樣寫道：“此次合同簽字，在勢無可取消，倘國會能諒苦衷，固為國家之幸，否則惟有向國民代表引咎自謝，以明責任。”③“引咎自謝”是袁世凱用以威脅國會的慣伎，其實，他根本就沒有考慮過辭職。就在這時他已經公開地佈置反革命武力了。
5月1日，趙秉鈞因宋案不得不引嫌辭職，袁世凱認為愈避嫌愈會暴露，因此只准他請假，而派段祺瑞代理國務總理。段上臺後，立即備戰。5月6日、15日，接連召開兩次軍事會議，制定了對南方用兵的計劃：由京漢鐵路和津浦鐵路兩路分兵南下。津浦路方面，早在4月上旬袁世凱已密令駐紮兗州的張勳所部“辮子兵”和駐濟南的第五師（師長靳雲鵬）整軍備戰，候命待發。京漢路方面，5月9日袁命令第六師（師長李純）由信陽開往武漢，向鄂、贛邊挺進。第二師（師長王佔元）由保定開往信陽接防。同時，以海軍大演習為名，命令長江及沿海各軍艦一律北上，集中煙臺停泊，以防海軍起義，附和國民黨。袁世凱對南方海軍一直抱懷疑態度。
袁世凱並沒有把全副精力用於調兵遣將，為使軍事行動迅速奏效，他還搞了許多政治陰謀活動。
他十分注意爭取和利用同盟軍。在他的支援下，共和、民主及統一三黨於5月29日正式合併組成進步黨。舉黎元洪為理事長，實際負責人是湯化龍、梁啟超。進步黨發表了關於時局的宣告：“一、擁護袁世凱為正式大總統候補者；二、改組現內閣；三、可先選總統，後製憲法；四、大借款在今日之財政上不能反對，只可監督用途；五、宋教仁案以法律解決之。”從五點宣告可以看出，進步黨人沒有自己的獨立主張，幾乎全是重複北洋派的濫調。進步黨理事張謇與國民黨人在政治上存在著嚴重分歧，而與袁氏暗通聲氣，他希望助袁統一，以達到“國富民強”的目的。5月底，當趙鳳昌等催他到上海調停南北衝突時，他認為“統一與調和牴觸”，拒絕離開南通，“假裝生病，不加理採”。直到6月中旬他才改變態度，將汪精衛所提出的南北妥協方案轉致袁世凱。大意是：國民黨保證舉袁為總統，宋案僅追究到應夔丞、洪述祖，袁在臨時大總統任內暫不撤換皖、贛、粵、湘四省國民黨都督。張謇認為汪擬條件“亦明達事理能顧大局之言”，並建議袁氏電請汪到北京，“俾指導其黨之暴亂分子，使選舉時穩靜一致”。袁回電假惺惺地表示考慮張謇的意見，同時指使梁士詒電邀汪北上。
袁世凱認為，在即將爆發的戰爭中，黎元洪的態度至關緊要。5月初，他撥給湖北“軍餉”一百萬元，實際上這是一種收買。不久，黎元洪果然發來效忠電，他說：“元洪唯知服從中央……所有長江上下游，元洪誓死撐持，決無瞻顧。”這個電報使袁世凱大受鼓舞，他立刻回電賭咒發誓：“世凱苟有欺天下之心，利一姓之見，罪在不赦。”④此後，黎元洪接連發出通電，開始以“勸告”國民黨討袁派為名，行攻擊之實；後來則和袁世凱異口同聲地罵討袁派“謀叛亂”，將其反動立場公然暴露於光天化日之下。
對國民黨內各派系，袁世凱採取區別對待、分化瓦解的反革命策略。當時，在北京的國民黨議員大都主張“法律解決”。袁氏於4月8日按時召開了國會開幕大會，並派梁士詒為代表，重申尊重國會和約法。這就使國民黨議員更增加了進行合法鬥爭以解決“宋案”的幻想，以致“二次革命”爆發時，僅有少數議員決然南下討袁，大部分仍坐在國會大廳裡從容論道。當然，袁還欺騙說：這場戰爭僅僅是要討伐黃興、李烈鈞等幾個叛亂分子，並非要消滅國民黨。並命令北京警備地區司令官傳訊國民黨幹事說：“如果不預逆謀，限三日自行宣佈，並將該黨叛逆一律除名，政府自當照常保護。”⑤為了換取“保護”，國民黨北京支部長吳景濂便腆著臉“遵命”把黃興、李烈鈞等除名。
當時，在上海進行“調解”活動的人很多，除張謇以外，另有國民黨人譚人鳳、王芝祥、汪精衛、蔡元培以及老官僚岑春煊等人。5月4日，岑春煊、譚人鳳、王芝祥等十人致電袁世凱，提出以引渡洪述祖、趙秉鈞出庭對質、大借款提交國會透過及政府不得干涉制定憲法等，作為“南北妥協”的條件。9日，袁回電一口拒絕，並就岑電所提各條逐一狡辯，說趙秉鈞於宋案“尚無嫌疑可說”，借款上年已由參議院透過，政府幹涉制憲“純是猜疑”。當月下旬，譚人鳳、王芝祥、伍廷芳和岑春煊的代表先後抵京，袁世凱一一接見，態度始終不變。他對自己的老政敵岑春煊尤為反感，在接見其代表藍建樞時極不耐煩地說：“今日並非調和南北問題，乃系地方不服從中央、中央宜如何統一