瑄負責疏浚淮安附近河道，使漕運暢通，加強南北物資運輸。
- 充實人口：遷移人口以充實北京地區。
一方面，將各地富戶、商人等遷徙至北京，如1414年，下令將山西無田農民遷至北京屯田。
這些人口為北京發展帶來勞動力、資金及先進生產技術和商業經驗。
- 設立機構：逐步建立完善的中央行政機構。1403年，朱棣升北平為北京，設立“行在六部”，即在北京設立與南京一樣的六部等中央機構，但此時北京的機構尚帶有“行在”性質，表示皇帝暫時駐蹕之地。
隨著遷都準備工作推進，北京的中央機構不斷完善，其職能和地位逐漸與南京的中央機構等同 ，為遷都後明朝中央政府在北京的正常運轉奠定了基礎 。
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朱棣遷都並非一蹴而就。1403年，他將北平升為北京，稱行在 。1416年開始大規模營建北京宮殿，歷時5年完工。
1421年正月初一，明朝正式遷都北京，以北京為京師，南京作為留都。
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朱棣遷都北平存在部分弊端：
- 加重百姓負擔：遷都需要大規模建設宮殿、城牆及其他配套設施，工程浩大。
為滿足建設需求，朝廷從全國各地徵調大量人力、物力和財力。
例如，為獲取優質木材，百姓需深入深山老林採伐，運輸過程也極為艱難，許多人為此付出生命。
此外，大量物資運往北京，增加了百姓的賦稅和徭役負擔，致使百姓生活困苦不堪。
- 南北失衡加劇：明朝時期，江南已是經濟重心，商業繁榮、人口密集。
遷都北平後，政治中心北移，國家資源大量向北方傾斜，包括資金、人力等。為保障北京物資供應，明朝大力發展漕運，將江南糧食、絲綢等物資源源不斷運往北京，這在一定程度上限制了江南地區的進一步發展。
而北方雖因遷都得到發展，但由於自然條件等因素限制，無法完全彌補南北差距，反而在一定程度上加劇了南北經濟發展的不平衡。
- 都城安全隱患：北京地處北方，靠近蒙古等邊疆勢力。
儘管遷都在一定程度上加強了明朝對北方的軍事防禦，但北方遊牧民族的侵擾始終是都城安全的重大威脅。
一旦明朝在北方的軍事防禦出現漏洞，遊牧民族的騎兵便能迅速南下，直逼北京城下，給都城的安全和穩定帶來極大的衝擊。
例如，“土木堡之變”後，瓦剌軍隊曾兵臨北京城下，給明朝帶來了巨大的危機。