受害的一般市民，因此在佔領後，日本軍理應接收。所以日本軍當局不承認管理安全區的國際委員會有其特殊的法律地位。
國際委員會主席、德國人拉貝在一月十四日致函（檢證四○三九）德國駐上海總領事，就這個安全區和管理安全區的國際委員會問題，敘述如下：
如同當時貴電之照會所報告的那樣，我在當地設定的難民區國際委員會擔任主席。
上述地區成了二十萬中國非戰鬥人員之最後的避難場所。在該地區設定這個委員會不太容易。那是因為尤其日本方面根本不承認上述地區。其原因在於，（中國方面）高階武官和他們的幕僚一起，在最後的時刻，即在他們逃離南京前，一直居住在這個地區（中略）。
我委員會管理著全部約有七萬難民的二十五個避難所，在七萬名中約有五萬名難民毫無糧食來源， 要由我們供給（洞富雄編前引資料集1，第一六六至一六七頁）。
如果能保證南京市民的正常生活得以全面恢復的話，國際委員會也答應日本軍接收安全區。該委員會事實上是這樣希望的，它在十二月十七日致日本大使館的公函中提出：“本委員會雖說受舊南京市政府委託，其職權在任何意義上說都是半行政性的，但無意繼續行使該職權。我們迫切希望儘可能將這些職權及早移交給貴方。如此，本委員會則可成為單純的救濟機關。”（前引書2，第一二七頁）
可是，日本軍在開進南京的同時，掠奪、強姦、屠殺，為所欲為，軍紀很壞，出現了軍事當局亦感到束手無策的恐慌局面。於是出現了這樣的局面：連在佔領前還留在一般市區的市民也要求保護，陸陸續續不斷地逃到安全區。為此，日本軍事當局未能要求接管安全區，而國際委員會雖無能為力，卻也不得己而負責保護難民。不久，軍事當局對安全區的存在，在口頭上表示了不負責任的承認，即採取了預設的方式（前引書2，第二十二、一二六、一五四頁）。
佔領南京後不久，日本軍對逃入安全區的許多“便衣兵”進行了徹底的搜捕，並加以集體屠殺。許多普通男性市民受到這種殘酷無情的搜捕便衣兵的連累，也遭受了與便衣兵同樣的命運。對此，後面還將詳細敘述。這種有組織地進行的屠殺另當別論。在安全區外，南京陷落伊始，日本兵就對市民開始犯下了可怕的暴行，而這種暴行不久就可能波及到安全區。
國際委員會擔心日本兵的暴行影響到安全區，早在十二月十四日使致函日本軍事當局，要求在安全區的各入口處分別派駐一名衛兵。十五日，日本軍的特務機關長口頭保證實施所提出的上述要求。可是，日本軍事當局卻始終沒有派駐衛兵。正如委員會所擔心的那樣，日本兵三五成群地很快潛入安全區內的東西兩邊，開始實施暴行。十六日，他們強行拉去駐屯在司法部內的五十名穿制服的警官，另外又帶走了四十五名“義務警官”。第二天，由於駐在高等法院的四十名穿制服的警官被帶走，其他警官見此情景嚇得發抖，不敢在街頭露面，安全區內只能任憑日本兵橫行不法。國際委員會從十六日到二十日連日來向日本大使館提出建議，要求他們在安全區內派憲兵日夜巡邏， 並在收容所的入口處設定衛兵（前引書2，第一二○、一二三、一二四、一二六、一二七、一二九、一三一、一三三、一七一頁）。
日本軍佔領南京後一星期，即二十一、二十二日左右，安全區內好不容易配備了憲兵。於是，憲兵似乎在安全區內巡邏起來，但未能因此而確保安全區內的秩序。如根據國際委員會就日本軍的暴行所提出的報告，看來這種事件仍在不斷髮生（前引書2，第一一○至一一一頁）：
第一五一件 十二月二十二日，兩個日本兵在金陵大學蠶桑系強姦了十三歲少女難民。她的母親前去阻止而負了傷。另外，日本兵還強姦了一名二十八歲的婦女。二十三日凌晨四時，一個日本兵強行拉走兩個姑娘，在路上遇見憲兵後，這個日本兵就逃之夭夭〔警察局副局長H·K·吳提供〕
第一四六件 十二月二十三日下午三時，兩個日本兵來到漢口路小學收容所，搜尋了值錢的東西后，強姦了職員黃（譯音）小姐。此情況被緊急報告了日本軍特務憲兵隊後，他們為了逮捕日本兵，派來了憲兵，但日本兵已逃走，於是，憲兵帶走了黃小姐以作為證人。當天晚上，又來了另一個日本兵，強姦了王夫人的女兒。下午七時左右，又有三個日本兵進來，強姦了兩名婦女，其中一個還只有十三歲〔漢口路小學難民收容所所長岑達臻（譯音）提供〕。
第一四八件 十二月二十五日晚，七