公往天都門，協助退敵。”元文都適才又一計不成，失魂落魄，他聞言未及細想，一揮手說道：“知道了，你只管保護陛下便成。”說著，他便向天都門疾步走去。
元文都邊走邊想卻敵之策，正至天都門後，準備登樓，乍見十數人提刀橫撞出來，二話未說，便將他圍在當中。元文都尚不明就裡，一名軍士已衝上前來，飛起一腳，正將他踹翻在地，另兩名軍士又相繼躍上前來，將他死死按住。元文都一介儒生，手無縛雞之力，怎敵勇夫武士，他竭力掙扎，卻絲毫動彈不得。此刻又是兩柄明晃晃大刀擱上他脖子，一絲寒意襲人脊骨生涼，可元文都依舊大惑不解，他扯著嗓子呼道：“爾等莫非不識我乃內史令、魯國公元文都，何以兵刃相向！”話音剛落，便聞人振振有詞而道：“逆賊元文都，劫制天子，擅權竊國，汝可知罪？！”這聲音熟悉，不正是段達，元文都做夢也未曾想到，最終竟會是段達變節投敵，將自己擒拿，他目瞪口呆，盯著段達走上前來，猶然難以置信。
此時天都門在叛軍猛攻之下，搖搖欲墜，紫微宮門將破，眼看就要大功告成，王世充已耐不住心中激動之情。正他軒軒甚得之際，天都門樓上忽有人喊道：“鄭公暫且住手，容我一言！”王世充聽出段達聲音，於是便傳令軍士停手，又於門樓上說道：“說話的可是陳公，何必遮遮掩掩，還請現身。”段達將頭探出女牆，說道：“賊首元文都已然就擒，還請鄭公罷兵息戰。”說著他一招手，兩名小卒已將元文都推到牆邊。此事雖出人意表，不過王世充遙見元文都被五花大綁縛在那裡，面如死灰，其中不似有詐，他喜出望外，禁不住放聲狂笑起來，說道：“陳公力擒賊魁，功存於社稷，實乃朝廷棟樑。還請陳公開門說話。”段達應聲說道：“請鄭公兵稍退數步，待段某使人開門。”言畢，段達便遣人開啟天都門。
須臾，王世充引兵悉數進入紫微宮，而後，他登上天都門樓，正見元文都被押在那裡，便走上前去，出言折辱起他來。此役元文都一敗塗地，至此道盡途窮，他心灰意冷，跪在那裡一聲不吭，於王世充一翻數落，卻是充耳不聞。王世充直至侮弄戲謔得酣暢盡興，方才轉頭令左右道：“賊子元文都，圖謀不軌，施行逆亂，罪大惡極，萬死猶輕，該當就地正法！來人，將其拖下，刳腹磔肢，而後梟首！”說罷，兩名刀手上前，提起元文都，便下樓去行刑。可憐元文都有心扶主於危難，卻終因誤信奸佞小人，以至滿盤皆輸，落得一個死無全屍收場，身敗功頹，為世所悲，這還正是：
良醫不能救無命，豺虎當道難與爭。
書生使計安天下，卻把頸血瀝青鋒。
待刀手攜元文都首級上樓來報，王世充驗過首級，又轉問段達道：“陛下如今何在？”段達回道：“正有段某親兵相護，居於幹陽殿中。”王世充甚是滿意，說道：“魁逆伏誅，還當稟於聖上，我等這就往幹陽殿面聖。”說罷，王世充命人攜上元文都、盧楚二人首級，麾軍再奔幹陽殿。此刻，張志正率人守在殿前，一見王世充到來，便上前相迎，說道：“陛下正在殿中休憩，下官這就著人進去通報。”王世充將手一揮，笑道：“不必如此費事！”說罷他也不解劍脫履，即高視闊步，趾高氣昂，徑自入殿而去。
王世充闖上殿堂，瞧見楊侗坐在上面，這才擺出誠惶誠恐模樣，令人逞上元、盧首級，又伏地而道：“賊魁元文都、盧楚皆伏罪就戮，微臣救駕來遲，還請陛下恕罪。”楊侗驚魂未定，再見元、盧授首，竦然兢懼，愣沉許久，方才說道：“擅相誅殺，曾不聞奏，豈為臣之道乎。愛卿欲肆強力，今謀弒逆之事耶？”王世充拜伏流涕，泣聲說道：“微臣不敢。臣蒙先帝採拔，粉骨非報。元文都、盧楚等包藏禍心，欲召李密以危社稷，疾臣違異，深積猜嫌，臣迫於救死，不暇聞奏。若臣內懷不臧，違負陛下，天地日月，實所照臨，使臣闔門殄滅，無復遺類。”詞淚俱發，動耳感心，信誓旦旦，一秉虔誠。楊侗聽著，雖知王世充只是逢場作戲，不過為其兵鋒所懾，他也不敢再做深究。
而後楊侗於王世充脅迫下引令升殿，封其為左僕射，進鄭王，總督內外軍事，又下詔數元文都、盧楚罪狀，告諭誅元、盧之意，並傳二人首巡城。此番兵變以王世充全勝告終，可血腥屠戮卻仍然未息，是日，王世充不僅並戮元、盧諸子，另捕趙長文、郭文懿等元氏餘黨殺之，唯皇甫無逸趁亂之中斫開右掖門，西奔長安，得以倖免。大局已定，王世充移居尚書省，黨同伐異，以其子弟鹹典兵馬，以其親信主持政事，僅數日功夫，其勢已震朝野內外，百僚莫不趨附。至此，東都軍政大權盡落王世充