留守攻下的城池，這使得北伐軍和南京的聯絡完全被尾隨的清軍切斷，這兩萬多人就象斷線的風箏沒奶的娘，只能依靠自己的力量自生自滅了。
幸好這時捻軍來幫忙。蒙城、亳州一帶的捻黨見太平北伐軍將清軍打得落花流水，很是羨慕，於是也蜂擁而起，群起歸附，北伐軍的勢力一時間急劇壯大。但這些會黨和廣西老戰士畢竟是兩回事，他們既沒有高度的政治覺悟，也不懂得尊奉上帝，更沒有建立天國的遠大理想，這些人更喜歡的是趁亂剽掠的土匪行徑。這樣的結果就是，當北伐大軍離境的時候，這些人往往大半開溜散去，真正北進的，還是那些廣西老戰士。
當北伐軍進到河南歸德劉家渡準備北渡黃河的時候，黃河水突然暴漲，兩岸船隻也早被清軍拆散燒燬，北伐軍望著對岸蒼茫的平原，只能望河興嘆。
無奈之下，北伐軍只得沿著黃河南岸繞道西上，花了二十多天的時間後，總算在鞏、汜河邊擄得一些運煤船，但由於船隻既小又少，一兩天根本渡不完。剛渡到一半，就被跟蹤而來的清軍截擊，剩餘的一小半人乘機掉頭南下，向著小天堂奔去，但最終還是被清軍消滅於安徽境內，這批太平天國的原始股民，終究沒有享受到小天堂之福。
已經北渡的主力部隊沒有退路，他們一路狂奔，攻下溫縣，逼近懷慶。但懷慶是個硬骨頭，有清將勝保和直隸總督納爾經額坐鎮指揮，兵力有六萬人，北伐軍久攻不下，只好越過王屋山繞進山西。
進入山西后，北伐軍沿著太行山的羊徑小道，連下垣曲、平陽（今臨汾）、霍縣等地。正當北伐軍準備繼續北上之時，聽說前方清將勝保已經佈下重兵，北伐軍不想主動鑽入口袋，於是從洪洞縣（蘇三起解的地方）再次改道平行向東，進入直隸（今河北）境內。
隨後，北伐軍鑽隙前進，速度飛快，很快過邯鄲，克正定（今石家莊的機場就在正定），下深州，正要逼近保定的時候，又有大批清軍北下阻截，便又掉頭東進滄州。
但殺到滄州時，遇到了當地團練的頑強抵抗，北伐軍遭到重大傷亡。林鳳翔大怒，把主要兵力全部壓上，在付出了沉重代價後攻陷滄州。因為傷亡過大，林鳳翔等在城內縱軍大肆燒殺作為報復。據說，城破之日，全城滿漢回居民萬餘男女老幼，均被屠殺殆盡。
在這裡，筆者插句題外話：戰爭這個東西，除了反抗侵略是正義的外，其他很難說什麼正義可言。中國有句古話，“一將成名萬骨枯”，一個英雄的後面，往往是千萬孤兒寡母的萬千淚水，但凡內戰，遭殃的總是那些無辜的老百姓。
譬如太平天國起義，往往是太平軍攻殺在前，官軍擄掠在後。太平軍一貫挾裹平民，離開武昌時就徵發了上萬民船，那可是數十萬船民的身家性命，那些失去了家中男人和主要財產的船民老小，又該怎樣面對剩下的悽慘人生？
古代沒有戰爭法的約束，但凡戰鬥激烈的攻城戰，城破後多半會發生屠城和燒殺搶掠的悲慘事件。發生這種不幸事情的原因，多半是獲勝的一方死傷慘重，這些獲勝者看到戰友一個個的死去，心中的憤懣和悲傷要發洩，而主帥為了撫慰這些人，往往默許甚至縱容部下濫殺無辜，大肆搶劫，甚至姦淫婦女，胡作非為。
有的軍隊為了震懾對方，往往也故意製造屠城事件，其中特別以元朝的蒙古人最為惡劣與兇殘。平民被屠的事件在中國歷史上比比皆是，如五胡亂華時的各族互屠、蒙古人滅金和南宋時攻城逢抵抗即屠、張獻忠屠四川、滿人的揚州十日和嘉定三屠，還有日本人制造的旅順大屠殺、南京大屠殺，直殺得中原大地遍地是血，所有的這些，都是國人難以磨滅的傷痕哪！
林鳳翔等在滄州的屠殺引起了北方人的反感。本來直隸、山東等省的老百姓不滿於清朝統治，聚眾抗命的起義團體如捻軍、白蓮教、天地會、回教等此伏彼起，在太平軍來到的時候，紛紛附和助戰，但太平軍所到之處，就焚廟毀佛，強迫他人信仰“天父天兄”，又在滄州大肆焚殺，等於把這些人逼到了清軍陣營。民心不再，北伐軍越往北走就越艱難了。
滄州被屠後，一些歸附的義軍紛紛散去，北伐軍的實力大不如前。儘管天王在小天堂遙加封賞，林鳳翔、李開芳等五人同時被封為侯，但這些封賞對那些在北方拼命的老戰士不過是畫餅充飢，毫無用處，特別是當這些人聽說留在天京的同伴們在小天堂裡錦衣玉食，吃香的喝辣的，心理如何能平衡？譬如那些沒有渡過黃河的那一小半人，到底真是受到清軍截擊而被迫南撤，還是乘機開溜，還很難說。
更為要命的是