街小巷和外來侵略者展開巷戰，阿古柏侵略軍被殺得大敗而歸，“偷雞不成反蝕了把米！”
阿古柏率領殘兵敗將回撤途中，屋漏偏逢連夜雨，又碰到庫車熱西丁部將的軍隊，結果又被殺得落花流水，慌忙竄回了喀什噶爾。急火攻心之下，阿古柏把火全撒在了當時還沒有攻下的喀什噶爾漢城上。喀什噶爾漢城守備何步雲被圍困13個月後，見勢不妙便暗通敵人，漢城淪陷，幫辦大臣奎英等人自殺殉國。阿古柏佔領漢城後，縱兵大殺，未死的居民被逼迫迫皈依###教，方可倖免於難。
而此時中亞地區也日益遭到了沙俄的蠶食，浩罕國也處在了亡國的邊緣。1865年秋，約七千浩罕殘軍在玉努斯江的率領下，逃到喀什噶爾投奔了阿古柏。阿古柏見故國難保，就乾脆下定決心要吞併整個新疆，把中國新疆割裂出去，佔地為王。阿古柏的罪惡行經，已經完全演變成了割裂中國領土的侵略行為。
阿古柏對七千浩罕殘軍整編完成之後，派玉努斯江對葉爾羌再次發動強攻。攻克葉爾羌後，玉努斯江進行了血腥屠城，殺得城內血流成河，作為上次偷襲失敗的報復。隨後，阿古柏又以去和闐朝拜的名義，誘捕了和闐“帕夏”哈比布拉，並將和闐城納入阿古柏的魔掌之中。
庫車的熱西丁不甘心失敗，率領剩餘軍隊反攻葉爾羌，並準備從阿克蘇進軍，南北夾擊喀什噶爾，但這個計劃遭到失敗，阿克蘇反被