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原則上，穿透式許可協議為上游專利持有人和下游藥品開發企業都帶來了好處。研究人員可以憑藉有限的資金使用受專利保護的研究工具，只有當研究產生有價值的結果時，才需要付錢。上游專利持有人也寧願有機會獲取下游產品的鉅額回報，而不是隻拿一筆有限的提前許可費。這是好的一面。不利的一面則是，倘若上游專利持有人太多，對潛在的下游產品提出不一致的要求，穿透式許可協議就有可能造成反公地悲劇。47
穿透式許可協議的失控威脅引發了公開和私下的反響。美國國立衛生研究院修改了許可方針，使之有利於學術（非商業）研究。我的合著人麗貝卡·艾森伯格參與了一部分修訂指導工作。該方針指出，衛生研究院贊助的基因研究工具可在大範圍內供各方研究人員使用。48 大學普遍採用了衛生研究院的方法，對自身和其他非商業機構例行保留“研究免責權”。49 實際上，研究機構透過不斷地頒發許可，創造出了有限的特許免費地帶。2001年，連同國立衛生研究院的改革，美國、歐洲和日本的專利局做出決定，DNA研究工具專利上的特定權利要求，不應當“穿透”至最終開發的藥品上。法院判決進一步深化了此項政策調整，但僅限於專利要求本身；至於各方在私下協商許可時提出繁複的契約式規定，並不在限制之列。
從企業層面來看，許可慣例也有所改變。有時候，專利持有人寧願將專利白白擱著，專門用來阻止競爭對手開發更好的藥品。通常而言，持有人無非是為了一個錢字。而要賺錢，他們必須提供合理的許可條件，比如，專利持有人或許會根據其他必須用到的研究工具數量，調整許可費。特許費總額的上限，務必處在可控制的水平（如淨銷售額的百分之幾）。要徵求許可的工具越多，每項許可的費率就必須向下調整，以使總額維持在上限以內。如今，在公司起草許可協議時，有大把此類“反堆疊”（antistacking）合同條款可供使用。50 不管你信不信，“樣板”法律文書的實用性和普遍採用，在規避困局方面帶來了意義深遠的影響。
總之，社會在預防幻影收費站困局上取得了一定程度的進步。當然，要衡量殘存的無形成本並不容易。產品開發領域到處都是商業機密。倘若某種重要產品指日可待，下游產品開發企業大概會迫切地與上游專利持有人達成協議。倘若成功把握不大，或者預期商業價值不高（哪怕人道主義價值大），各方面說不定都會談崩。一位觀察家說，困局的潛在成本仍然很高，“尤其是在基因治療領域，因為如今最有希望的技術進步主要集中在一些少見的基因疾病上，這些病症的市場很小。”51
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是過渡還是悲劇（1）
生物醫學困局能得到解決，還是會越變越糟糕？隨著許可轉讓方和接受方的經驗增多，幫助所有者和使用者達成協議的機構逐漸出現，因上游專利權激增導致的威脅似乎得到了一定的遏制。倘若耽擱了疾病的診治，換來上游研究得到合理報酬，保證了其長期的生存能力，短期成本也算是物有所值。產權對產品研發造成的阻礙或許只是過渡現象，而不是一種持久的悲劇。
另一方面，你難道敢對飽受疾病折磨的患者說，其實他們的病本該治得好嗎？不加批判地順應市場的力量，問題有三。52 首先，高昂的議價成本有可能成為有效整合智慧財產權的持久障礙。議價成本出現在研發階段初期，正是潛在收益最不確定的時候。由於這些權利難以估價，也就難以提出標準的授權方案。面對這種精明的買賣，研究機構競爭力有限。其次，上游生物醫學智慧財產權屬於大量不同的公共或私人所有者。53 有時候，所有者多元化，能使交易及早完成（“你分榮譽我拿錢”），但互相沖突的議程卻會阻礙協議的順利實現，尤其是對那些完全仰仗授權專利包獲利的小型生物技術公司而言。最後，野心和敵意往往會給看似簡單明瞭的談判造成妨礙。想想前面說的飛機專利權之戰吧：威爾伯·萊特至死都在跟格倫·柯蒂斯打官司，這場戰鬥沒有贏家。從專利官司的漫長曆史來看，要是兩個或兩個以上的專利所有人都希望控制市場，討價還價成不了事。
反公有資源之戰的三大里程碑
為跳出困局的純理論研究，大量研究員在過去10年間致力於更