禎帝當庭面色凝重，未發一言，隻眼神中隱有疑慮。
八月，周延儒攜一干大臣再度彈劾。朝堂中氣氛緊繃，眾人言辭懇切，崇禎帝眉頭深鎖，終是下詔徹查：此事重大，定要查個明白。
十月中旬，罪狀擺在了崇禎帝的御案。
其中，保寧府之事格外刺眼。恰在此時，江南官員的奏疏紛至沓來，洪承疇的上書更是言辭犀利：保寧府已形同獨立王國，朱燮元徇私包庇，致使西南廢弛，其心可誅。
崇禎帝覽之大怒，拍案道：“朕以誠心待臣，竟有此等叛逆之事！”。
崇禎帝急召大臣入暖閣議事，詢問眾大臣該如何處理，但是朱燮元常駐西南，麾下親信無數，商議良久都沒有結果。
思索再三，崇禎帝傳旨急召洪承疇進京，洪承疇預計十一月二十左右到達京城。
秦思源看完之後，輕輕的出了一口氣，他終於明白朱燮元來這裡的原因了，朱燮元很可能會被罷官！
而四川總兵官侯良柱等等這些都是他的老部下，他一旦罷官，這些部下肯定會受到牽連。
他這是來找後路來了，戰爭一旦開始，雲貴川的官軍都會被調動，而他又太清楚保寧府的實力了。
為了不讓幾省糜爛，這才迫不及待的走這一趟，首先去了重慶府見秦良玉，但是秦良玉應該是被洪承疇說動了。
沒有辦法之下，這才來了保寧府，在見過保寧府的情況後，更加不敢和保寧府對壘，這才有了前面欲言又止、模稜兩可的態度。