十五年（1597）七月七日，他已抵達漢城，開始籌備作戰。因為根據多年的軍事經驗，他判定，日軍很快就會發動進攻，時間已經不多了。
但事實上，他的判斷是錯誤的，時間並非不多，而是根本沒有。
萬曆二十五年（1597）七月二十五日，全面進攻開始。
日軍十二萬人，分為左右兩路，左路軍統帥小西行長，率四萬九千人，進攻全羅道重鎮南原。
右路軍統帥加藤清正，統軍六萬五千人，進攻全州。
從軍事計劃看，日軍的野心並不大，他們不再奢求佔領全朝鮮，只求穩紮穩打，先佔領全羅道，以此處為基地，逼近王京。
而要說明軍毫無準備，那也不對，因為在南原和全州，也有軍隊駐守。
比如南原，守將楊元，守軍三千人。
比如全州，守將陳愚衷，守軍兩千五百人。
經過計算結果如下，攻擊南原的日軍，約為守軍的16。3倍。而攻擊全州的日軍，約為守軍的26倍。
大致就是這麼回事。算起來，估計只有神仙，才能守住。
楊元不是神仙，但也不是孬種，所以南原雖然失守，卻一點也不丟人。面對十幾倍於自己的敵人，楊元拼死抵抗，並親自上陣與敵軍廝殺，身負重傷，身中數槍率十餘人突圍而出，其餘部隊全部陣亡。
相對而言，全州的陳愚衷就靈活得多了，這位仁兄明顯名不副實，一點也不愚忠，倒是相當靈活，聽說日軍進攻，帶著兵就溜了，所部一點也未損失。
南原和全州失陷了，兩路日軍於全州會師，開始準備向漢城進軍，四年之後，他們再次掌握了戰場的主動權。
【勝負之間】
楊元逃回來了，麻貴親自接見了他，並對他說了一句話：
“南原之敗，非戰之罪”。
想想倒也是，幾千人打幾萬人，畢竟沒有投降，也算不錯了。對於領導的關心和理解，楊元感到異常地溫暖。
但是，他並沒有真正理解這句話的意思。
事實上，就在他倍感安慰的時候，麻貴在給兵部的上書中寫下了這樣幾個字——“按軍法，敗軍則誅”。
所謂“非戰之罪”，並不代表“非你之罪”。雖然楊元很能打，也很能逃，但城池畢竟還是丟了，丟了就要負責任。數月之後，他被押到遼陽，於眾軍之前被斬首示眾。
麻貴很理解楊元，卻仍然殺掉了他，因為他要用這個人的腦袋，去告訴所有人：這場戰爭，不勝，即死！
現在，擺在麻貴眼前的，是一個極端的危局。
攻陷全州後，日軍主力會師，總兵力已達十餘萬，士氣大振，正向王京進軍。
此時，另一個壞訊息傳來，朝鮮水軍於閒山大敗，全軍覆滅。
雖然朝鮮打仗不怎麼樣，但必須承認，搞起政治鬥爭來，他們還是很有點水平的。第一次戰爭剛剛結束，就馬不停蹄地幹起了老本行。
這次遭殃的，是李舜臣，擊退日軍後，李舜臣被任命水軍統制使，統帥忠清、全羅、慶尚三道水軍，大權在握，十分風光。
十分風光的結果，是十分倒黴。還沒得意幾天，就有人不高興了，同為水軍將領的元均看他不順眼，便找了幾個志同道合的哥們，整了李舜臣一把。這位革命元勳隨即被革職，只保住了一條命，發配至軍中立功贖罪。
而元均則得償所願，官運亨通，接替了李舜臣的位置。
但可以肯定的是，元均同志的腦筋並不是很好使，因為他忽略了一個十分重要而明顯的問題——在享受權力的同時，還要承擔義務。
萬曆二十五年（1597）六月，元均走馬上任，七月七日，日軍來襲。
從技術角度講，打仗是個水平問題，能打就打得贏，不能打就打輸。而元均，就屬於不能打的那一類。
日軍的水軍指揮官是藤堂高虎，就其指揮水準而言，他比之前的九鬼嘉隆要低個檔次，但很不幸的是，和李舜臣比起來，元均基本算是無檔次。
雙方交戰沒多久，不知是隊形問題，還是指揮問題，朝軍很快不支，死傷四百餘人。元均隨即率軍撤退，並從此開始了他的逃竄生活。
七月十五日，逃了一星期後，元均被日軍追上了。雙方在漆川島展開大戰，朝軍再次大敗，元均再次逃竄。
七月二十三日，又是一個星期，元均又被日軍追上了。這次作戰的地點是巨濟島，朝軍又大敗，但元均終於有了點進步，他