在寧海路前外交部部長張群的公館內（前引書2，第二十九、五十、五十二、二一九頁）。
據推測，留在南京的市民約二十五到三十萬人（日本軍所登記的市民達十六萬人，但其中不包括十歲以下的兒童，有些老婦也不計在內〔前引書2，第一四三頁〕），其中有十五萬人聚集在小小的安全區內（前引書2， 第五十三頁）。在難民中，也有些人是好不容易剛從上海、蘇州、無錫、鎮江等地逃難來南京的。
日本兵的殘暴行為使市民產生了恐懼心理。居民，特別是害怕他們暴行的婦女陸續來到安全區的收容所避難。在這安全區裡，丟下武器、穿上便衣的中國兵，即日本方面叫做便農兵的也混了進來，這是不言而喻的。國際委員會即使知道了這一點，也認為，他們既然已經放棄武器，同樣把他們當作一般難民收容下來，這是理所當然的。
在安全區裡，利用公共機關的房子設定了十八個難民收容所。在這些房子裡，到十二月十七日為止，約收容了五萬名（當初，預計收容三萬五千名）難民（前引書2， 第一三一至一三二頁），從十二月下旬到翌年一月間，最多的時候竟收容了六萬八千名乃至七萬名。
此外， 據說未進收容所而居住在安全區內的人，也有六萬八千名（前引書2，第一三六、二二○頁）。
十二月十七日那天，各收容所及其收容的人數如下：
舊交通部：一萬名〔家屬〕。五臺山小學：一千六百四十名〔家屬〕。
漢口路小學：一千名〔家屬〕。陸軍大學：三千五百名〔家屬〕。小桃源南京語學校（原文如此——譯者）：二百名〔男子〕。軍用化工廠：四千名。金陵大學附屬中學：六千至八千名〔家屬〕。聖經師資訓練學校：三千名〔家屬〕。華僑招待所：二千五百名〔家屬〕。南京神學院：二千五百名〔家屬〕 。 司法部：空。最高法院：空。金陵大學蠶桑系：四千名〔家屬〕 。金陵大學圖書館：二千五百名〔家屬〕 。德國人俱樂部：五百名〔家屬〕 。 金陵女子文理學院：四千名〔婦女〕。法學院：五百名〔家屬〕。農村師資訓練學校：一千五百名〔家屬〕。山西路小學：一千名〔家屬〕。金陵大學宿舍：一千名〔婦女〕。總數共四萬九千三百四十至五萬一千三百四十名。
在這些收容所中，收容最多的要算美國教會學校——金陵大學（今南京師範學院）所屬各單位。最多的時候校內各處好像有三萬難民（前引書2，第五十一頁）。
由於越來越多的難民從安全區外擁進來， 自此比較大的私人住宅也都改作收容所了。這樣，收容所總共有二十五處，但要把所有難民全都收容在這些單位裡，那是不可能的。在安全區內，居民住宅都住滿了人，要讓幾萬難民住在現有房子裡是住不下的，倒不如在空地上、單位內部和居民住宅的院子裡搭起臨時小屋，暫時住下來。當然，安全區一片都是臨時小屋（前引書2，第三十三、五十二至五十三頁）。對居住在這種臨時小屋的難民來說，天氣—直晴朗是幸運的，但到年底，他們終於遭受大雪的襲擊。在外僑馬吉牧師（？）的信中這樣說：“十二月二十八日，星期二。我們所擔心的惡劣氣候到來了。先是雪子下個不停，接著又下起鵝毛大雪。可憐的難民們雖說是住在臨時小屋裡，其實這種小屋與狗窩沒有什麼兩樣，他們處於悲慘的境地。因為這種臨時小屋多數不能防雨，路面又很泥濘。前些日子連續放晴，對我們來說確實感到幸運。”（前引書2，第四十一頁）
揚子江岸邊也是集結難民的地方，那裡約有兩萬市民。在日本軍入城前由國際委員會配給他們的糧食幾乎已經吃光，他們吃盡了苦難後，要求轉到安全區來。然而，安全區裡的難民已人滿為患，事實上，日本軍也不容許他們進入安全區。在馬吉牧師（？）的信中，談到十二月二十九日那天情況時，對此有所記述（前引書2，第四十一頁），這個難民區大概就是中國方面所說的“寶塔橋難民區”。據本多勝一在南京採訪後所寫的報道說：“寶塔橋難民區”地處英租界，所以“許多居民在那裡避難，他們抱著這樣一種希望：也許日本軍不能隨便侵入這個地區”（《中國之旅》，若波文庫版，第二四四至二四五頁）。據說，在這個難民區裡收容了數千名難民，其中二千名青壯年男子在附近的煤炭港碼頭被屠殺，對此，前面已有敘述（參照本書第四十四至四十七頁）。
安全區雖已設定，但日本軍不承認它在國際法的意義上是具有治外法權的區域。本來，安全區的性質是：它的設定是為了在發生戰鬥期間保護那些在戰鬥中