕王勾結謀反而被朝廷罷黜的官員，如前都指揮僉事周成、袁成、張睦，朱棣也恢復了他們的職位。
燕軍在戰爭中頗有伏獲。被伏官軍士兵，願留的留，不願留的朱棣便將他們隨時遣散。朱棣聽說在被俘軍士中有幾個是從皇陵守卒中抽調來的，不禁為之惻然。朱棣就藩之前，曾長期聲老家鳳陽駐守練兵。他實際上是在老家長大的。幾個皇陵守卒使他想起了老家的草木，祖宗的陵寢。也想起他這幾十年的經歷，看見這幾個召至面前的軍卒，好像又回到了鳳陽軍中。親不親故鄉人啊！朱棣把他們叫到身邊，不免詢問起皇陵的情況，又著實撫慰了一番，朱棣說：“幼衝（指建文帝）不思祖宗陵寢為重。守卒以調而來。天下士馬固多，豈少此數人。”朱棣下令給他們衣糧，讓他們仍然歸守皇陵。難說朱棣對祖宗沒有感情。但從另一方面看，朱棣不放過任何一個機會攻擊朝廷，借題發揮。朱棣起兵篡位，為天下所指，但他總是設法陷朝廷於不義地位。調幾個皇陵守卒參戰，竟被說成是不以祖宗陵寢為重。自己則處處標榜尊崇祖訓，藩屏邦家。朝廷方面呢，位處至尊正統，一開始便認為自己以正壓逆，以強壓弱，勝算在握，不必計較一些細枝末節。不料卻因而常給朱棣留下可乘之機。“積土成山，風雨興焉；積水成淵，蛟龍興焉”。如此下去，形勢真是不可逆料的。
這月二十八日甲午，朱棣又頒發一道檄文，說是“為報父仇事，諭普天之下藩屏諸王、大小衙門官吏軍民人等”。朱棣的一個用心，便是指責“奸臣惑主”，動輒說“齊尚書黃太卿左班文職等官讒佞君上，恣行不道，苦害軍民”。本來，馬上得天下，打江山要靠武人；而馬上不能治天下，當社會秩序穩定後，文臣的地位勢必提高，武將不免要受些冷落，自然會心懷不滿，這成為朱棣利用的口實，他“指斥左班文臣”的讒佞，不僅在於動員輿論，而且是故意表現出是為武將們洩憤，藉以拉攏他們為己所用。朱棣還把自己及眾親王描繪成一副無端被害的模樣，以爭得民眾的同情心，並藉以呼籲反叛諸王與之結成聯盟。最後，檄文聲稱“今奸臣齊尚書、黃太卿等，餘必不與之共戴天，不報得此仇，縱死亦不已。故用欽遵《皇明祖訓》法律內一條躬行率領精兵三十萬，誅討左班文職奸臣”。他號召：“天下都司，並各處衛所指揮官吏，當思我父皇恩養厚德，同心戮力，整爾士卒，礪爾戈矛，星馳前來，共行捕獲左班文職奸臣，獻俘於祖宗神明，令受非常之刑憲。上以正其君，下以安其民，使我父皇子孫基業以永萬世。”
讀這一通檄文，洋洋灑灑，聲氣奪人，真有席捲天下之勢。不過，朱棣振振有詞，反覆說欽遵《皇明祖訓》如何如何。《皇明祖訓》是怎樣寫的呢？我們已在前面引過《皇明祖訓》原文了。
朱棣所為與祖訓規定相較實有大謬。在新天子即位之後，即使“朝無正臣，內有奸惡”，親王也要奉“天子密詔”才能“統領鎮兵討平之”。今不但無天子調兵勤王之密詔，反有削燕王爵之明詔。而朱棣還是斷章取義反覆引用“祖訓”，他不僅在輿論宣傳上先聲奪人，而且取得了事實上的軍事勝利。他聲稱有“精兵三十萬”雖不免有所誇張，但與實際相去必