軍官估計，在市區內也有許多士兵，因而安全地帶的問題也嚴重了。由於在市區內未能發現這些士兵，那些軍官就認為這些士兵隱藏在安全地帶，而我們應負隱藏他們的責任。在這種假定之下，三天內，日本軍的軍官以及下士官天天侵入安全地帶，企圖在中國難民中發現這些士兵，並把他們強行帶走。這些軍官通常總是在安全地帶內的某地區或某一難民收容所中，要身強力壯的男子全都排列在一起，一個個地進行檢查，凡發現手中有持槍的老繭或頭上留著戴過帽子的一圈印子者，均強行將他們帶走。”（《遠速》，三十六號，前引書1，第四十九至五十頁）
為了徹底搜查出這種“便衣兵”，從十二月二十四日開始，日本軍對全南京的市民進行了登記。據十二月二十二日南京憲兵司令貼出的佈告說，進行市民登記是“向所有難民和市民發給通行證，這完全是為了居住和工作上的方便”（前引書及第一三七頁）。其實，這也是搜捕散兵的一種手段。當時負責南京城內警備工作的佐佐木到一少將在其手記——《進攻南京紀實》——中這樣寫著：“十二月二十二日，命令城內肅清委員會主席立即召開會議。十二月二十三日，開會。十二月二十四日繼續開會，查問工作開始”（《一個軍人的自傳》增訂版，第三三四頁）。市民登記時是經過“查�