４１號雖然保留了強大的對空火力，隨後仍恢復了原來的破交作戰使命。
針對德軍新的戰術，盟軍也隨之於６月下旬起改變了戰術，盟軍的新戰術簡直就是德軍潛艇“狼群戰術”的翻版，具體方法是以７架飛機組成的機群每天三次在德軍潛艇出入大西洋所必經航線上兩個位於菲尼斯特雷角西北的搜尋區，代號分別為“步槍隊”和“海參”，進行疏開平行搜尋，每架飛機巡邏區域長度不超過１８５千米，這正是潛艇四小時水面航行加二十小時潛航的最大距離。只要其中１架飛機發現潛艇，便在其上空盤旋並報告基地指揮部，指揮部則立即命令其他飛機或通知水面艦艇趕來支援，實施協同攻擊消滅潛艇。
萬事開頭難，盟軍新戰術在最初的兩週時間裡並未取得什麼效果，直到７月２０日，才有英軍第二二四中隊的１架“解放者”反潛飛機發現並擊傷１艘潛艇，此後盟軍飛機取得的戰果逐漸增加起來。７月３０日，英軍第五十三中隊的１架“解放者”飛機發現了德軍一個３艘潛艇組成的艇群正在比斯開灣內以水面狀態航行，隨即一面在目標上空盤旋監視，一面向指揮部報告，在指揮部的指揮排程下，先後有６架飛機趕到，對這３艘潛艇進行了攻擊，擊沉、擊傷潛艇各１艘，另１艘潛艇緊急深潛，企圖以此躲避攻擊。但根據飛機的報告，英軍水面艦艇很快趕來，先用聲納確定潛艇的位置，再用大定深的深彈將其擊沉。
就這樣盟軍封鎖效果顯著提高，６月共發現潛艇５７艘，攻擊２６艘，擊沉２艘。７月發現潛艇８０艘，擊沉１１艘，６艘被擊傷而折返，而盟軍僅損失飛機１４架，其中８架是被潛艇擊落，另６架是被德軍戰鬥機擊落的。
進入８月後，德軍潛艇的損失繼續直線上升，僅８月１日和２日，就有４艘潛艇被擊沉，鄧尼茲無法承受這樣的嚴重損失，只得於８月２日下令比斯開灣港口內的潛艇暫停出海，剛剛出海的６艘潛艇也被緊急召回，４艘返航的潛艇分散行動，只能在夜間浮出水面充電，並儘可能沿西班牙海岸航行，以藉助海岸的掩護減少被雷達發現的機率，並在遭到盟軍攻擊後能得到西班牙的援助。這樣盟軍的空中封鎖終於實現了將德軍潛艇封閉在比斯開灣之內的預期目的。而盟軍所實施的空潛戰，尤其是１９４３年４月至８月初，持續九十七天的封鎖共擊沉潛艇２６艘，擊傷１７艘，給予德軍潛艇部隊沉重打擊，史稱“比斯開灣潛艇大屠殺”。
８月２日起，英軍第十九大隊在比斯開灣法國菲尼斯太爾角西北海域開始發起代號“擾亂”的反潛空中戰役，以阻止德軍潛艇使用西班牙海域。德國空軍應海軍的要求，派出了亨克爾－１７７遠端戰鬥轟炸機，與盟軍爭奪該海域上空的制空權，因此雙方就在比斯開灣上空展開了激烈而又頻繁的空戰，英軍總共損失了１７架反潛飛機和６架戰鬥機。
８月２３日起，盟軍又投入了水面艦艇，共１艘巡洋艦和１１艘護衛艦，第二批則為２艘驅逐艦和３艘護衛艦，在第十九大隊的空中掩護下，對比斯開灣西班牙海域進行主動的搜潛、反潛作戰，德國空軍於８月２５日和２８日先後出動道尼爾－２１７和容克－８８戰鬥轟炸機，攻擊盟軍艦艇，重創１艘驅逐艦，擊傷１艘護衛艦，迫使盟軍水面艦艇向西撤退，為德軍潛艇贏得了活動空間。
在１９４１年至１９４５年５月，德國潛艇進出比斯開灣共計２４２５艘次，被擊沉１０６艘，盟軍損失飛機約３５０架。
盟國水面艦艇也參加了比斯開灣封鎖，１９４３年６月擊沉德軍潛艇２艘，１９４３年７月擊沉３艘，１９４４年６月擊沉４艘，１９４４年７月擊沉７艘、重創３艘。
盟軍潛艇在封鎖作戰中損失大，效果小，有些得不償失。取得的戰績只有１艘潛艇，卻付出了３艘潛艇的代價。
儘管比斯開灣海水較深，水雷難以發揮作用，但盟軍還是將佈雷作為封鎖比斯開灣的一項重要措施，佈雷的主要兵力是航空兵，１９４１年７月至１９４２年６月，共佈設水雷約４０００枚；１９４２年９月起加大了佈雷力度，平均每月佈雷約１０００枚；１９４３年７月主要對比斯開灣各港口進行佈雷封鎖，平均每月佈雷約５００枚。此外盟軍水面艦艇和潛艇也曾多次進行佈雷作業，共佈雷約３５００枚。由於德軍在比斯開灣沿岸部署有不少雷達站，能及時發現盟軍的佈雷飛機，並經常出動掃雷艦艇清掃航道，德軍潛艇損失很小，觸雷沉沒的僅有６艘。
戰爭中，德軍潛艇在比斯開灣內共損失潛艇７６艘，佔德軍在戰爭中損失潛艇總數的９。８％，其中１９