採取秘密形式，自2月2日起，每週舉行二三次。日本代表為日置益、小幡酉吉，袁政府代表為陸徵祥和曹汝霖，實際由曹包辦，一切秉承袁的旨意進行。在交涉過程中，日本以支援帝制引誘於前，以武力威脅恫嚇於後，左推右挽，企圖使袁對二十一條囫圇吞下。袁氏鑑於全國人民反日情緒高漲，唯恐完全屈服自身難保，加以他透過有賀長雄已得悉日本元老松方表示日本主要意圖是在滿洲獲得“發展機會”。⑩於是便將二十一條稍加修改，提出修正案，滿足日本對滿洲權益的要求，其他方面則暗中使日本有所收穫，而明處又表示自己不輕易出賣國家權益。可是，日置益步步緊逼，寸利必爭，先以戰爭相訛詐，後又藉口墜馬負傷，不出席會議。袁世凱害怕談判破裂，急忙派代表前往日本使館“慰問”，並指示陸徵祥、曹汝霖到日置益臥床前會談。陸、曹奴顏媚骨，卑躬屈膝，將國家和民族的尊嚴喪失殆盡。
原來，日本在提出二十一條時，僅以一至四項通知英、美、俄、法四國，故意隱瞞最重要的第五項各條。二十一條全文真相為中外所知以後，歐美列強對日本損害他們在華的侵略權益一致不滿，紛紛予以激烈抨擊。2月10日，英國駐日大使葛林赴日本外務省宣告，英國政府對日本之要求條款“漏告”第五項，深表遺憾。同時，中國人民反日鬥爭的浪潮更趨高漲。日本政府見陰謀暴露，事態嚴重，只好一面宣佈第五項為“希望條件”，系屬勸告性質，藉以欺矇世人。另一方面，又於4月26日提出新案，內容與原要求大致相同，僅將若干條文改用換文方式，表面上似乎減輕了嚴重性，實質上依然如故。至於第五項各條，僅允許以後再行協商。接著，便於5月7日發出最後通牒，限四十八小時完全應允，否則“將執認為必要之手段”。與此同時，日本政府派兵至青島、瀋陽等地，耀武揚威。
在對日交涉過程中，袁世凱一直以英國為後援。這時，英國見日本取消了在其勢力範圍（長江流域）修築鐵路的要求，便變了腔調，朱爾典勸告袁氏說：“目前中國情形至為危險，各國不暇東顧，為目前計，只有忍辱負重，接受要求。”＇1＇袁世凱企望歐美列強幹涉落空，又恐得罪日本，兒皇帝當不成，便於8日上午在總統府召集心腹爪牙開會，以“國力未充，目前尚難以兵戎相見”為藉口，悍然決定接受日本通牒。次日，派陸徵祥、曹汝霖往日本使館遞交覆文；對日本4月26日提出之修正案，除第五項中各條容日後協商外，“即行應諾”。最後還無恥地說什麼“俾兩國親善益加鞏固”。＇2＇
袁世凱不僅敢於賣國，而且善於花言巧語地講“愛國”來遮掩賣國。在決定承認二十一條的時候，他就先擬好了一個“密諭”，於10日發給各級文武官吏，他說：“予以保全國家為責任，對外則力持定見，始終不移，對內則撫輯人民，勿令自擾。將及四月，持之益堅。彼遂以最後通牒迫我承認，然卒將最烈四端，或全行消滅，或脫離此案，其他較大之損失，亦因再三討論，得以減免，而統計已經損失權利頗多。疾首痛心，憤漸交集。往者已矣，來日方長……京外各官當規勸僚屬，申儆人民，忍辱負重，求其在己。切勿妄逞意氣，空言罵，非徒無益，反自招損。務各善體此意，努力為之。”＇3＇在這個密諭裡，他雖然裝腔作勢，但不得不承認“損失權利頗多”，而在公開的通電中，為保持他在中國人民面前的體面和威風，則厚顏無恥地說：“日本既有讓步，無損主權，故決定由外交部答覆，此案已結，中外敦睦。”同時，動員各省官吏拍發賀電，頌揚“元首外交成功”，又命令御用報刊，顛倒是非，把對日屈膝投降說成是“雙方交讓，東亞幸福”，甚至開會慶祝“外交勝利”。然而，這一切鬼蜮手段並沒能把他承認二十一條要求的賣國性質掩蓋住。
袁世凱接受二十一條的訊息一經傳出，群情激憤，舉國一致認為是奇恥大辱。全國教育聯合會決定各學校每年以5月9日為“國恥紀念日”。各省市人民紛紛舉行抗議集會，散發傳單，誓死不承認二十一條，決心進一步展開抑制日貨的鬥爭，要求“懲辦賣國賊”的吼聲響徹全國。陸徵祥、曹汝霖嚇得慌忙提出辭職。有些地方報紙甚至直接譴責袁世凱，要他“負失地喪權之責任”。面對聲勢浩大的反日愛國運動，地方“官廳能維持其秩序，不能禁止其進行”。＇4＇因此，運動愈來愈猛烈，漢口、鎮江、漢陽等地相繼發生騷動。13日，漢口學生和商民群起搗毀日本商店，段芝貴急忙由武昌抽調軍隊前往協助日本軍隊鎮壓。事後，他向袁密報說：“武漢三鎮人心頗形不靖，街談巷議多屬仇外之言”，“人人腦精中隱蓄一