當時，蔡邕感到很突然，不禁臉色大變，不由自主地發出一聲嘆息。王允勃然大怒，嚴厲指責蔡邕：“董卓是國家的罪人，禍國殃民的罪行不可饒恕，你身為天子臣民，應該從大局考慮，從國家出發，共同聲討國賊，不想你念及他對你的一點私人恩惠，竟然為他感到痛惜，這難道不是與董卓同一鼻孔出氣嗎？”說完，便不容分辯，立即將蔡邕押至廷尉處問罪。蔡邕有口難辯，但作為文學家和史官，他為了完成自己未完成的事業，繼續寫成漢史，便陳辭謝罪，自己願意承受刺劍削足的酷刑以保全餘生。士大夫們都十分同情憐憫蔡邕的遭遇，設法營救蔡邕，可毫無結果，太尉馬日磾專程前往王允住處，替蔡邕說情：“伯喈（蔡邕字）是難得的曠世奇才，學問淵博，見多識廣，特別是對本朝故事瞭解頗多，應當給他機會，讓他繼續寫成史書；況且伯喈以忠孝聞名於士大夫之中，現在以莫須有之名給他判罪，恐怕有失眾望，不服人心吧！”王允根本不聽勸告，反駁馬日磾說：“先前漢武帝不殺司馬遷，讓他寫成謗書，流傳後世，現在國事衰敗，社會上缺乏時代精神，不能讓蔡邕像司馬遷那樣，毀謗和誣衊幼小的天子，因為這既對神聖的道德教化毫無益處，而且還使我們這些人遭到批評和指責！”馬日磾無奈，只得退出，感慨地對別人說：“王允這種作法恐怕不行吧！善待人才，這是一個國家得以維持和發展的命脈，而讓國家經典得以流傳，則是重視國家制度和創作的保障。如今，像王允這樣不重視賢才，切斷國家的命脈，阻礙國家經典的流傳，難道能維持久遠嗎？”可憐蔡邕最後冤死獄中。之後，文武百官和士大夫對蔡邕的死議論紛紛，王允這才真正明白蔡邕的確罪不及死，後悔莫及。
董卓死後，王允在如何安排和處理他的舊部時，反覆無常，態度極不慎重，而這正是王允最後走向滅亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，呂布也多次相勸，可繼而王允又對群臣解釋說：“本來，他們是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”呂布又想把董卓的財物賞賜公卿、將校，王允又不準。王允平日卻看不起呂布，以劍客對待他。呂布也認為自己有功勞，自吹自擂，既不得意，漸漸與王允不和了。 [9]
涼州兵是董卓的嫡系部隊，戰鬥力強，而且對董卓最忠心。董卓死後，如何處置涼州兵，是關係王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，並且計劃利用關東兵去控制他們。可是後來有人對王允說：“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫嵩（字義真）為將軍，去擔任涼州兵的統帥，並讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”王允堅決反對：“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線，現在董卓已死，如果繼續把他們屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們。” [10]
身死人手
百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲後，便到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人，一時之間，整個涼州人心惶惶，一片驚慌。身在關中的涼州兵將領全都擁兵自守，並且互相傳告：“丁彥思、蔡邕只不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皂白地把他殺了。對於我們，不僅沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，置我們於死地。今天奪了兵權，明天我們也要變成魚肉了。” [11]
當初，董卓的女婿中郎將牛輔屯在陝縣，又令手下校尉李傕、郭汜、張濟率領步騎數萬出兵關東，擊破朱儁。 [40]李傕等人在得知董卓被殺後，遷怒於幷州人，把軍中的數百名幷州人全部處死。等他們回到陝縣後，發現牛輔已死，決定散夥，於是先派人前往長安請求大赦。王允認為誅殺董卓後已經大赦過了，這一年內不能再赦，因此不許。陝縣諸將恐慌，武威人賈詡建議反攻長安，李傕深以為然，又對諸將說道：“朝廷不肯赦免，我們當被處死，那還不如與他們拼死一戰。如果攻打長安，事成則可以得到天下；不成，則搶奪三輔的婦女財物，西行隴上，回到故鄉作賊，起碼還能多活幾年。”諸將贊同李傕的方案，於是共結盟，率領數千兵馬，西攻長安。 [41-42]
王允聽說李傕起兵後，令涼州大人胡軫、楊整修