例如，松平鷹史在其所著《鄉土部隊奮戰史》中敘述說：“城內各處還潛藏著殘兵敗卒，治安極度混亂，日本軍受到狙擊……中國散兵換上了老百姓的衣服，扮成一般民眾，偷襲日本兵。也可以說，這是引起大屠殺的潛在原因之一。日本軍覺得隨時隨地都會飛來手榴彈和手槍子彈，因此感到極度緊張，於是一面隨即進行著徹底的掃蕩。在這掃蕩中發生了屠殺，所以也可以說，這是具有戰爭殺傷力的宿命的悲劇。”（第四○○至四○一頁）
另外，曾參加南京攻陷戰的日本兵岡本健山作證說：“游擊隊的活動在南京也很厲害。我們絕對不能單獨行動。當時有掉隊什麼的，士兵們接連不斷地遭到了殺害。他們不是被手槍打死的，而是被刺殺死的。暗殺好像天天發生。”（前引《參加杭州灣敵前登陸》中一士兵談日華戰爭）
《鄉土部隊奮戰史》所反映的情況，似乎稍微有些過分。岡本所說的日本兵遭到等害，似乎是在“單獨行動”時，那也許是在他們膽敢進行某些不法村為時，中國人所採取的正當防衛，或者是出於報復的結果。他所說的情況，似乎顯然全都不是在屠殺事件發生時的情況。
也有這樣的資料，認為在南京城陷落後，幾乎看不到有散兵進行抵抗的情況。前面提到的佐佐木到一少將在他所寫《進攻南京紀實》一書中記述說：“雖說是殘兵敗卒，有的還潛伏在村莊裡和山中繼續進行狙擊。”
他一點也沒有談到城內的游擊隊活動。
前面介紹過的、認為是南京安全區國際委員會主席拉貝所寫的秘密檔案（檢證四○三九）中也說：“在市區內，中國人對日本軍從未進行過槍擊。”（參照本書第九十頁）
該委員會委員、金陵大學貝茨博士也在遠東國際軍事審判時出庭作證說i“中國市民感到十分失望， 留在市區內的少數外僑也感到非常驚訝，在市區內竟全然沒有進行抵抗。我們（貝茨和斯邁思）對日本的這種殘暴行為，曾同日本官員進行過種種協商。在協商時，日本官員從未說過受到市區內的抵抗，以此來為他們的暴行辯解。只發生過一起事件，即關於日本軍入城後的一個水兵事件〔即監聽員林某，在入城後十天發生的〕。”
（《遠速》，三十六號，載洞富雄編前引資料集1，第四十八頁）
日本軍主要是為了搜捕混入安全區內的散兵，但許多南京市民因受牽連而遭害。為介紹與此有關的具體例子，引用一下關於搜捕散兵的事實及其被害人數的資料，那是美國駐南京劇領事埃斯皮在遠東國際軍事審判時提出報告（檢證一九○六）的一部分。
在十二月十三日晚上和十四日早晨之前，暴行發生。先是日本軍的分遣隊奉命掃蕩殘留在城牆內的中國軍人，把他們一網打盡。日本軍對市區內的馬路和建築物進行了仔細搜尋。所有當過兵的人及可疑分子，一個個均遭到槍殺。詳細的記錄雖未到手，但估計遭受這種殺害的人達二萬以上。
日本軍幾乎不管他們過去是否當過兵，是否確實在中國軍隊裡幹過事，只要是稍有一點軍人嫌疑的人，都一律帶走槍殺了。日本軍掃蕩中國政府軍隊的所有散兵之決心，好像是堅定不移的（《遠速》，五十九號，載前引書1，第一五二頁）。
埃斯皮說，在搜捕殘兵敗卒的情況下犧牲的“便衣兵”和普通老百姓，總數達二萬人以上，但金陵大學教授貝茨認為，其犧牲的人數達四萬，增加了一倍。在處理遺棄屍體時證實，在南京城內外近四萬非武裝人員遭受殺害，其中百分之七十左右是“便衣兵” （前引書2，第四十七頁）。貝茨教授提出四萬人這個數字是否恰當，將在第6節（第一八四頁以後）加以研究。
這種搜捕便衣兵並進行殺害的情況， 喬治·菲奇（Georse A。 Fitch）——以紐約基督教青年會國際委員會書記身份駐於南京——在遠東國際軍事審判時提出的證詞（檢證一九四七）中說：“日本人從我們宿營的地方抓人時，不遵守任何規定。他們把手上有老繭和剃光頭的，當作曾經當過兵的充分證據，認為務必判以死刑。在我們宿營的地方，幾乎都受到軍隊的侵入，他們想要槍殺誰，就把誰拉出去。”（《遠速》，五十八號，載前引書1，第一一五頁）
不僅手上有老繭和剃光頭的人被當作“便衣兵”，而且有誰在曬得黑黑的臉上露出白的額角，也會被視為戴過軍帽的證據。因而許多無辜的工人和苦力被判斷為“便衣兵”，不幸遭到了集體屠殺。許多“便衣兵”像是混入在安全區內，貝茨博士在出庭參加遠東國際軍事審判時作證說：“由於日本軍的