宦官監軍有關。
不過，黃巢進長安後立即傳檄諸道，在農民軍聲勢的威懾下，唐藩鎮中有十分之三、四都投降大齊政權。黃巢一時更加志得意滿。他沒有意識到，這些藩鎮不過是各懷私心，不願意替唐朝廷出頭，暫時持觀望態度，降跟叛一樣，對他們來說不過是家常便飯，這些藩鎮實力雄厚，對農民軍的潛在威脅卻絲毫沒有減少。首先發難的是已經投降黃巢的河中留後王重榮。
王重榮三兄弟皆入軍籍，父親是禁軍將領。乾符年間，王重榮任河中都虞候。廣明元年（880年）十一月，正值黃巢跨過長江，進兵中原之際，唐朝廷忙得焦頭爛額，疲於應付。王重榮趁機煽動軍士作亂，四亂搶劫，河中坊市被搶奪一空。並率軍包圍了節度使府，要求河中節度使李都交出大印。唐朝廷對此無能為力，只好順乎“民意”，任王重榮為河中留後，將河中節度使李都召回京師。自此，王重榮完全控制了河中兵權。黃巢率軍攻克潼關後，王重榮主動派人向黃巢請降，於是被黃巢任命為河中節度使。
黃巢雖然攻進了長安，但農民軍所控制的地盤只限於長安四周。黃巢進長安後，糧草供應農民軍最緊迫的問題。農民軍四處流動作戰，還不能控制漕運，河中（今山西永濟）的地位在這個時候就凸顯出來。為了調發兵糧，黃巢不斷派遣使者到河中督促糧運，使者前後竟然有數百人之多。河中吏民不堪忍受，苦不堪言。王重榮忍無可忍，對部眾說：“起初我屈節事賊，是想緩解軍府的急患，如今黃巢來調財不已，又要徵調士兵，我們早晚要死於他手，不如發兵抗拒黃巢。”“眾皆以為然”。於是將黃巢派來的使者全部處死，重新歸附唐朝。此時，距離王重榮主動投降黃巢不過十四天。
王重榮料到黃巢必然來大舉來攻，一面積極備戰，一面主動與義武節度使王處存聯絡，要求連兵抗齊。
王處存祖上數代均為神策軍軍官。他父親一面當官，一面經商，這是當時神策軍官流行的做法。但王父卻善於經營，很快成為長安鉅富。王處存成年後也能繼家聲，當上了節度使，成為家族中官職最高者。王處存聽說長安失守後，痛哭了好幾天。這其中自然有心痛王家在長安的鉅額財富的因素在裡面。之後，王處存決定與農民軍不共戴天，所以，他在出師對抗黃巢的行動中特別積極，與其他藩鎮要麼投降黃巢、要麼坐山觀望的態度截然不同。當時僖宗還在逃難當中，王處存不等收到詔令，就主動派軍隊入援，調遣軍隊二千人走小道趕到興元，以護衛僖宗的車駕。
黃巢聽到王重榮殺掉己方使者的訊息後，勃然大怒，派弟弟黃思鄴從華州發兵，得力部將朱溫從同州發兵，兩軍會合後，一齊進攻河中。然而，王重榮早有防備，出兵拒戰，大破黃思鄴和朱溫軍。剛好此時大齊的吏部尚書兼水陸轉運使張言押運四十多船糧食兵仗，停在風陵渡，也被王重榮趁勢截獲。張言無法向黃巢交差，只好隻身駕小舟下游逃去。
之後，長安農民軍的軍需供應就更加困難了。黃巢的得力謀士費傳古出了個主意，讓黃巢派朱溫開闢一條山南交通線。朱溫率數千精兵，賓士千里，一舉拿下鄧州。有了鄧州作屏障，商、洛至蘭田關的運路便暢通了。如果再給朱溫增兵，或者由朱溫自行發展，逐步打通襄、荊大道，形勢可能會再生變化，但此時黃巢還無此遠慮，朱溫本人也未必有此雄心。
王重榮一戰得勝後，聲勢大振。義武節度使王處存親自率部趕來支援。而驚魂未定的唐朝廷也開始了排程，以進行反擊。僖宗任命鳳翔節度使鄭畋為京城四面諸軍行營都統，相當於進攻長安的總指揮。鄭畋走馬上任後，立即任命涇原節度使程宗楚為副都統，前朔方節度使唐弘夫為行軍司馬。大批唐軍開始調動，向長安結集。
長安城中的黃巢這才開始擔心。中和元年（881年）三月，黃巢派尚讓率眾五萬進攻鳳翔，打算打敗在鳳翔指揮唐軍的鄭畋以壯聲威。尚讓自恃農民軍一直戰無不勝，而對手鄭畋不過是一介書生，定然不諳軍事。然而，麻痺大意下，尚讓軍在龍尾陂中了埋伏，被唐軍大敗，農民軍損折過半。
鄭畋乘勝傳檄天下藩鎮合兵推翻大齊黃巢政權。當時僖宗李儇逃入成都，詔令不通，諸鎮以為唐朝廷就此完了，因此大多坐山觀望局勢發展，收到鄭畋檄文後，諸鎮各懷目的，爭相發兵關中。夏綏節度使拓跋思恭也糾合夷、夏之兵，會合鄜延節度使李孝昌，結盟討伐義軍。代北監軍陳景思率沙陀酋長李友金及薩葛、安慶、吐谷渾諸部入關助陣。奉天鎮使齊克儉主動派人與鄭畋聯絡，要求效力。前夏綏節度使諸葛爽本已投降大齊，