在責任界定初步明確之後，賠償協商成為了接下來處理這起事件的核心問題。學生在IcU病房裡的救治費用每天都在不斷攀升，已經累計到了一個相當可觀的數額，而且後續還可能需要進行長期的康復治療，這無疑是一筆巨大的經濟負擔。
學生家長首先向學校和老師家屬提出了賠償要求。他們根據醫生對孩子病情的預估以及後續可能需要的康復治療等情況，列出了一份詳細的賠償清單。清單中包括了目前已經產生的醫療費用、後續可能產生的康復治療費用、孩子因受傷可能導致的未來收入損失、精神損害撫慰金等各項費用，總計金額高達數百萬元。
家長認為，既然已經界定了學校和老師分別承擔次要責任和主要責任，那麼他們就應該按照責任比例來承擔這些費用。他們希望學校和老師家屬能夠儘快給予答覆，並積極籌措資金支付孩子的醫療費用，以免因為費用問題影響孩子的救治。
然而，老師家屬對於家長提出的賠償要求卻感到十分為難。老師已經去世，其家庭本身也因為失去親人而陷入了悲痛之中，而且老師生前的收入也並不高，家庭經濟狀況並不是很寬裕。他們認為老師雖然在這件事情上有不當行為，但也是出於教育學生的目的，而且學生跳樓是一個意外的極端結果，不應該讓他們承擔如此高昂的賠償費用。
學校方面在接到家長的賠償要求後，也進行了認真的研究和考慮。他們承認自己在這起事件中存在一定的責任，但對於家長提出的賠償金額，學校認為有些過高。學校表示，他們會按照責任界定的結果承擔相應的責任，但希望能夠透過合理的協商，對賠償金額進行重新評估，使其更加符合實際情況。
為了解決賠償糾紛，當地教育部門和司法部門介入了此事。教育部門一方面對學校在此次事件中的管理問題進行了進一步的調查和督促整改，另一方面也積極協調各方進行賠償協商。司法部門則派出了專業的調解員，依據相關的法律法規和責任界定結果，對賠償糾紛進行調解。
在調解過程中，調解員首先向各方詳細解釋了相關的法律規定和責任界定的依據，讓大家明白各自應承擔的責任是有法律依據的，而不是隨意確定的。然後，調解員根據醫生對學生病情的最新報告以及市場上同類康復治療的費用情況等，對家長提出的賠償清單進行了逐一分析。
對於目前已經產生的醫療費用，調解員認為這部分費用確實應該由責任方按照責任比例承擔，但需要提供詳細的費用票據作為證明。對於後續可能產生的康復治療費用，調解員建議可以根據醫生的預估，結合市場上同類治療的平均費用，進行合理的估算，但也需要考慮到實際治療過程中可能出現的變化情況。
對於孩子因受傷可能導致的未來收入損失和精神損害撫慰金等費用，調解員表示這部分費用的確定相對比較複雜，需要綜合考慮孩子的年齡、學習成績、家庭背景等多種因素。在確定這部分費用時，一般會參考同類案例的賠償情況，但也不能完全照搬，要根據具體情況進行調整。
經過多輪的協商和調解，各方最終在賠償金額上達成了初步協議。老師家屬同意承擔一定比例的賠償費用，雖然這個金額遠低於家長最初提出的要求，但也是他們在考慮家庭經濟狀況和老師在事件中的責任等因素後所能承受的範圍。學校方面則承擔了相對較多的賠償費用，包括目前已經產生的部分醫療費用以及後續可能需要的康復治療費用的一定比例等。
學生家長雖然對最終達成的賠償金額仍有一些不滿意，但考慮到孩子目前的救治情況以及繼續僵持下去可能對孩子造成的影響，也只好接受了這個結果。在賠償金額達成協議後，各方簽訂了正式的賠償協議，明確了各自的責任和義務，確保賠償費用能夠按時、足額地支付給學生家長，用於孩子的救治和康復治療。
與此同時，在糾紛解決過程中，各方的情緒也得到了一定程度的緩和。老師家屬在經過多輪協商後，對學生家長的遭遇也有了更多的理解，雖然他們仍然為老師的去世感到悲痛，但也希望學生能夠早日康復。學生家長在看到學校和老師家屬積極的態度後，對他們的怨恨也有所減輕，畢竟大家的共同目標都是希望孩子能夠好起來。
學校方面則透過這次糾紛解決過程，深刻反思了自己在教師管理和學生教育方面的不足，決定在今後的工作中進一步加強這些方面的工作，以避免類似的悲劇再次發生。
至此，賠償協商與糾紛解決階段基本完成，但整個事件的處理還沒有完全結束，學生在IcU病房裡