然如此保全自己，不如喝下這杯毒酒算了，又何必還在獄中受別人的折磨呢？”可是，出乎下屬的意料，王允一把奪過酒杯，厲聲說道：“我是堂堂天子的臣民，君王賜罪於我，我應當接受懲罰，按照王法在街頭斬首示眾，而且天下人都應以我為戒，不再違反法律，維護社會的安定，哪有私自吞喝毒藥，以死逃避法律制裁的道理？你們不用再勸我了，我意已決！”說完，便把酒潑倒在地上，自己走近囚車，又重新被關進監獄。由於王允一直又沒有向張讓賠罪認錯，張讓又進一步渲染他的所謂的罪行情節。
不久，王允的案件被提審，王允的手下官員和朋友以及朝中許多官員都十分著急，想制止張讓對王允的陷害。大將軍何進、太尉袁隗，司徒楊賜聯名向皇帝上書，替王允求情，希望漢靈帝能夠赦免王允。他們在奏章中寫道：“王允嚴於律己，寬以待人，為官盡忠盡誠，寬宏賢能，具有君子的風範和氣節。過去晉悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效嗎？如此王允受命於朝廷，誅討逆賊，安撫良民，本應論功行賞，加官進爵；難道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪嗎？陛下如此不公平地給予他處罰，恐怕有負眾望，百官有所不服吧。”靈帝劉宏看完奏章後，便赦免了王允的死罪，但仍下獄重新定罪。這年冬天，又逢朝廷大赦。由於張讓始終從中作梗，王允仍不在赦免之列。何進、袁隗、楊賜等三公要員繼續上書皇上，要求赦免王允。等到第二年，王允才被免罪釋放。當時，朝中宦官當權，張讓閹黨憑藉權勢橫行霸道，為所欲為。剛剛出獄的王允雖對張讓等人的行徑深惡痛絕，但因力量有限，只得改名換姓，離開都城洛陽，輾轉於河內、陳留之間。 [4]
王允像 [5]
不久靈帝駕崩，王允急忙趕赴洛陽弔喪。此時，朝廷局勢極度混亂，以何進為首的外戚勢力大增，閹黨張讓失去了對中央政權的控制權，面臨覆滅的危險。大將軍何進利用各地方官吏奔喪的機會，大肆結交和拉攏親己勢力，以謀張讓。王允一到洛陽，就被何進緊急召見，並說明意圖。王允很感激何進對他的救命之恩，便滿口答應，並擔任從事中郎一職。後來情況發生急變，張讓集結黨羽，用何太后召見何進的名義把何進騙入宮中，趁機伏殺。王允不得不遷任河南尹，暫時逃避張讓的囂張氣焰。張讓伏殺何進後，曾奉密召的董卓、袁術等人立即領兵進京，討殺張讓。張讓、段掛等人挾持少帝劉辯和陳留王劉協半夜出逃。當時，朝中公卿大夫被急變的局勢嚇得不知所措，他們都不敢護衛少帝。王允立即派遣河南中部掾閔貢帶著一部分士兵跟隨尚書盧植一起保護少帝，事後，又奉迎少帝回宮。 [39]
永漢元年（189年），董卓廢掉少帝，獻帝劉協繼位，王允被拜為太僕，不久遷任尚書令。
初平元年（190年），王允替代楊彪擔任司徒職務，同時兼任尚書令。 [22]
王允擔任司徒，可謂是受命於危難之秋。獻帝登極後，外戚、宦官鬥爭仍在繼續，黃巾軍起義風起雲湧，如火如荼，各地割據豪強也趁機發難，借討宦官為名，紛紛問鼎中央政權，整個東漢政權危機四伏，動盪不安。面對如此國將不國的尷尬局勢，王允毅然承擔起恢復和革新東漢政權和社會的重任，沒有絲毫退縮和畏懼。為了穩定政局，消除混亂，王允和朝中其他忠臣良將一道出謀劃策，重新樹立皇帝的絕對權威。
隱忍不發
王允
董卓在進駐洛陽過程中，迎立少帝，挾天子以令諸侯。進駐洛陽後，董卓又多次赤裸裸地表現出對權力的貪婪慾望。他廢舊立新，毒殺太后，廣植黨羽，培養親信，統收兵權，控制朝廷。從董卓的種種倒行逆施中，王允已經敏銳地意識到他將成為威脅東漢政權的最大隱患，必須採取必要措施遏制和除掉董卓。可是，董卓手中掌握有強大的軍事力量，黨羽眾多，而且董卓本人兇殘毒辣，如果主動出擊，只能是以卵擊石。於是，王允表面上一味聽任，甚至順從董卓，讓他放鬆對自己的戒備，實際上卻在細心計劃，周密佈置。董卓進入洛陽後，為了站穩腳跟和擴大勢力，曾極力拉攏朝中有影響的官員。王允不動聲色，順勢歸順，儘量迎合。有時，王允不惜矯情曲意，偏違原則，來換取董卓的信任。董卓見王允不但具有才識，而且對自己忠心耿耿，毫無二心，於是便把王允當作自己的心腹親信，對王允不生絲毫疑心，無論朝政大小，都託付給王允處理。王允藉此時機，親自主持一些恢復王室和發展社會經濟的具體事務。王允雖然表面上多有曲迎董卓之意，但在有些涉及原則