很英勇，但畢竟實力懸賞，準備又不充分（即使準備充分，結果也難有改觀），海戰不到半小時，福建水師11艘兵艦，揚武、濟安、飛雲、福星、福勝、建勝、振威、永保、琛航9艦被擊毀，另有伏波、藝新兩艦自沉，19艘運輸船沉沒，水師官兵殉國者七百六十人。而法軍只有6人被擊斃，15人受傷，兩艘魚雷艇受重傷，其他戰艦基本無礙。
福建水師的炮艇“福星”號，剛一開戰，就已經被敵艦擊中，船上燃起熊熊大火，在危難之時，官兵們仍舊斷錨轉向，衝入敵陣對敵旗艦猛烈射擊並連續命中。但“福星”脫離本隊後，被敵艦團團圍住，重炮轟擊下火藥庫中彈爆炸，全艇官兵壯烈殉國。
戰艦“揚威”號，在被兩艘法艦的夾擊打穿了船體後，隨後又被魚雷擊中，艦上官兵置生死於不顧，在被擊沉前的瞬間，發射出最後一發炮彈，重傷敵艦長和兩名士兵。還有“飛雲”號、“福勝”號，都奮勇抵抗，拼命殺敵，直至沉沒。對於這些英勇的戰士，我們有什麼理由去苛責呢？
倒是福州鄉人回憶說，總負責人張佩綸和何如璋，聽到海港內的隆隆炮聲，嚇得趕緊從福州船政局的後山逃走。據當時人的描述，當時天下大雨，電閃雷鳴，張佩綸嚇得連鞋都掉了，跑到一半實在跑不動了，只好由親兵拖曳著往前走，最後逃到了鼓山，當地百姓都拒不接待，張佩綸只好隱匿在一個禪寺下院，此地距離船廠已有二十多里。第二天，張佩綸到了鼓山彭田鄉，恰好這時朝廷聖旨到了，閩浙總督何璟到處找張佩綸都找不到，最後懸賞一千錢給找到或報信的，才算把這個可愛的“主戰派”給找到了。
不久前，張佩綸還情緒激昂的在朝廷上慷慨陳辭，大罵別人賣國投降，等到朝廷真派他去福建主持軍務時，卻侈然自大，漫不經心，結果致此大敗。據說法國艦隊進入馬尾港後，張珮倫居然把福建水師的所有戰艦全部集中起來，和法國艦隊近距離聚泊，並自稱是背水佈陣，置於死地而後生。後來的事實證明，這其實是為法國艦隊聚殲福建水師創造了有利條件，如果福建水師的戰艦分散停泊的話，損失是有可能降低的。
文官好戰，外行指揮內行，後果當然很嚴重。
福州船政大臣何如璋更倒黴。馬尾海戰的風雨飄搖之時，何大人嚇得躲進安施氏祠，誰知鄉人為了將他趕走，竟然連祠堂也給燒了。何如璋沒辦法，只好連夜逃走投宿到洋行。第二天早晨，何如璋入城後想住到兩廣會館，結果又被商人們驅逐，真可謂是狼狽不堪。（羅惇曧：《中法兵事始末》）
8月24日上午，法國艦隊又持續炮擊了馬尾船廠達五小時之久，船廠廠房、倉庫和一艘尚未完工的巡洋艦遭到了很大破壞。本來為了防止法國人奪取馬尾船廠，當時清軍已經埋下地雷準備炸燬，但當時風雨大作，引線沒有點燃，後來法國艦隊轟擊時離得太遠，破壞效果有限。戰爭結束後，船廠經過維修後又恢復了生產，也是不幸中的大幸。
在炮擊馬尾船廠後的幾天裡，法國艦隊又將兩岸炮臺全部摧毀後才駛出閩江，至此馬尾大戰結束。遭此大挫後，清政府譴責法國“專行詭計，反覆無常，先啟兵端”，決定對法正式宣戰，發動反擊。
9月中旬，孤拔率軍艦5艘，副司令利土比率軍艦3艘，分別進攻臺灣的基隆和淡水，企圖佔領這兩處後分進合擊，進軍臺北。劉銘傳鑑於臺灣的兵力不足，便決定放棄基隆而堅守淡水。10月1日，法軍在軍艦的掩護下攻佔了基隆。法軍攻佔基隆的目的，是想佔據當時已經開發的基隆煤礦，以補給他們的燃料需求，不過他們沒有想到的是，清軍早已在法軍到達之前將煤礦破壞，法國人得到的只是一片荒灘廢墟。
法國人更沒有想到的是，本以為是閒庭信步的淡水登陸戰竟然遭到慘敗，法軍非但沒有佔領淡水，反而傷亡了上百人，最後只能狼狽的逃回軍艦。法軍佔領基隆一隅，無法深入，只能轉而對臺灣實行海上封鎖。
1885年初，法國艦隊跑去騷擾浙江鎮海，截擊南洋水師由上海往援臺灣的五艘軍艦。其中， “澄慶”、“馭遠”兩艦由於航速較慢，脫離艦隊就近避入了浙江石浦，被七艘法國軍艦追上，後來這兩艘軍艦被法艦的魚雷擊沉。
另外三艘巡洋艦，“開濟”號、“南瑞”號和“南琛”號，因為速度較快，而且當時海上大霧瀰漫，從而擺脫了追擊的法國艦隊，避入岸防嚴密的浙江鎮海口。
在擊沉“澄慶”、“馭遠”兩艦後，法國艦隊離開石浦，在得知“開濟”等艦停泊在鎮海口後，便又前來進犯鎮海，清軍在浙江提督歐陽利