中苑賓館裡，他被守候多時的中紀委的官員扣留，接受“雙規”，並開始對其擔任中國銀行上海分行行長及中國銀行香港分行總裁期間涉及的違規貸款問題進行調查。
審查劉金寶的中紀委官員出於種種原因，對扣留劉金寶一事予以嚴格保密。五天以後行文到上海，命令上海市公安局對涉案人員周正毅採取強制措施。所謂採取強制措施，就是給關起來。當晚就有小道訊息傳出。“東八塊”六名拆遷戶和鄭恩寵律師前往靜安區人民法院狀告周正毅的時候，正是周正毅旗下四家上市公司股票價格狂跌之際。
【向胡溫叫板】
劉金寶被扣留，周正毅被抓，幾乎是一副多米諾骨牌，引發了一系列的效應。零三年六月一日至二日，香港廉政公署出動一百多名調查員，進行連續四十八小時的旋風式行動，在香港中環中心寫字樓和其他幾處私人住宅拘捕二十多人，當中包括正欲從碼頭離港的毛玉萍。
從五月二十九日至六月一日，周正毅旗下的兩家上市公司“上海地產”和“上海商貿”股價暴跌，“上海地產”跌去百分之四十，“上海商貿”跌去百分之二十一，均於六月二日被停市。三天之內，周正毅財產縮水達八億之多。
對於陳良宇來說，這次中紀委直接繞過上海市，直接對周正毅下手，無形之中對陳良宇造成了威脅。更嚴重的是中紀委的拘留名單上居然有陳良軍的名字，而且陳良軍也的確被監視居住，控制住了。這個時候，離陳良宇進入中共中央政治局，不過是七八個月的時間。
據上海官場人士說，周正毅在劉金寶出事後曾與陳良軍密談過，要陳良軍找其兄陳良宇“幫幫忙”。這大概是周正毅深知劉金寶一出事，必定會牽扯出周正毅。但是事出突然，周正毅被抓後，陳良宇也十分著急。尤其是其母親李謀真，因為陳良軍被控制，四處找不到人，因此一天幾個電話打給陳良宇，立逼他找出人來。
陳良宇無奈，只好派手下四處打聽案情，另一方面，周正毅被抓的訊息一傳出，上海灘上下千萬雙眼睛都盯住了陳良宇，尤其是“東八塊”地皮上被騙的拆遷戶。上海灘的傳聞千奇百怪，層出不窮，矛頭幾乎都指向陳良宇。陳良宇的老爸陳更華幾乎每天都聽到陳良宇倒臺的傳聞，害得他每天都要大罵SHIT。陳良宇因此不得不每天在電視上出鏡，表示自己沒有成為“陳希同第二”。同樣，他也提心吊膽，生怕中紀委的官員真的找上門來。
但是這個時候，恰恰是江澤民為首的上海幫勢力最盛的時候，江澤民、吳邦國、黃菊、曾慶紅都正是權勢熏天的時候。據報道，江澤民就劉金寶和周正毅事件專門作了批示：“劉金寶事件，周正毅事件，王雪冰事件，還有其他類似事件，只能算是上海市委某些環節工作失誤，不能看作是直接勾結。黃菊、陳良宇同志主持市委工作，中央是肯定的。黃菊、陳良宇同志在工作、作風上有錯誤，但已有認識，不要再揪住不放。上海政局絕不能亂，區域性亂也不行。一亂，其他地方跟風肇事添亂，會失控。”江澤民的這個批示，這才算堵住了把劉金寶和周正毅一追到底的勢頭，等於是給陳良宇解了圍。這其實也是上海幫最團結、最顯示其勢力的一次示威。
陳良宇得到江澤民撐腰，因而越發跋扈起來。他堅持周正毅的案子由上海審理，這樣就輕易地放過了自己的弟弟陳良軍。然後他又立即命令靜安區政府將“東八塊”收歸國有，和周正毅撇清關係。另一方面，開始嚴厲打壓敢於舉報和上訪者。
陳良宇親自主場會議，要對敢於狀告靜安區政府的鄭恩寵律師進行報復。陳良宇早在二零零三年六月六日就已經拘留了陳恩寵。二零零三年十月二十八日，上海市第二中級法院以“（二零零三）滬二中刑初字第一百三十六號”刑事判決書，判處原上海市敏鑑律師事務所律師鄭恩寵有期徒刑三年，剝奪政治權利一年。其罪名是“為境外非法提供國家秘密罪”。這是非常惡毒的一招，用所謂的“洩露國際機密罪”判了鄭恩寵，用以威嚇敢於在“東八塊”土地問題上敢於上訴之人。從當時上海官方媒體《外灘畫報》的報道上看，這就顯然是一個冤案。鄭恩寵一非公務員二非幹部，不過從一個基層民警哪裡瞭解到靜安區公安為了強行拆遷，而安排的出警情況，然後發了個給境外的傳真。如果說洩露國家機密，應該是那個民警。
二零零六年六月五日，鄭恩寵刑滿釋放，陳良宇居然仍不肯放心，專門主持了一個長達十幾個小時的會議，佈置在鄭恩寵出獄之後，對其進行監視和軟禁。他出獄之後，家門口始終有多名便衣三班倒進行監視，不許媒體對他