其實，獨孤皇后之所以限制文帝有同父異母之子，也是出於提防異母之子奪位爭權的考慮。
獨孤皇后不只是管住皇夫不近二色，為了國家利益，她還強力干涉兒子和大臣們的感情生活。獨孤皇后為太子楊勇選定了元氏之女為太子妃，按照儀制另立雲氏之女為昭訓。元妃生性溫婉賢淑，端莊有禮，獨孤皇后認為她十分適合將來母儀天下，因而對她頗為器重；雲昭訓卻是一個活潑乖巧的女子，相貌俏麗，楚楚動人，相比之下，獨孤皇后嫌她失於輕優，立她為昭訓本有些勉強，按她的意思是讓太子儘量少接近雲氏。然而，太子的情感與母親的心意不同，他對元妃更多的是敬重，而對雲昭訓卻十分寵愛，因此，平時多半是與雲氏纏綿一處。對此，獨孤皇后聽到風聲後，心中大為不悅。
這裡，楊勇的弟弟晉王楊廣正好乘虛而入，他故意裝出一副節儉仁孝、不好聲色的樣子，廣泛結交大臣，處處討好母后。獨孤皇后見楊廣努力按自己的要求行事，心中自然十分喜歡，她對隋文帝說：“廣兒大孝，每聽到我們派遣的使節到他的守地，他必定出城恭迎；每次談到遠離朝廷、父母，他都悲泣傷感；他的新婚王妃也可憐得很，廣兒忙於政務根本無暇顧及她，我派使婢前在探視。王妃蕭氏常常只能和她們同寢共食，哪裡象勇兒與雲氏，終日設宴取樂。勇兒真是親近了小人啊！”由於楊廣的有意圖謀和獨孤皇后的評價，楊勇的太子地位變得岌岌可危了。
事情不湊巧，由於太子處境困窘，心存大志的元妃為他擔心焦慮，偏偏太子自己卻不把這事放在心上，終於導致元氏悒鬱成疾，抱憾離開了人世。昭訓雲氏是一個不甚操心政事的女子，她醉心於兒女之情，這種性格很討楊勇的歡心，兩人卿卿我我，形影不離，就在元妃死後不久，雲昭訓生下了他們愛情的結晶——小王子。本來元妃的死就讓獨孤皇后耿耿於懷，如今太子又違反了她所訂下的規矩——“後庭有之，皆不育之，示無私寵”。因此，偏妃生子成了太子楊勇的罪孽，使皇后對他大為不滿。
這時，正好晉王楊廣由他的守地楊州入京晉見母后。心懷叵測的他在獨孤皇后面前暗暗挑撥道：“太子對兒存有異心，屢次派人刺殺為兒，讓兒十分驚恐。”獨孤皇后本是一個非常精明的人，稍微理智些就不可能輕信楊廣的惑言，但因為她已對楊勇產生了很深的成見，所以不加思索地就聽信了楊廣的一面之辭。憐愛和氣憤的情緒一齊湧上她的心頭，於是坦白地對楊廣說明了她的心意：“勇兒已不成器，拋開正室，專寵雲氏，有我在他尚且敢欺負你們兄弟，倘若他成天子之後，太子競是庶出，你們兄弟還得向雲氏俯首稱臣，討得生路啊！”
事情到了這種田地，廢除太子一事已毋庸置疑了，因此，在開皇二十年十月，隋文帝在獨孤皇后主張下，以太子“情溺寵愛，失於至理，仁孝無聞，呢近小人”的罪名而將他廢為庶人。一個月後，在獨孤皇后的授意下，晉王楊廣被立為太子。
管了兒子，獨孤皇后還要管大臣。高踞是隋國的開國元老，而且與獨孤皇后孃家有深厚的交情，本是德高望重，皇后的制度仍然也要對他生效。高照的原配夫人去世之後，身為相國的高踞心傷欲碎，曾憂傷地對獨孤皇后說：“瑟弦驟斷，唯齋居誦經而已。”此言曾深受皇后的讚歎。誰知不久之後，相國府中鑼鼓喧天，傳出相國慶祝愛妾生子的訊息。隋文帝尚祝賀相國晚年得子，獨孤皇后卻火冒三丈，認為高照表裡不一，表面上痛念亡妻，暗地裡卻寵愛小妾，竟致小妾生子。於是獨孤皇后天天在枕邊向文帝絮叨高賠的不是，文帝終於架不住皇后軟硬兼施的請求，將當政二十年，功績顯赫的相國高明以“表裡不一，不堪信任”之名，罷免了丞相之職，讓他回鄉養老去了。
過於嚴厲的壓抑就容易造成逆反心理，雖然文帝出於國政之需的考慮，對獨孤皇后嚴治內宮的種種制度表示認可和服從，但從他內心感受來說，對於這些清規戒律他早已苦惱和厭煩了。開皇二十一年秋天，獨孤皇后偶染微疾，臥病中宮，隋文帝帶了一個小太監散步來到宮中後花園納涼。繞過鴆鵲樓，穿過臨芳殿，信步走到了仁壽宮，忽然聽到長廊的盡頭響起了清脆的歌聲，歌聲唱道：“金井落梧桐，茱萸燒殿紅；君王愛秋色，徘徊仁壽宮。”歌詞分明是即興創作的，有景有事，既符合眼前的情形，“君王愛秋色”一句又暗含文帝專意於已近秋歲之年的獨孤皇后，無復他顧之意。文帝聽了很來興致，循聲尋去，只見一個十七八歲的美貌少女，著一身鮮豔秋裝，斜依在廊邊邊唱邊隨意地卷弄珠簾，好一副閒雅生趣的秋豔圖啊！這個少女是舊時叛官尉遲